Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- c -

• C : core::chemical::element
• c : core::pack::dunbrack
• c_array_mult() : core::scoring::fiber_diffraction
• c_mult_ip() : core::scoring::fiber_diffraction
• C_pi_sp2 : core::chemical::orbitals
• Ca : core::chemical::element
• CA_gdtmm() : core::scoring
• CA_gdttm() : core::scoring
• CA_maxsub() : core::scoring
• CA_maxsub_by_subset() : core::scoring
• CA_rmsd() : core::scoring
• CA_rmsd_symmetric() : core::scoring
• CaCbCb_Angle_FuncAP : core::scoring::disulfides
• CaCbCb_Angle_FuncCAP : core::scoring::disulfides
• CaCbCb_Angle_FuncCOP : core::scoring::disulfides
• CaCbCb_Angle_FuncOP : core::scoring::disulfides
• CaCbCbCa_Dihedral_FuncAP : core::scoring::disulfides
• CaCbCbCa_Dihedral_FuncCAP : core::scoring::disulfides
• CaCbCbCa_Dihedral_FuncCOP : core::scoring::disulfides
• CaCbCbCa_Dihedral_FuncOP : core::scoring::disulfides
• CacheableAtomID_MapVectorAP : core::id
• CacheableAtomID_MapVectorCAP : core::id
• CacheableAtomID_MapVectorCOP : core::id
• CacheableAtomID_MapVectorOP : core::id
• CacheableAtomPairFuncMapCOP : core::scoring::custom_pair_distance
• CacheableAtomPairFuncMapOP : core::scoring::custom_pair_distance
• CacheableObserverAP : core::pose::datacache
• CacheableObserverCAP : core::pose::datacache
• CacheableObserverCOP : core::pose::datacache
• CacheableObserverOP : core::pose::datacache
• CacheablePoseRawPtrAP : core::pose::datacache
• CacheablePoseRawPtrCAP : core::pose::datacache
• CacheablePoseRawPtrCOP : core::pose::datacache
• CacheablePoseRawPtrOP : core::pose::datacache
• calc_atom_masks() : core::scoring
• calc_interacting_vector() : core::pack::task::operation::util
• calc_interface_vector() : core::pack::task::operation::util
• calc_per_atom_sasa() : core::scoring
• calc_per_atom_sasa_sc() : core::scoring
• calc_per_res_hydrophobic_sasa() : core::scoring
• CALC_RMS : core::pose::full_model_info
• calc_total_sasa() : core::scoring
• calculate_chi2_free() : core::scoring::fiber_diffraction
• calculate_chi_k() : core::scoring::fiber_diffraction
• calculate_derivatives_gpu() : core::scoring::fiber_diffraction
• calculate_I_of_E() : core::scoring::fiber_diffraction
• calculate_intensity_gpu() : core::scoring::fiber_diffraction
• calculate_intra_res_hbonds() : core::scoring::hbonds
• calculate_rigid_matrix() : core::chemical
• calpha_superimpose_pose() : core::scoring
• calpha_superimpose_with_mapping() : core::sequence
• canonical_atom_count() : core::pose
• canonical_residue_count() : core::pose
• CarbohydrateInfoCOP : core::chemical::carbohydrates
• CarbohydrateInfoOP : core::chemical::carbohydrates
• CarbonHBondEnergyCreator_registrator : core::init
• CarbonHBondPotentialCOP : core::scoring::carbon_hbonds
• CarbonHBondPotentialOP : core::scoring::carbon_hbonds
• CArray_Energy : core::scoring
• CArray_TableEnergy : core::scoring
• CArrayP_Energy : core::scoring
• CArrayP_TableEnergy : core::scoring
• cart_bonded : core::scoring
• cart_bonded_angle : core::scoring
• cart_bonded_length : core::scoring
• cart_bonded_lr : core::scoring::methods
• cart_bonded_torsion : core::scoring
• cart_numerical_derivative_check() : core::optimization
• CartBondedParametersAP : core::scoring::methods
• CartBondedParametersCAP : core::scoring::methods
• CartBondedParametersCOP : core::scoring::methods
• CartBondedParametersOP : core::scoring::methods
• cartesian_collect_atompairE_deriv() : core::optimization
• cartesian_collect_torsional_deriv() : core::optimization
• cartesian_dfunc() : core::optimization
• CartesianBondedEnergyAP : core::scoring::methods
• CartesianBondedEnergyCAP : core::scoring::methods
• CartesianBondedEnergyCOP : core::scoring::methods
• CartesianBondedEnergyCreator_registrator : core::init
• CartesianBondedEnergyOP : core::scoring::methods
• CartesianMinimizerCOP : core::optimization
• CartesianMinimizerMapCOP : core::optimization
• CartesianMinimizerMapOP : core::optimization
• CartesianMinimizerOP : core::optimization
• CartSCMinMinimizerMapCOP : core::pack::scmin
• CartSCMinMinimizerMapOP : core::pack::scmin
• CartSCMinMultifuncCOP : core::pack::scmin
• CartSCMinMultifuncOP : core::pack::scmin
• case_from_lines() : core::chemical
• CavBallCIter : core::scoring::packstat
• CavBallIter : core::scoring::packstat
• CavBalls : core::scoring::packstat
• cavity_distance_constraint() : core::scoring::packstat
• CB_Angle_FuncOP : core::scoring::disulfides
• Cb_Distance_FuncAP : core::scoring::disulfides
• Cb_Distance_FuncCAP : core::scoring::disulfides
• Cb_Distance_FuncCOP : core::scoring::disulfides
• Cb_Distance_FuncOP : core::scoring::disulfides
• cbeta : core::scoring
• cbeta_smooth : core::scoring
• cbeta_vector() : core::pack::task::operation::util
• CBSG_Dihedral_FuncOP : core::scoring::disulfides
• CCP4HDSIZE : core::scoring::electron_density , core::scoring::electron_density_atomwise
• Cd : core::chemical::element
• cd_1b : core::scoring::methods
• cd_2b : core::scoring::methods
• cd_lr_2b : core::scoring::methods
• Ce : core::chemical::element
• CellOP : core::sequence
• Cen_Distance_FuncAP : core::scoring::disulfides
• Cen_Distance_FuncCAP : core::scoring::disulfides
• Cen_Distance_FuncCOP : core::scoring::disulfides
• Cen_Distance_FuncOP : core::scoring::disulfides
• CEN_DOCK_SCORE : core::conformation::symmetry
• cen_env_smooth : core::scoring
• cen_hb : core::scoring
• cen_pair_smooth : core::scoring
• cen_rot_cbeta : core::scoring
• cen_rot_dun : core::scoring
• cen_rot_env : core::scoring
• cen_rot_pair : core::scoring
• cen_rot_pair_ang : core::scoring
• cen_rot_pair_dih : core::scoring
• CenHBEnergyCreator_registrator : core::init
• CenHBPotentialCOP : core::scoring
• CenHBPotentialOP : core::scoring
• CenListInfoOP : core::scoring
• cenpack : core::scoring
• cenpack_smooth : core::scoring
• CenPairEnergyCreator_registrator : core::init
• CenRotDunEnergyCreator_registrator : core::init
• CenRotEnvEnergyCreator_registrator : core::init
• CenRotEnvPairPotentialCOP : core::scoring
• CenRotEnvPairPotentialOP : core::scoring
• CenRotPairEnergyCreator_registrator : core::init
• center : core::conformation::membrane
• center_of_mass() : core::pose
• CENTROID : core::chemical
• centroid_disulfide_energy : core::scoring::methods
• centroid_neighbor_graph : core::scoring
• centroid_pose_from_pdb() : core::import_pose
• CENTROID_ROT : core::chemical
• centroid_scatter() : core::scoring::fiber_diffraction
• CENTROID_WTS : core::scoring
• CentroidDisulfideEnergyContainerAP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfideEnergyContainerCAP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfideEnergyContainerCOP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfideEnergyContainerOP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfideEnergyCOP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfideEnergyCreator_registrator : core::init
• CentroidDisulfideEnergyOP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfidePotentialAP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfidePotentialCAP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfidePotentialCOP : core::scoring::disulfides
• CentroidDisulfidePotentialOP : core::scoring::disulfides
• CentroidScatterOP : core::scoring::fiber_diffraction
• Cf : core::chemical::element
• ch_bond : core::scoring
• ch_bond_bb_bb : core::scoring
• ch_bond_bb_sc : core::scoring
• ch_bond_sc_sc : core::scoring
• chain_gws_string() : core::io::carbohydrates
• chainbreak : core::scoring
• CHAINBREAK_BOGUS_ATOM_ID : core::id
• CHAINBREAK_BOGUS_NAMED_ATOM_ID : core::id
• ChainbreakEnergyCreator_registrator : core::init
• ChainIsCreator_registrator : core::init
• ChainIsntCreator_registrator : core::init
• ChainIsntOP : core::pack::task::operation
• ChainIsOP : core::pack::task::operation
• ChainSelectorCOP : core::pack::task::residue_selector
• ChainSelectorOP : core::pack::task::residue_selector
• change_cys_state() : core::conformation
• char_valid_as_torsion_bin() : core::conformation
• Charge : core
• chco : core::scoring::rna::chemical_shift
• check_all_residues_sampled() : core::pose::full_model_info
• check_and_correct_sister_atom_based_on_chirality() : core::io::pdb
• check_and_correct_sister_atom_based_on_outgroup() : core::io::pdb
• check_and_correct_sister_atoms() : core::io::pdb
• check_binary_chars() : core::io::serialization
• check_binary_unsigned_int() : core::io::serialization
• check_deprecated_flags() : core::init
• check_full_model_info_OK() : core::pose::full_model_info
• check_good_neighbor() : core::conformation
• check_hbonds : core::optimization::symmetry
• check_rama : core::optimization::symmetry
• check_sample_sugar_in_full_model_info() : core::pose::full_model_info
• check_score_components : core::optimization::symmetry
• check_score_components_verbose : core::optimization::symmetry
• check_score_function_sanity() : core::init
• check_surface_area_leerichards_deriv() : core::scoring::packstat
• ChemicalShiftAnisotropyCOP : core::scoring
• ChemicalShiftAnisotropyEnergyCreator_registrator : core::init
• ChemicalShiftAnisotropyEnergyOP : core::scoring::methods
• ChemicalShiftAnisotropyOP : core::scoring
• ChemicalShiftSequenceCOP : core::sequence
• ChemicalShiftSequenceOP : core::sequence
• CHI : core::chemical::rna , core::id , core::scoring::dna
• CHI1 : core::scoring
• chi1_torsion_atom() : core::chemical::rna
• chi1_torsion_atom_index() : core::chemical::rna
• CHI2 : core::scoring
• chi2_torsion_atom_index() : core::scoring::hackaro
• CHI3 : core::scoring
• CHI4 : core::scoring
• chi_continuation() : core::conformation
• chi_interruption() : core::conformation
• CHIEnergyFunctionCOP : core::scoring::carbohydrates
• CHIEnergyFunctionOP : core::scoring::carbohydrates
• ChiSetCOP : core::pack::dunbrack
• ChiSetOP : core::pack::dunbrack
• ChiState : core::chemical::rna
• ChiVector : core::pack::dunbrack
• choose_effective_sequence_separation() : core::scoring::constraints
• chop_fragments() : core::fragment
• chothia : core::scoring::sasa
• chr_chains() : core::chemical , core::conformation::symmetry
• chrg : core::scoring::rna::chemical_shift
• ci_1b : core::scoring::methods
• ci_2b : core::scoring::methods
• ci_lr_2b : core::scoring::methods
• CircleIter : core::scoring::packstat
• Circles : core::scoring::packstat
• CircularGeneral1D_FuncCOP : core::scoring::func
• CircularGeneral1D_FuncOP : core::scoring::func
• CircularHarmonicFuncCOP : core::scoring::func
• CircularHarmonicFuncOP : core::scoring::func
• CircularPowerFuncCOP : core::scoring::func
• CircularPowerFuncOP : core::scoring::func
• CircularSigmoidalFuncCOP : core::scoring::func
• CircularSigmoidalFuncOP : core::scoring::func
• CircularSplineFuncCOP : core::scoring::func
• CircularSplineFuncOP : core::scoring::func
• cis_omega_torsion_bin() : core::conformation
• CIS_XP : core::scoring
• CIS_XX : core::scoring
• Cl : core::chemical::element
• ClashBasedRepackShellSelectorCOP : core::pack::task::residue_selector
• ClashBasedRepackShellSelectorOP : core::pack::task::residue_selector
• classify_base_pairs() : core::pose::rna
• clearPoseExtraScore() : core::pose
• clearPoseExtraScores() : core::pose
• clone() : core::io::serialization
• Cm : core::chemical::element
• CMCT : core::scoring::rna::data
• cmp_particles() : core::optimization
• Cn : core::chemical::element
• Co : core::chemical::element
• co : core::scoring
• coarse_beadlj : core::scoring
• coarse_fa_atr : core::scoring
• coarse_fa_rep : core::scoring
• coarse_fa_sol : core::scoring
• COARSE_RNA : core::chemical
• COARSE_TWO_BEAD : core::chemical
• combinable() : core::scoring::constraints
• combine_constraints() : core::scoring::constraints
• combine_NMR_atom_string() : core::scoring::constraints
• combine_sequence_mappings() : core::id
• comma_strings_to_map() : core::conformation::symmetry
• comma_strings_to_pair_map() : core::conformation::symmetry
• comma_strings_to_vector() : core::conformation::symmetry
• comma_strings_to_vector_map() : core::conformation::symmetry
• comment_begin() : core::pack::task
• compact_enum_set() : core::chemical::gasteiger
• compare_atom_coordinates() : core::pose
• compare_binary_protein_silent_struct() : core::pose
• compare_by_abs() : core::scoring
• compare_mingraph_and_energy_graph() : core::pack
• compare_simple_inteaction_graph_alt_state_and_energy_graph() : core::pack
• CompositeScoringSchemeOP : core::sequence
• CompositeSequenceCOP : core::sequence
• CompositeSequenceCreator_registrator : core::init
• CompositeSequenceOP : core::sequence
• compute_and_store_pose_waters() : core::scoring::methods
• compute_atom_packing_scores() : core::scoring::packstat
• compute_bb_centroid() : core::scoring
• compute_bb_radius() : core::scoring
• compute_cav_ball_clusters() : core::scoring::packstat
• compute_cav_ball_neighbor_count() : core::scoring::packstat
• compute_cav_ball_volumes() : core::scoring::packstat
• compute_coefficients3() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• compute_coefficients4() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• compute_dec15_score() : core::scoring::packing
• compute_exact_geosol() : core::scoring::geometric_solvation
• compute_holes_deriv() : core::scoring::packing
• compute_holes_deriv_res() : core::scoring::packing
• compute_holes_score() : core::scoring::packing
• compute_holes_score_res() : core::scoring::packing
• compute_holes_surfs() : core::scoring::packing
• compute_jump_rmsd() : core::scoring
• compute_packing_score() : core::scoring::packstat
• compute_packing_score_leerichards() : core::scoring::packstat
• compute_per_residue_coverage() : core::fragment
• compute_residue_packing_score() : core::scoring::packstat
• compute_residue_packing_scores() : core::scoring::packstat
• compute_rosettaholes_score() : core::scoring::packing
• compute_sasa() : core::scoring::packstat
• compute_sasa_generic() : core::scoring::packstat
• compute_sc_centroid() : core::scoring
• compute_sc_radius() : core::scoring
• compute_smooth_nb_deriv() : core::scoring::packing
• compute_surface_area_leerichards() : core::scoring::packstat
• compute_surface_area_leerichards_deriv() : core::scoring::packstat
• compute_surrounding_sasa() : core::scoring::packstat
• conf2pdb_chain() : core::pose
• conf2pdb_chain_default_map() : core::pose
• ConformationAP : core::conformation
• ConformationCAP : core::conformation
• ConformationCOP : core::conformation
• ConformationKinWriterCOP : core::conformation
• ConformationKinWriterOP : core::conformation
• ConformationOP : core::conformation
• conj_map_times() : core::scoring::electron_density
• ConjugableBond : core::chemical
• connection_indices() : core::scoring::mm
• const_full_model_info() : core::pose::full_model_info
• constant_constraint : core::scoring
• ConstantFuncOP : core::scoring::func
• ConstantLengthFragSetCOP : core::fragment
• ConstantLengthFragSetOP : core::fragment
• ConstraintCOP : core::scoring::constraints
• ConstraintCOPs : core::scoring::constraints
• ConstraintCreatorCOP : core::scoring::constraints
• ConstraintCreatorOP : core::scoring::constraints
• ConstraintGraphCOP : core::scoring::constraints
• ConstraintGraphOP : core::scoring::constraints
• ConstraintOP : core::scoring::constraints
• ConstraintOPs : core::scoring::constraints
• constraints_lr : core::scoring::methods
• ConstraintsCOP : core::scoring::constraints
• ConstraintsEnergyCOP : core::scoring::constraints
• ConstraintsEnergyCreator_registrator : core::init
• ConstraintsEnergyOP : core::scoring::constraints
• ConstraintSetCOP : core::scoring::constraints
• ConstraintSetOP : core::scoring::constraints
• ConstraintsOP : core::scoring::constraints
• ContactOrderEnergyCreator_registrator : core::init
• CONTACTS : core::conformation::symmetry
• Contain_seq_num() : core::scoring::rna::chemical_shift
• ContextDependentGeometricSolEnergyCreator_registrator : core::init
• ContextDependentLRTwoBodyEnergyCOP : core::scoring::methods
• ContextDependentLRTwoBodyEnergyOP : core::scoring::methods
• ContextDependentOneBodyEnergyOP : core::scoring::methods
• ContextDependentTwoBodyEnergyCOP : core::scoring::methods
• ContextDependentTwoBodyEnergyOP : core::scoring::methods
• ContextGraphCOP : core::scoring
• ContextGraphOP : core::scoring
• ContextGraphType : core::scoring
• ContextIndependentGeometricSolEnergyCreator_registrator : core::init
• ContextIndependentLRTwoBodyEnergyCOP : core::scoring::methods
• ContextIndependentLRTwoBodyEnergyOP : core::scoring::methods
• ContextIndependentOneBodyEnergyCOP : core::scoring::methods
• ContextIndependentOneBodyEnergyOP : core::scoring::methods
• ContextIndependentTwoBodyEnergyCOP : core::scoring::methods
• ContextIndependentTwoBodyEnergyOP : core::scoring::methods
• ContinuousRotamerSetCOP : core::pack::rotamer_set
• ContinuousRotamerSetOP : core::pack::rotamer_set
• ContinuousRotamerSetsCOP : core::pack::rotamer_set
• ContinuousRotamerSetsOP : core::pack::rotamer_set
• convert_acgu_to_1234() : core::chemical::rna
• convert_atom_name() : core::io::pdb
• convert_from_std_map() : core::pose
• convert_inorder_table_to_original_order() : core::scoring::trie
• convert_inorder_vector_to_original_order() : core::scoring::trie
• convert_nucleic_acid_atom_name_to_standard() : core::io::pdb
• convert_nucleic_acid_atom_names_to_standard() : core::io::pdb
• convert_nucleic_acid_residue_info_to_standard() : core::io::pdb
• convert_res_name() : core::io::pdb
• convert_residuetype_to_light_graph() : core::chemical
• convert_to_BondName() : core::chemical
• convert_to_ResidueType() : core::chemical::sdf
• ConvertToInterpolationCoefficients() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• convolute_maps() : core::scoring::electron_density
• coordinate_constraint : core::scoring
• CoordinateConstraintCreator_registrator : core::init
• copy_dofs() : core::pose::copydofs
• copy_dofs_match_atom_names() : core::pose::copydofs
• copy_residue_coordinates_and_rebuild_missing_atoms() : core::conformation
• CopyDofsCOP : core::pose::copydofs
• CopyDofsInfo : core::pose::copydofs
• CopyDofsOP : core::pose::copydofs
• correctly_add_cutpoint_variants() : core::pose , core::pose::rna
• correctly_position_cutpoint_phosphate_torsions() : core::pose::rna
• CoulombCOP : core::scoring::etable::coulomb
• CoulombOP : core::scoring::etable::coulomb
• count_atom() : core::scoring::methods
• count_constraint() : core::scoring::constraints
• count_pair_bs() : core::scoring::methods
• CountPairFunctionCOP : core::scoring::etable::count_pair
• CountPairFunctionOP : core::scoring::etable::count_pair
• CountPairGenericOP : core::scoring::etable::count_pair
• CP_CROSSOVER_3 : core::scoring::etable::count_pair
• CP_CROSSOVER_4 : core::scoring::etable::count_pair
• CP_MULTIPLE_BONDS_OR_PSEUDOBONDS : core::scoring::etable::count_pair
• CP_NO_BONDS : core::scoring::etable::count_pair
• CP_ONE_BOND : core::scoring::etable::count_pair
• CPCrossoverBehavior : core::scoring::etable::count_pair
• CPParameter : core::chemical
• CPResidueConnectionType : core::scoring::etable::count_pair
• Cr : core::chemical::element
• create_acc_orientation_vector() : core::scoring::hbonds
• create_bond_length() : core::chemical
• create_command_map() : core::pack::task
• create_cpdata_correspondence_for_rotamer() : core::scoring::trie
• create_cpdata_correspondence_for_rotamerset() : core::scoring::trie
• create_don_orientation_vector() : core::scoring::hbonds
• create_ExactSHOEnergy_from_cmdline() : core::scoring::geometric_solvation
• create_minimization_graph() : core::pack
• create_oriented_water_rotamer() : core::pack::rotamer_set
• create_packer_graph() : core::pack
• create_rotamer_descriptor() : core::scoring::hbonds
• create_sasa_method() : core::scoring::sasa
• create_scmin_minimizer_map() : core::pack
• create_shuffle_map_recursive_rms() : core::scoring
• create_subpose() : core::pose
• create_trie() : core::scoring::trie
• Cs : core::chemical::element
• csa : core::scoring
• csca : core::scoring::rna::chemical_shift
• cst_eq() : core::scoring::constraints
• cst_res_data : core::scoring
• cst_respair_data : core::scoring
• CstEnergyContainerCOP : core::scoring::constraints
• CstEnergyContainerOP : core::scoring::constraints
• CstMinimizationDataCOP : core::scoring::constraints
• CstMinimizationDataOP : core::scoring::constraints
• Cu : core::chemical::element
• CubeKey : core::conformation
• cull_violators() : core::scoring::constraints
• custom_atom_pair : core::scoring
• CustomAtomPairEnergy_registrator : core::init
• CUTPOINT_OPEN : core::pose::full_model_info
• CYS_C_ALPHA : core::scoring::disulfides
• CYS_C_BETA : core::scoring::disulfides
• CYS_C_GAMMA : core::scoring::disulfides
• CYS_CEN : core::scoring::disulfides
• CYS_S_DELTA : core::scoring::disulfides
• CYS_S_GAMMA : core::scoring::disulfides