docking::ligand Namespace Reference

Namespaces
	grid

Functions
BooleanOptionKey const	ligand ("docking:ligand")
StringOptionKey const	protocol ("docking:ligand:protocol")
BooleanOptionKey const	soft_rep ("docking:ligand:soft_rep")
BooleanOptionKey const	tweak_sxfn ("docking:ligand:tweak_sxfn")
BooleanOptionKey const	old_estat ("docking:ligand:old_estat")
BooleanOptionKey const	random_conformer ("docking:ligand:random_conformer")
IntegerOptionKey const	improve_orientation ("docking:ligand:improve_orientation")
BooleanOptionKey const	mutate_same_name3 ("docking:ligand:mutate_same_name3")
RealOptionKey const	subset_to_keep ("docking:ligand:subset_to_keep")
RealOptionKey const	min_rms ("docking:ligand:min_rms")
IntegerOptionKey const	max_poses ("docking:ligand:max_poses")
BooleanOptionKey const	minimize_ligand ("docking:ligand:minimize_ligand")
RealOptionKey const	harmonic_torsions ("docking:ligand:harmonic_torsions")
BooleanOptionKey const	use_ambig_constraints ("docking:ligand:use_ambig_constraints")
IntegerOptionKey const	shear_moves ("docking:ligand:shear_moves")
BooleanOptionKey const	minimize_backbone ("docking:ligand:minimize_backbone")
RealOptionKey const	harmonic_Calphas ("docking:ligand:harmonic_Calphas")
RealOptionKey const	tether_ligand ("docking:ligand:tether_ligand")
RealVectorOptionKey const	start_from ("docking:ligand:start_from")
StringOptionKey const	option_file ("docking:ligand:option_file")
RealOptionKey const	ligand_ensemble ("docking:ligand:ligand_ensemble")
IntegerOptionKey const	iphold_cen_cycles ("docking:ligand:iphold_cen_cycles")
IntegerOptionKey const	iphold_fa_cycles ("docking:ligand:iphold_fa_cycles")

Function Documentation

harmonic_Calphas()

RealOptionKey const docking::ligand::harmonic_Calphas

(

"docking:ligand:harmonic_Calphas"

)

References ligand().

Referenced by main().

harmonic_torsions()

RealOptionKey const docking::ligand::harmonic_torsions

(

"docking:ligand:harmonic_torsions"

)

References ligand().

Referenced by main().

improve_orientation()

IntegerOptionKey const docking::ligand::improve_orientation

(

"docking:ligand:improve_orientation"

)

References ligand().

Referenced by main().

iphold_cen_cycles()

IntegerOptionKey const docking::ligand::iphold_cen_cycles

(

"docking:ligand:iphold_cen_cycles"

)

References ligand().

iphold_fa_cycles()

IntegerOptionKey const docking::ligand::iphold_fa_cycles

(

"docking:ligand:iphold_fa_cycles"

)

References ligand().

ligand()

BooleanOptionKey const docking::ligand::ligand

(

"docking:ligand"

)

Referenced by docking::ligand::grid::grid(), docking::ligand::grid::grid_kin(), docking::ligand::grid::grid_map(), harmonic_Calphas(), harmonic_torsions(), improve_orientation(), iphold_cen_cycles(), iphold_fa_cycles(), ligand_ensemble(), max_poses(), min_rms(), minimize_backbone(), minimize_ligand(), mutate_same_name3(), old_estat(), option_file(), protocol(), random_conformer(), shear_moves(), soft_rep(), start_from(), subset_to_keep(), tether_ligand(), tweak_sxfn(), and use_ambig_constraints().

ligand_ensemble()

RealOptionKey const docking::ligand::ligand_ensemble

(

"docking:ligand:ligand_ensemble"

)

References ligand().

max_poses()

IntegerOptionKey const docking::ligand::max_poses

(

"docking:ligand:max_poses"

)

References ligand().

min_rms()

RealOptionKey const docking::ligand::min_rms

(

"docking:ligand:min_rms"

)

References ligand().

minimize_backbone()

BooleanOptionKey const docking::ligand::minimize_backbone

(

"docking:ligand:minimize_backbone"

)

References ligand().

Referenced by main().

minimize_ligand()

BooleanOptionKey const docking::ligand::minimize_ligand

(

"docking:ligand:minimize_ligand"

)

References ligand().

Referenced by main().

mutate_same_name3()

BooleanOptionKey const docking::ligand::mutate_same_name3

(

"docking:ligand:mutate_same_name3"

)

References ligand().

Referenced by main().

old_estat()

BooleanOptionKey const docking::ligand::old_estat

(

"docking:ligand:old_estat"

)

References ligand().

Referenced by main().

option_file()

StringOptionKey const docking::ligand::option_file

(

"docking:ligand:option_file"

)

References ligand().

protocol()

StringOptionKey const docking::ligand::protocol

(

"docking:ligand:protocol"

)

References ligand().

Referenced by main().

random_conformer()

BooleanOptionKey const docking::ligand::random_conformer

(

"docking:ligand:random_conformer"

)

References ligand().

Referenced by main().

shear_moves()

IntegerOptionKey const docking::ligand::shear_moves

(

"docking:ligand:shear_moves"

)

References ligand().

soft_rep()

BooleanOptionKey const docking::ligand::soft_rep

(

"docking:ligand:soft_rep"

)

References ligand().

Referenced by main().

start_from()

RealVectorOptionKey const docking::ligand::start_from

(

"docking:ligand:start_from"

)

References ligand().

Referenced by main().

subset_to_keep()

RealOptionKey const docking::ligand::subset_to_keep

(

"docking:ligand:subset_to_keep"

)

References ligand().

tether_ligand()

RealOptionKey const docking::ligand::tether_ligand

(

"docking:ligand:tether_ligand"

)

References ligand().

tweak_sxfn()

BooleanOptionKey const docking::ligand::tweak_sxfn

(

"docking:ligand:tweak_sxfn"

)

References ligand().

use_ambig_constraints()

BooleanOptionKey const docking::ligand::use_ambig_constraints

(

"docking:ligand:use_ambig_constraints"

)

References ligand().