rna::denovo Namespace Reference

Namespaces
	db
	minimize
	out

Functions
BooleanOptionKey const	denovo ("rna:denovo")
IntegerOptionKey const	cycles ("rna:denovo:cycles")
RealOptionKey const	rna_protein_docking_freq ("rna:denovo:rna_protein_docking_freq")
IntegerOptionKey const	rounds ("rna:denovo:rounds")
RealOptionKey const	temperature ("rna:denovo:temperature")
BooleanOptionKey const	minimize_rna ("rna:denovo:minimize_rna")
StringVectorOptionKey const	sequence ("rna:denovo:sequence")
StringOptionKey const	secstruct ("rna:denovo:secstruct")
StringOptionKey const	secstruct_general ("rna:denovo:secstruct_general")
StringOptionKey const	secstruct_file ("rna:denovo:secstruct_file")
StringOptionKey const	secstruct_general_file ("rna:denovo:secstruct_general_file")
StringOptionKey const	secstruct_legacy ("rna:denovo:secstruct_legacy")
StringOptionKey const	lores_scorefxn ("rna:denovo:lores_scorefxn")
StringVectorOptionKey const	set_lores_weights ("rna:denovo:set_lores_weights")
IntegerOptionKey const	symm_hack_arity ("rna:denovo:symm_hack_arity")
IntegerOptionKey const	exhaustive_fragment_insertion ("rna:denovo:exhaustive_fragment_insertion")
StringOptionKey const	params_file ("rna:denovo:params_file")
BooleanOptionKey const	filter_lores_base_pairs ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs")
BooleanOptionKey const	filter_lores_base_pairs_early ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs_early")
BooleanOptionKey const	filter_chain_closure ("rna:denovo:filter_chain_closure")
BooleanOptionKey const	filter_chain_closure_halfway ("rna:denovo:filter_chain_closure_halfway")
RealOptionKey const	filter_chain_closure_distance ("rna:denovo:filter_chain_closure_distance")
BooleanOptionKey const	relax_rna ("rna:denovo:relax_rna")
BooleanOptionKey const	simple_relax ("rna:denovo:simple_relax")
BooleanOptionKey const	ignore_secstruct ("rna:denovo:ignore_secstruct")
RealOptionKey const	jump_change_frequency ("rna:denovo:jump_change_frequency")
BooleanOptionKey const	close_loops ("rna:denovo:close_loops")
BooleanOptionKey const	close_loops_after_each_move ("rna:denovo:close_loops_after_each_move")
BooleanOptionKey const	heat ("rna:denovo:heat")
BooleanOptionKey const	staged_constraints ("rna:denovo:staged_constraints")
StringOptionKey const	jump_library_file ("rna:denovo:jump_library_file")
StringOptionKey const	vall_torsions ("rna:denovo:vall_torsions")
BooleanOptionKey const	use_1jj2_torsions ("rna:denovo:use_1jj2_torsions")
RealOptionKey const	fuzz_fragments ("rna:denovo:fuzz_fragments")
RealOptionKey const	rna_lores_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_chainbreak_weight")
RealOptionKey const	rna_lores_linear_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_linear_chainbreak_weight")
BooleanOptionKey const	fixed_stems ("rna:denovo:fixed_stems")
BooleanOptionKey const	allow_bulge ("rna:denovo:allow_bulge")
IntegerVectorOptionKey const	allowed_bulge_res ("rna:denovo:allowed_bulge_res")
BooleanOptionKey const	allow_consecutive_bulges ("rna:denovo:allow_consecutive_bulges")
BooleanOptionKey const	move_first_rigid_body ("rna:denovo:move_first_rigid_body")
BooleanOptionKey const	root_at_first_rigid_body ("rna:denovo:root_at_first_rigid_body")
BooleanOptionKey const	dock_each_chunk ("rna:denovo:dock_each_chunk")
BooleanOptionKey const	dock_each_chunk_per_chain ("rna:denovo:dock_each_chunk_per_chain")
BooleanOptionKey const	center_jumps_in_single_stranded ("rna:denovo:center_jumps_in_single_stranded")
FileVectorOptionKey const	initial_structures ("rna:denovo:initial_structures")
FileVectorOptionKey const	helical_substructs ("rna:denovo:helical_substructs")
RealOptionKey const	suppress_bp_constraint ("rna:denovo:suppress_bp_constraint")
BooleanOptionKey const	output_filters ("rna:denovo:output_filters")
BooleanOptionKey const	autofilter ("rna:denovo:autofilter")
BooleanOptionKey const	no_filters ("rna:denovo:no_filters")
ResidueChainVectorOptionKey const	output_res_num ("rna:denovo:output_res_num")
IntegerOptionKey const	offset ("rna:denovo:offset")
ResidueChainVectorOptionKey const	input_silent_res ("rna:denovo:input_silent_res")
ResidueChainVectorOptionKey const	virtual_anchor ("rna:denovo:virtual_anchor")
ResidueChainVectorOptionKey const	obligate_pair ("rna:denovo:obligate_pair")
StringVectorOptionKey const	obligate_pair_explicit ("rna:denovo:obligate_pair_explicit")
StringVectorOptionKey const	chain_connection ("rna:denovo:chain_connection")
ResidueChainVectorOptionKey const	remove_pair ("rna:denovo:remove_pair")
ResidueChainVectorOptionKey const	remove_obligate_pair ("rna:denovo:remove_obligate_pair")
StringOptionKey const	refine_silent_file ("rna:denovo:refine_silent_file")
StringVectorOptionKey const	refine_silent_tags ("rna:denovo:refine_silent_tags")
IntegerOptionKey const	refine_silent_number_of_poses ("rna:denovo:refine_silent_number_of_poses")
StringOptionKey const	get_fold_tree_from_silent_file ("rna:denovo:get_fold_tree_from_silent_file")
StringVectorOptionKey const	fold_tree_from_silent_file_tag ("rna:denovo:fold_tree_from_silent_file_tag")
BooleanOptionKey const	refine_native_get_good_FT ("rna:denovo:refine_native_get_good_FT")
BooleanOptionKey const	refine_native ("rna:denovo:refine_native")
BooleanOptionKey const	override_refine_pose_rounds ("rna:denovo:override_refine_pose_rounds")
BooleanOptionKey const	bps_moves ("rna:denovo:bps_moves")
BooleanOptionKey const	disallow_bps_at_extra_min_res ("rna:denovo:disallow_bps_at_extra_min_res")
BooleanOptionKey const	allow_fragment_moves_in_bps ("rna:denovo:allow_fragment_moves_in_bps")
IntegerOptionKey const	frag_size ("rna:denovo:frag_size")
BooleanOptionKey const	VDW_rep_screen_include_sidechains ("rna:denovo:VDW_rep_screen_include_sidechains")
BooleanOptionKey const	gradual_constraints ("rna:denovo:gradual_constraints")
BooleanOptionKey const	ramp_rnp_vdw ("rna:denovo:ramp_rnp_vdw")
RealOptionKey const	grid_vdw_weight ("rna:denovo:grid_vdw_weight")
StringOptionKey const	tag ("rna:denovo:tag")
StringOptionKey const	working_native ("rna:denovo:working_native")
BooleanOptionKey const	use_legacy_setup ("rna:denovo:use_legacy_setup")
BooleanOptionKey const	cst_gap ("rna:denovo:cst_gap")
BooleanOptionKey const	convert_protein_CEN ("rna:denovo:convert_protein_CEN")
BooleanOptionKey const	rna_protein_docking ("rna:denovo:rna_protein_docking")
BooleanOptionKey const	small_docking_moves ("rna:denovo:small_docking_moves")
RealOptionKey const	docking_move_size ("rna:denovo:docking_move_size")
BooleanOptionKey const	rna_protein_docking_legacy ("rna:denovo:rna_protein_docking_legacy")
BooleanOptionKey const	rnp_high_res_relax ("rna:denovo:rnp_high_res_relax")
IntegerOptionKey const	rnp_high_res_cycles ("rna:denovo:rnp_high_res_cycles")
BooleanOptionKey const	rnp_pack_first ("rna:denovo:rnp_pack_first")
BooleanOptionKey const	rnp_min_first ("rna:denovo:rnp_min_first")
BooleanOptionKey const	rnp_ramp_rep ("rna:denovo:rnp_ramp_rep")
BooleanOptionKey const	new_fold_tree_initializer ("rna:denovo:new_fold_tree_initializer")
BooleanOptionKey const	randomize_init_rnp ("rna:denovo:randomize_init_rnp")
BooleanOptionKey const	dock_into_density ("rna:denovo:dock_into_density")
BooleanOptionKey const	dock_into_density_legacy ("rna:denovo:dock_into_density_legacy")
IntegerVectorOptionKey const	exclude_fragments ("rna:denovo:exclude_fragments")
StringOptionKey const	exclusion_match_type ("rna:denovo:exclusion_match_type")
RealOptionKey const	fragment_homology_rmsd ("rna:denovo:fragment_homology_rmsd")
BooleanOptionKey const	exclude_native_fragments ("rna:denovo:exclude_native_fragments")
StringVectorOptionKey const	exclude_fragment_files ("rna:denovo:exclude_fragment_files")
BooleanOptionKey const	dump_stems ("rna:denovo:dump_stems")

Function Documentation

BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_bulge

(

"rna:denovo:allow_bulge"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_consecutive_bulges

(

"rna:denovo:allow_consecutive_bulges"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::allow_fragment_moves_in_bps

(

"rna:denovo:allow_fragment_moves_in_bps"

)

IntegerVectorOptionKey const rna::denovo::allowed_bulge_res

(

"rna:denovo:allowed_bulge_res"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::autofilter

(

"rna:denovo:autofilter"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::bps_moves

(

"rna:denovo:bps_moves"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::center_jumps_in_single_stranded

(

"rna:denovo:center_jumps_in_single_stranded"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::chain_connection

(

"rna:denovo:chain_connection"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::close_loops

(

"rna:denovo:close_loops"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::close_loops_after_each_move

(

"rna:denovo:close_loops_after_each_move"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::convert_protein_CEN

(

"rna:denovo:convert_protein_CEN"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::cst_gap

(

"rna:denovo:cst_gap"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::cycles

(

"rna:denovo:cycles"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::denovo

(

"rna:denovo"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::disallow_bps_at_extra_min_res

(

"rna:denovo:disallow_bps_at_extra_min_res"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_each_chunk

(

"rna:denovo:dock_each_chunk"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_each_chunk_per_chain

(

"rna:denovo:dock_each_chunk_per_chain"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_into_density

(

"rna:denovo:dock_into_density"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::dock_into_density_legacy

(

"rna:denovo:dock_into_density_legacy"

)

RealOptionKey const rna::denovo::docking_move_size

(

"rna:denovo:docking_move_size"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::dump_stems

(

"rna:denovo:dump_stems"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::exclude_fragment_files

(

"rna:denovo:exclude_fragment_files"

)

IntegerVectorOptionKey const rna::denovo::exclude_fragments

(

"rna:denovo:exclude_fragments"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::exclude_native_fragments

(

"rna:denovo:exclude_native_fragments"

)

StringOptionKey const rna::denovo::exclusion_match_type

(

"rna:denovo:exclusion_match_type"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::exhaustive_fragment_insertion

(

"rna:denovo:exhaustive_fragment_insertion"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure

(

"rna:denovo:filter_chain_closure"

)

RealOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure_distance

(

"rna:denovo:filter_chain_closure_distance"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_chain_closure_halfway

(

"rna:denovo:filter_chain_closure_halfway"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_lores_base_pairs

(

"rna:denovo:filter_lores_base_pairs"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::filter_lores_base_pairs_early

(

"rna:denovo:filter_lores_base_pairs_early"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::fixed_stems

(

"rna:denovo:fixed_stems"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::fold_tree_from_silent_file_tag

(

"rna:denovo:fold_tree_from_silent_file_tag"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::frag_size

(

"rna:denovo:frag_size"

)

RealOptionKey const rna::denovo::fragment_homology_rmsd

(

"rna:denovo:fragment_homology_rmsd"

)

RealOptionKey const rna::denovo::fuzz_fragments

(

"rna:denovo:fuzz_fragments"

)

StringOptionKey const rna::denovo::get_fold_tree_from_silent_file

(

"rna:denovo:get_fold_tree_from_silent_file"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::gradual_constraints

(

"rna:denovo:gradual_constraints"

)

RealOptionKey const rna::denovo::grid_vdw_weight

(

"rna:denovo:grid_vdw_weight"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::heat

(

"rna:denovo:heat"

)

FileVectorOptionKey const rna::denovo::helical_substructs

(

"rna:denovo:helical_substructs"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::ignore_secstruct

(

"rna:denovo:ignore_secstruct"

)

FileVectorOptionKey const rna::denovo::initial_structures

(

"rna:denovo:initial_structures"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::input_silent_res

(

"rna:denovo:input_silent_res"

)

RealOptionKey const rna::denovo::jump_change_frequency

(

"rna:denovo:jump_change_frequency"

)

StringOptionKey const rna::denovo::jump_library_file

(

"rna:denovo:jump_library_file"

)

StringOptionKey const rna::denovo::lores_scorefxn

(

"rna:denovo:lores_scorefxn"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize_rna

(

"rna:denovo:minimize_rna"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::move_first_rigid_body

(

"rna:denovo:move_first_rigid_body"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::new_fold_tree_initializer

(

"rna:denovo:new_fold_tree_initializer"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::no_filters

(

"rna:denovo:no_filters"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::obligate_pair

(

"rna:denovo:obligate_pair"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::obligate_pair_explicit

(

"rna:denovo:obligate_pair_explicit"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::offset

(

"rna:denovo:offset"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::output_filters

(

"rna:denovo:output_filters"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::output_res_num

(

"rna:denovo:output_res_num"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::override_refine_pose_rounds

(

"rna:denovo:override_refine_pose_rounds"

)

StringOptionKey const rna::denovo::params_file

(

"rna:denovo:params_file"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::ramp_rnp_vdw

(

"rna:denovo:ramp_rnp_vdw"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::randomize_init_rnp

(

"rna:denovo:randomize_init_rnp"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::refine_native

(

"rna:denovo:refine_native"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::refine_native_get_good_FT

(

"rna:denovo:refine_native_get_good_FT"

)

StringOptionKey const rna::denovo::refine_silent_file

(

"rna:denovo:refine_silent_file"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::refine_silent_number_of_poses

(

"rna:denovo:refine_silent_number_of_poses"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::refine_silent_tags

(

"rna:denovo:refine_silent_tags"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::relax_rna

(

"rna:denovo:relax_rna"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::remove_obligate_pair

(

"rna:denovo:remove_obligate_pair"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::remove_pair

(

"rna:denovo:remove_pair"

)

RealOptionKey const rna::denovo::rna_lores_chainbreak_weight

(

"rna:denovo:rna_lores_chainbreak_weight"

)

RealOptionKey const rna::denovo::rna_lores_linear_chainbreak_weight

(

"rna:denovo:rna_lores_linear_chainbreak_weight"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking

(

"rna:denovo:rna_protein_docking"

)

RealOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking_freq

(

"rna:denovo:rna_protein_docking_freq"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::rna_protein_docking_legacy

(

"rna:denovo:rna_protein_docking_legacy"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::rnp_high_res_cycles

(

"rna:denovo:rnp_high_res_cycles"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_high_res_relax

(

"rna:denovo:rnp_high_res_relax"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_min_first

(

"rna:denovo:rnp_min_first"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_pack_first

(

"rna:denovo:rnp_pack_first"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::rnp_ramp_rep

(

"rna:denovo:rnp_ramp_rep"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::root_at_first_rigid_body

(

"rna:denovo:root_at_first_rigid_body"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::rounds

(

"rna:denovo:rounds"

)

StringOptionKey const rna::denovo::secstruct

(

"rna:denovo:secstruct"

)

StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_file

(

"rna:denovo:secstruct_file"

)

StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_general

(

"rna:denovo:secstruct_general"

)

StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_general_file

(

"rna:denovo:secstruct_general_file"

)

StringOptionKey const rna::denovo::secstruct_legacy

(

"rna:denovo:secstruct_legacy"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::sequence

(

"rna:denovo:sequence"

)

StringVectorOptionKey const rna::denovo::set_lores_weights

(

"rna:denovo:set_lores_weights"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::simple_relax

(

"rna:denovo:simple_relax"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::small_docking_moves

(

"rna:denovo:small_docking_moves"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::staged_constraints

(

"rna:denovo:staged_constraints"

)

RealOptionKey const rna::denovo::suppress_bp_constraint

(

"rna:denovo:suppress_bp_constraint"

)

IntegerOptionKey const rna::denovo::symm_hack_arity

(

"rna:denovo:symm_hack_arity"

)

StringOptionKey const rna::denovo::tag

(

"rna:denovo:tag"

)

RealOptionKey const rna::denovo::temperature

(

"rna:denovo:temperature"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::use_1jj2_torsions

(

"rna:denovo:use_1jj2_torsions"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::use_legacy_setup

(

"rna:denovo:use_legacy_setup"

)

StringOptionKey const rna::denovo::vall_torsions

(

"rna:denovo:vall_torsions"

)

BooleanOptionKey const rna::denovo::VDW_rep_screen_include_sidechains

(

"rna:denovo:VDW_rep_screen_include_sidechains"

)

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::virtual_anchor

(

"rna:denovo:virtual_anchor"

)

StringOptionKey const rna::denovo::working_native

(

"rna:denovo:working_native"

)