evaluation Namespace Reference

Functions
BooleanOptionKey const	evaluation ("evaluation")
FileVectorOptionKey const	rmsd_target ("evaluation:rmsd_target")
StringVectorOptionKey const	rmsd_column ("evaluation:rmsd_column")
FileVectorOptionKey const	rmsd_select ("evaluation:rmsd_select")
FileVectorOptionKey const	align_rmsd_target ("evaluation:align_rmsd_target")
FileVectorOptionKey const	structural_similarity ("evaluation:structural_similarity")
BooleanOptionKey const	contact_map ("evaluation:contact_map")
StringVectorOptionKey const	jscore_evaluator ("evaluation:jscore_evaluator")
StringVectorOptionKey const	align_rmsd_column ("evaluation:align_rmsd_column")
FileVectorOptionKey const	align_rmsd_fns ("evaluation:align_rmsd_fns")
StringOptionKey const	align_rmsd_format ("evaluation:align_rmsd_format")
StringOptionKey const	rms_type ("evaluation:rms_type")
StringOptionKey const	predicted_burial_fn ("evaluation:predicted_burial_fn")
FileOptionKey const	pool ("evaluation:pool")
FileVectorOptionKey const	rmsd ("evaluation:rmsd")
FileVectorOptionKey const	chirmsd ("evaluation:chirmsd")
BooleanOptionKey const	gdtmm ("evaluation:gdtmm")
BooleanOptionKey const	gdttm ("evaluation:gdttm")
BooleanOptionKey const	score_with_rmsd ("evaluation:score_with_rmsd")
FileVectorOptionKey const	constraints ("evaluation:constraints")
FileVectorOptionKey const	constraints_column ("evaluation:constraints_column")
FileVectorOptionKey const	combined_constraints ("evaluation:combined_constraints")
FileVectorOptionKey const	combined_constraints_column ("evaluation:combined_constraints_column")
IntegerOptionKey const	combine_statistics ("evaluation:combine_statistics")
StringVectorOptionKey const	chemical_shifts ("evaluation:chemical_shifts")
StringOptionKey const	sparta_dir ("evaluation:sparta_dir")
StringVectorOptionKey const	cam_shifts ("evaluation:cam_shifts")
StringVectorOptionKey const	pales ("evaluation:pales")
FileVectorOptionKey const	extra_score ("evaluation:extra_score")
FileVectorOptionKey const	extra_score_patch ("evaluation:extra_score_patch")
StringVectorOptionKey const	extra_score_column ("evaluation:extra_score_column")
FileVectorOptionKey const	extra_score_select ("evaluation:extra_score_select")
FileVectorOptionKey const	rdc_target ("evaluation:rdc_target")
BooleanOptionKey const	symmetric_rmsd ("evaluation:symmetric_rmsd")
StringVectorOptionKey const	rdc_column ("evaluation:rdc_column")
StringVectorOptionKey const	rdc ("evaluation:rdc")
StringOptionKey const	built_in_rdc ("evaluation:built_in_rdc")
BooleanOptionKey const	jump_nr ("evaluation:jump_nr")
IntegerVectorOptionKey const	score_exclude_res ("evaluation:score_exclude_res")
IntegerOptionKey const	score_sscore_short_helix ("evaluation:score_sscore_short_helix")
IntegerOptionKey const	score_sscore_maxloop ("evaluation:score_sscore_maxloop")
IntegerOptionKey const	window_size ("evaluation:window_size")
StringOptionKey const	I_sc ("evaluation:I_sc")
BooleanOptionKey const	Irms ("evaluation:Irms")
BooleanOptionKey const	Ca_Irms ("evaluation:Ca_Irms")
BooleanOptionKey const	Fnat ("evaluation:Fnat")
BooleanOptionKey const	Lrmsd ("evaluation:Lrmsd")
BooleanOptionKey const	Fnonnat ("evaluation:Fnonnat")
BooleanOptionKey const	DockMetrics ("evaluation:DockMetrics")

Function Documentation

align_rmsd_column()

StringVectorOptionKey const evaluation::align_rmsd_column

(

"evaluation:align_rmsd_column"

)

align_rmsd_fns()

FileVectorOptionKey const evaluation::align_rmsd_fns

(

"evaluation:align_rmsd_fns"

)

align_rmsd_format()

StringOptionKey const evaluation::align_rmsd_format

(

"evaluation:align_rmsd_format"

)

align_rmsd_target()

FileVectorOptionKey const evaluation::align_rmsd_target

(

"evaluation:align_rmsd_target"

)

built_in_rdc()

StringOptionKey const evaluation::built_in_rdc

(

"evaluation:built_in_rdc"

)

Ca_Irms()

BooleanOptionKey const evaluation::Ca_Irms

(

"evaluation:Ca_Irms"

)

cam_shifts()

StringVectorOptionKey const evaluation::cam_shifts

(

"evaluation:cam_shifts"

)

chemical_shifts()

StringVectorOptionKey const evaluation::chemical_shifts

(

"evaluation:chemical_shifts"

)

Referenced by main().

chirmsd()

FileVectorOptionKey const evaluation::chirmsd

(

"evaluation:chirmsd"

)

combine_statistics()

IntegerOptionKey const evaluation::combine_statistics

(

"evaluation:combine_statistics"

)

combined_constraints()

FileVectorOptionKey const evaluation::combined_constraints

(

"evaluation:combined_constraints"

)

combined_constraints_column()

FileVectorOptionKey const evaluation::combined_constraints_column

(

"evaluation:combined_constraints_column"

)

constraints()

FileVectorOptionKey const evaluation::constraints

(

"evaluation:constraints"

)

constraints_column()

FileVectorOptionKey const evaluation::constraints_column

(

"evaluation:constraints_column"

)

contact_map()

BooleanOptionKey const evaluation::contact_map

(

"evaluation:contact_map"

)

DockMetrics()

BooleanOptionKey const evaluation::DockMetrics

(

"evaluation:DockMetrics"

)

evaluation()

BooleanOptionKey const evaluation::evaluation

(

"evaluation"

)

extra_score()

FileVectorOptionKey const evaluation::extra_score

(

"evaluation:extra_score"

)

extra_score_column()

StringVectorOptionKey const evaluation::extra_score_column

(

"evaluation:extra_score_column"

)

extra_score_patch()

FileVectorOptionKey const evaluation::extra_score_patch

(

"evaluation:extra_score_patch"

)

extra_score_select()

FileVectorOptionKey const evaluation::extra_score_select

(

"evaluation:extra_score_select"

)

Fnat()

BooleanOptionKey const evaluation::Fnat

(

"evaluation:Fnat"

)

Fnonnat()

BooleanOptionKey const evaluation::Fnonnat

(

"evaluation:Fnonnat"

)

gdtmm()

BooleanOptionKey const evaluation::gdtmm

(

"evaluation:gdtmm"

)

gdttm()

BooleanOptionKey const evaluation::gdttm

(

"evaluation:gdttm"

)

I_sc()

StringOptionKey const evaluation::I_sc

(

"evaluation:I_sc"

)

Irms()

BooleanOptionKey const evaluation::Irms

(

"evaluation:Irms"

)

jscore_evaluator()

StringVectorOptionKey const evaluation::jscore_evaluator

(

"evaluation:jscore_evaluator"

)

jump_nr()

BooleanOptionKey const evaluation::jump_nr

(

"evaluation:jump_nr"

)

Lrmsd()

BooleanOptionKey const evaluation::Lrmsd

(

"evaluation:Lrmsd"

)

pales()

StringVectorOptionKey const evaluation::pales

(

"evaluation:pales"

)

pool()

FileOptionKey const evaluation::pool

(

"evaluation:pool"

)

predicted_burial_fn()

StringOptionKey const evaluation::predicted_burial_fn

(

"evaluation:predicted_burial_fn"

)

rdc()

StringVectorOptionKey const evaluation::rdc

(

"evaluation:rdc"

)

rdc_column()

StringVectorOptionKey const evaluation::rdc_column

(

"evaluation:rdc_column"

)

rdc_target()

FileVectorOptionKey const evaluation::rdc_target

(

"evaluation:rdc_target"

)

rms_type()

StringOptionKey const evaluation::rms_type

(

"evaluation:rms_type"

)

rmsd()

FileVectorOptionKey const evaluation::rmsd

(

"evaluation:rmsd"

)

rmsd_column()

StringVectorOptionKey const evaluation::rmsd_column

(

"evaluation:rmsd_column"

)

rmsd_select()

FileVectorOptionKey const evaluation::rmsd_select

(

"evaluation:rmsd_select"

)

rmsd_target()

FileVectorOptionKey const evaluation::rmsd_target

(

"evaluation:rmsd_target"

)

score_exclude_res()

IntegerVectorOptionKey const evaluation::score_exclude_res

(

"evaluation:score_exclude_res"

)

score_sscore_maxloop()

IntegerOptionKey const evaluation::score_sscore_maxloop

(

"evaluation:score_sscore_maxloop"

)

score_sscore_short_helix()

IntegerOptionKey const evaluation::score_sscore_short_helix

(

"evaluation:score_sscore_short_helix"

)

score_with_rmsd()

BooleanOptionKey const evaluation::score_with_rmsd

(

"evaluation:score_with_rmsd"

)

sparta_dir()

StringOptionKey const evaluation::sparta_dir

(

"evaluation:sparta_dir"

)

structural_similarity()

FileVectorOptionKey const evaluation::structural_similarity

(

"evaluation:structural_similarity"

)

symmetric_rmsd()

BooleanOptionKey const evaluation::symmetric_rmsd

(

"evaluation:symmetric_rmsd"

)

window_size()

IntegerOptionKey const evaluation::window_size

(

"evaluation:window_size"

)