Rosetta
Namespaces | Variables
mh.OptionKeys.gen.hh File Reference

basic::options::OptionKeys collection More...

#include <basic/options/keys/OptionKeys.hh>

Namespaces

 basic
 Tags used to tag messeges sent by MPI functions used to decide whether a slave is requesting a new job id or flagging as job as being a bad input.
 
 basic::options
 
 basic::options::OptionKeys
 
 basic::options::OptionKeys::mh
 
 basic::options::OptionKeys::mh::score
 
 basic::options::OptionKeys::mh::path
 
 basic::options::OptionKeys::mh::harvest
 
 basic::options::OptionKeys::mh::match
 
 basic::options::OptionKeys::mh::dump
 
 basic::options::OptionKeys::mh::filter
 

Variables

BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::mh
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::motif_out_file
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest_motifs
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::print_motifs
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::remove_duplicates
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump_motif_pdbs
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::merge_motifs
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::merge_scores
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::merge_motifs_one_per_bin
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::gen_reverse_motifs_on_load
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump_input_pdb
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score_pdbs
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::sequence_recovery
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::explicit_motif_score
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest_scores
 
FileOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::print_scores
 
FileVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump_matching_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score_across_chains_only
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::normalize_score_ncontact
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest_motifs_min_hh_ends
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::ignore_io_errors
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::motif_match_radius
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::merge_similar_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::score
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::background_weight
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::ca_cb_clash_weight
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::noloops
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::nosheets
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::nohelix
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::spread_ss_element
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::min_cover_fraction
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::strand_pair_weight
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::anti_polar_weight
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::min_contact_pairs
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::max_contact_pairs
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::max_cb_dis
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::coverage_pow
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::use_ss1
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::use_ss2
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::use_aa1
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::use_aa2
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::score::use_log
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::path
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::biounit
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::biounit_ideal
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::pdb
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs_SC_SC
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs_SC_BB
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs_BB_BB
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs_BB_PH
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs_BB_PO
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::motifs_PH_PO
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_SC_SC
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_SC_BB
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_BB_BB
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_BB_PH
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_BB_PO
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_PH_PO
 
StringVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::path::scores_frags
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::harvest
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::hash_cart_resl
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::hash_angle_resl
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::smoothing_factor
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::idealize
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::dump
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::min_bin_val
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_aa
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_aa1
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_aa2
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_ss
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_dssp
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_lj
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_hb
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_nbrs
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_bfac
 
RealVectorOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::sep_dist
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::weight_by_energy
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::max_rmsd
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::max_res
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::agg_with_max
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::harvest::multiplier
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::match
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::interface_only
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::ss
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::ss1
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::ss2
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::aa
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::aa1
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::match::aa2
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::dump
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::limit_per_pair
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::max_per_res
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::max_ca_dis
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::max_rms
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::resfile_min_pair_score
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::resfile_min_tot_score
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::resfile_dump
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::dump::symmetric_motifs
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::filter
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::filter_harvest
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::filter_io
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::pdb
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::lig
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::motif_type
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::restype1
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::restype2
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::restype
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::restype_one
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::not_restype
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::not_restype_one
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::seqsep
 
IntegerOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::max_seqsep
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::no_hb_bb
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::mindist2
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::maxdist2
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::ss1
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::ss2
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::dssp1
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::dssp2
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::aa1
 
StringOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::aa2
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::sasa
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::faatr
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::hb_sc
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::hb_bb_sc
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::hb_bb
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::occupancy
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::coorderr
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::uniformfrag
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::faatr_or_hbbb
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::faatr_or_hb
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::noloops
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::oneloop
 
BooleanOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::nodisulf
 
RealOptionKey const basic::options::OptionKeys::mh::filter::score
 

Detailed Description

basic::options::OptionKeys collection

Author
Stuart G. Mentzer (Stuar.nosp@m.t_Me.nosp@m.ntzer.nosp@m.@obj.nosp@m.exx.c.nosp@m.om)
James M. Thompson (tex@u.nosp@m..was.nosp@m.hingt.nosp@m.on.e.nosp@m.du)