- _ -

• __ATTEN_ENUM__ : core::scoring::sc
• _RNA_MatchType_ : protocols::farna::fragments

- a -

• AA : core::chemical
• AddStatus : protocols::optimize_weights
• AlignMove : core::sequence
• AlignOption : protocols::hybridization
• Ancestor : core::chemical
• AntibodyDesignProtocolEnum : protocols::antibody::design
• AntibodyNumberingSchemeEnum : protocols::antibody
• AntibodyRegionEnum : protocols::antibody
• atomitem : core::scoring::rna::chemical_shift
• AtomProperty : core::chemical
• AttachmentType : protocols::stepwise::monte_carlo::mover
• AxEqDesignation : core::chemical::rings

- b -

• BaseDoubletOrientation : core::chemical::rna
• BaseEdge : core::chemical::rna
• BaseStackWhichSide : core::chemical::rna
• BBdisplayState : protocols::viewer::graphics_states_param
• BBSampleType : protocols::simple_moves::bb_sampler
• BondAromaticity : core::chemical
• BondConjugability : core::chemical
• BondIsometry : core::chemical
• BondName : core::chemical
• BondOrder : core::chemical
• BondRingness : core::chemical
• boolean_operations : protocols::filters , protocols::toolbox::task_operations
• BT_PROPERTIES : core::scoring::bin_transitions
• BTSB_SUBBIN_TYPE : core::scoring::bin_transitions
• BumpSelectorDecision : core::pack::rotamer_set
• BundleReporterFilterBehaviour : protocols::helical_bundle

- c -

• CALIBRATION_ATOM_TYPE : protocols::noesy_assign
• CDRClusterEnum : protocols::antibody::clusters
• CDRDefinitionEnum : protocols::antibody
• CDRLandmarkEnum : protocols::antibody
• CDRNameEnum : protocols::antibody
• ChainDirection : protocols::loops::loop_closure::ccd
• Chirality : protocols::simple_moves::chiral
• ChiState : core::chemical::rna
• ChiStrategy : protocols::match::upstream
• ColorMode : protocols::viewer::graphics_states_param
• ContactType : protocols::frag_picker
• ContextGraphType : core::scoring
• ControlStrength : protocols::environment::claims
• CPCrossoverBehavior : core::scoring::etable::count_pair
• CPParameter : core::chemical::rings
• CPResidueConnectionType : core::scoring::etable::count_pair
• CstAction : protocols::enzdes
• cstType : protocols::jumping

- d -

• DaemonSetMessage : protocols::pack_daemon
• Direction : protocols::rigid
• Distribution : protocols::ligand_docking
• DisulfideCyclizationViability : protocols::simple_moves
• DisulfideDerivativeAtom : core::scoring::disulfides
• dof_type : core::conformation::symmetry
• DOF_Type : core::id
• DoFType : protocols::helical_bundle
• dofType : protocols::jumping

- e -

• ec_funcs : protocols::pack_daemon
• Elements : core::chemical::element
• EnergyMethods : core::scoring::methods
• EnergyMethodType : core::scoring::methods
• Enum : core::conformation::RotamerSetCacheableDataType , core::scoring::EnergiesCacheableDataType , protocols::forge::build::BuildInstructionState , protocols::forge::build::SegmentInsertConnectionScheme , protocols::forge::components::VLB_VallMemoryUsage , protocols::jd2::JobInputterInputSource
• EventType : core::scoring::packstat
• ExternalTransform : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• ExtraRotSample : core::pack::task

- f -

• FileType : core::import_pose
• filter_type : protocols::generalized_kinematic_closure::filter
• FoldTreeRequest : protocols::loop_modeling
• FullModelParameterType : core::pose::full_model_info

- g -

• GreekDistance : core::chemical

- h -

• H3BaseTypeEnum : protocols::antibody
• HBAccChemType : core::scoring::hbonds
• HBDefType : protocols::features
• HBDerivType : core::scoring::hbonds
• HBDonChemType : core::scoring::hbonds
• HBEvalType : core::scoring::hbonds
• HBGeoDimType : core::scoring::hbonds
• HBondWeightType : core::scoring::hbonds
• HBSeqSep : core::scoring::hbonds
• Hybridization : core::chemical

- i -

• InterfaceRegion : protocols::analysis
• InterpolationType : protocols::canonical_sampling

- j -

• JobStatus : protocols::jd3

- k -

• KRSQueryType : protocols::kinmatch

- l -

• LightChainTypeEnum : protocols::antibody
• LinkageType : core::chemical::carbohydrates
• LongRangeEnergyType : core::scoring::methods
• LookupMode : protocols::indexed_structure_store::filters
• LoopConfiguration : protocols::loops
• LoopRefineInnerCycleName : protocols::loops::loop_mover::refine
• LoopResult : protocols::loops::loop_mover
• LW_BaseDoubletOrientation : core::chemical::rna

- m -

• MainchainTorsionType : core::id
• MakeRotLibPolymerType : protocols::make_rot_lib
• MCA : protocols::moves
• MEM : core::conformation::membrane
• merge_residue_behavior : core::chemical
• min_pair_data : core::scoring
• min_single_data : core::scoring
• MinTypeEnum : protocols::antibody::design
• MotifMatchOverlapReq : core::scoring::motif
• move_type : protocols::sewing
• MoverStatus : protocols::moves
• MoveType : protocols::stepwise::monte_carlo::mover
• mpi_tags : protocols::jd2
• MultipoleAxisType : core::scoring

- o -

• OccFitParam : core::scoring::geometric_solvation
• Operation : protocols::simple_filters
• OptEMultifuncMPIMessages : protocols::optimize_weights
• OptEPositionDataType : protocols::optimize_weights
• orbital_type_enum : core::chemical::orbitals
• OutputLevel : protocols::rotamer_recovery

- p -

• PackerTaskSymmetryStatus : core::pack::task
• PackingAngleEnum : protocols::antibody
• Partner : protocols::rigid
• PeptideDeriverEntryType : protocols::analysis
• PeptideDeriverReportFormat : protocols::analysis
• PertType : protocols::helical_bundle
• perturber_effect : protocols::generalized_kinematic_closure::perturber
• PhosphateTerminus : protocols::stepwise::modeler::rna::phosphate
• PoseCoordPickMode : core::pose
• PoseInputKind : protocols::jd3
• PoseInputSourceOrigin : protocols::jd3
• PoseSelectorFlags : protocols::rosetta_scripts
• ppo_torsion_bin : core::conformation
• ProbeRadius : protocols::match
• ProteinTorsion : core::scoring
• PuckerState : core::chemical::rna

- r -

• Rama_Table_Type : core::scoring
• RamachandranHash : protocols::features
• RBSegmentType : protocols::rbsegment_relax
• RecordType : core::io::pdb
• ResidueDataCacheIndex : core::conformation::residue_datacache
• ResidueIdentifier : protocols::loops
• ResiduePairEvalType : core::pack::interaction_graph
• ResidueProperty : core::chemical
• RM_Type : core::scoring::motif
• RNA_ReactivityType : core::scoring::rna::data
• RNA_Torsion : core::chemical::rna
• RPM_Type : core::scoring::motif

- s -

• SasaMethodEnum : core::scoring::sasa
• SasaRadii : core::scoring::sasa
• SCdisplayState : protocols::viewer::graphics_states_param
• ScoreType : core::scoring
• SecondaryStructureType : protocols::loops::loop_closure::ccd
• selector_type : protocols::generalized_kinematic_closure::selector
• SeqDesignStrategyEnum : protocols::antibody::design
• SharedSilentDataType : core::io::silent
• SheetFoldType : protocols::fldsgn::topology
• ShowHState : protocols::viewer::graphics_states_param
• SlideCriteriaType : core::conformation::symmetry
• SlideType : core::conformation::symmetry
• SpacegroupSetting : protocols::cryst
• spheremode : protocols::viewer
• SSType : protocols::comparative_modeling::features
• StageID : protocols::abinitio::abscript , protocols::abinitio
• StatsType : protocols::moves
• StepWiseSamplerType : protocols::stepwise::sampler
• StepWiseScreenerType : protocols::stepwise::screener
• Strategy : core::conformation
• StubMode : protocols::cyclic_peptide
• StubStatus : protocols::hotspot_hashing

- t -

• T : protocols::features::RelevantResiduesMode
• TailFunction : core::scoring::aa_composition_energy
• TorsionBin : protocols::comparative_modeling::features
• TorsionPerturbType : protocols::simple_moves
• TorsionType : core::id
• TrajectoryState : protocols::viewer::graphics_states_param

- v -

• VariantType : core::chemical

- w -

• WallpaperGroupSetting : protocols::cryst
• WUM_MPI_TAGS : protocols::wum

- x -

• X11Colors : protocols::moves