- i -

• I() : ObjexxFCL::format
• I_sc() : evaluation
• IACHAR() : ObjexxFCL
• ICHAR() : ObjexxFCL
• icoor_05_2009() : corrections::chemical
• idate() : ObjexxFCL
• idealize() : mh::harvest
• idealize_after_loop_close() : loops
• idealize_before_loop_close() : loops
• idealize_before_protocol() : run
• idealize_final_structures() : cluster
• idealize_graft_cdrs() : antibody::design
• idealize_h3_stems_before_modeling() : antibody
• idealize_rings() : rings
• identical_match_dis() : willmatch
• ifft() : numeric::fourier
• ifft2() : numeric::fourier
• ifft3() : numeric::fourier
• ifft3_dynamic() : numeric::fourier
• ignore_default_docking_task() : docking
• ignore_improper_res() : bbg
• ignore_io_errors() : mh
• ignore_ligand_chi() : packing
• ignore_sequence_seperation() : fold_cst
• ignore_unrecognized_res() : in
• ignore_waters() : in
• ignore_zero_occupancy() : run
• implicit_hydrogen_radii_set() : sasa
• improve_orientation() : docking::ligand
• in() : in
• in_sin_cos_range() : numeric
• include_catres_in_interface_detection() : enzdes
• include_dna_potentials() : dna::design::specificity
• include_extrashell_to_set_origin() : fingerprint
• include_hydrogens() : fingerprint
• include_hydrogens_explicitly() : sasa
• include_intra_res_protein() : score
• include_lipids() : in
• include_neighbor_base_stacks() : score
• include_only_C_S_in_hsasa() : sasa
• include_patches() : chemical
• include_probe_radius_in_atom_radii() : sasa
• include_stage5() : abinitio
• include_sugars() : in
• include_surfaces() : in
• include_water() : packstat
• increase_chainbreak() : jumps
• increase_cycles() : abinitio
• increase_vdw_radii() : relax::centroid
• independent_cycles() : remodel::RemodelLoopMover
• index() : ObjexxFCL
• indexed_structure_store() : indexed_structure_store
• indexoffset() : lh::fragpdb
• inform() : basic::options
• ini_func1() : numeric::random
• ini_func2() : numeric::random
• init() : basic , devel , src
• initial_dist_cutoff() : abinitio::star
• initial_pack() : backrub
• initial_repack() : ddg
• initialize() : basic::options
• initialize_global_flags() : calccontacts
• initialize_logging() : src::logging_support
• initialize_rigid_body_dofs() : symmetry
• initialize_sturm() : numeric::kinematic_closure
• InitializeLoop() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• InitializeLoops() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• inner_cycle_rounds() : antibody::design
• inner_iteration_scale() : flexpack::annealer
• inner_kt() : antibody::design
• inner_product() : app::surface_docking::surf_param , numeric
• inneriterations_scaling() : packing
• inout() : inout
• inp_lig() : fingerprint
• inplace_product() : numeric
• inplace_transpose_product() : numeric
• input_checker() : app::surface_docking::surface_docking
• input_etables() : score
• input_fv() : antibody
• input_pdb() : LoopModel , loops , RBSegmentRelax
• input_res() : in::file
• input_res1() : stepwise
• input_res2() : stepwise
• input_score_filter() : cluster
• input_seq() : pepspec
• insert() : ufv::insert
• insert_disulfide_constraint_weight() : run
• insert_middle() : utility
• insert_or_ignore() : basic::database
• insert_pdb() : ufv::insert
• insert_segment_from_pdb() : remodel::domainFusion
• instructions() : antibody::design
• int2afteroption() : basic::options
• int_of() : ObjexxFCL
• intafteroption() : basic::options
• integration_test() : magnesium , stepwise::rna
• inter_group_neighbors_cutoff() : pose_metrics
• inter_subsub_cst() : smhybrid
• interactive() : run
• interface_cutoff() : pepspec , pose_metrics
• interface_ddg() : ddg
• interface_ddG() : demo::D090_Ala_scan
• interface_dis() : antibody::design
• interface_only() : mh::match
• interface_size() : willmatch
• intermediate_scorefiles() : run
• intermediate_structures() : run
• intermedrelax() : loops
• intermolecular_frequency() : stepwise::monte_carlo
• interpolate_2d_func_of_angles() : basic
• interpolate_bilinear() : basic
• interpolate_bilinear_by_value() : basic
• interpolate_get_angle_bins() : basic
• interpolate_trilinear() : basic
• interpolate_trilinear_by_value() : basic
• interpolated() : numeric::interpolation , numeric::interpolation::periodic_range::full , numeric::interpolation::periodic_range::half
• interpolated_delta() : numeric::interpolation
• interval() : ms::checkpoint
• interval_data_dump() : canonical_sampling::sampling
• interval_pose_dump() : canonical_sampling::sampling
• intrares_elec_correction_scale() : score
• ints_of() : ObjexxFCL
• inv_kin_lig_loop_design_filename() : murphp
• inv_kT_nataa() : optE
• inv_kT_natrot() : optE
• inv_kT_natstruct() : optE
• inverse() : numeric
• invrate_jump_move() : jumps
• Irms() : evaluation
• is_a_finitenumber() : numeric
• is_any_of() : ObjexxFCL
• is_bb_complete() : loadPDB
• is_blank() : ObjexxFCL
• is_blank_string() : ObjexxFCL::format
• is_bool() : ObjexxFCL
• is_char() : ObjexxFCL
• is_directory() : utility::file
• is_double() : ObjexxFCL
• is_eq() : utility::json_spirit
• is_false_string() : utility
• is_float() : ObjexxFCL
• is_inf() : utility
• is_int() : ObjexxFCL
• is_ints() : ObjexxFCL
• is_legal_greater_than() : numeric::kdtree
• is_legal_kdtree_below_node() : numeric::kdtree
• is_legal_less_than() : numeric::kdtree
• is_letter() : numeric::expression_parser
• is_long() : ObjexxFCL
• is_longdouble() : ObjexxFCL
• is_nan() : utility
• is_numeral() : numeric::expression_parser
• is_refcount() : exclude
• is_short() : ObjexxFCL
• is_string() : ObjexxFCL
• is_string_numeric() : utility
• is_true_string() : utility
• is_type() : ObjexxFCL
• is_type< char >() : ObjexxFCL
• is_type< std::string >() : ObjexxFCL
• is_uint() : ObjexxFCL
• is_ulong() : ObjexxFCL
• is_undefined() : utility
• is_ushort() : ObjexxFCL
• is_whitespace() : ObjexxFCL
• isBanned() : exclude
• ischildof() : exclude
• isFileInScons() : exclude
• isinc() : exclude
• isinf() : numeric
• isnan() : numeric
• iter() : mp::mutate_relax
• iterate_reset() : rdc
• iterate_tol() : rdc
• iterate_weights() : rdc
• iterations() : ddg
• itime() : ObjexxFCL