predPRE.py File Reference

Namespaces
	predPRE

Functions
def	predPRE.ratio_func (x, R2, ratio)
def	predPRE.fit (linewidth, ratio)

Variables
float	predPRE.K = 1.23e-32
int	predPRE.larmor = 500e3
int	predPRE.linewidth = 40
int	predPRE.t = 9e-3
int	predPRE.R2 = linewidth/pi
int	predPRE.nres = 0
	predPRE.pdbname = sys.argv[1]
	predPRE.label = sys.argv[2]
	predPRE.label_chain = str(label[-1])
	predPRE.label_resnum = int(label[:-1])
	predPRE.FILE = open( pdbname, 'r')
int	predPRE.labeledx = 0
int	predPRE.labeledy = 0
int	predPRE.labeledz = 0
	predPRE.fields = line.split()
int	predPRE.MW = nres*110
int	predPRE.kDa = MW/1000
float	predPRE.tauc = 0.6e-9 * kDa
	predPRE.resnum = int(fields[5])
	predPRE.chain = fields[4]
	predPRE.x = float(fields[6])
	predPRE.y = float(fields[7])
	predPRE.z = float(fields[8])
	predPRE.dist = sqrt((x-labeledx)**2+(y-labeledy)**2+(z-labeledz)**2)
int	predPRE.Rconst = 4*tauc+((3*tauc)/(1+larmor**2 * tauc**2))
int	predPRE.numer = R2*exp(-t*(K/(dist**6)*Rconst))
int	predPRE.denom = R2+(K/(dist**6)*Rconst)
int	predPRE.ratio = float(numer)/denom
def	predPRE.PRE = fit( linewidth, ratio )
int	predPRE.Iox = ratio*100
int	predPRE.Ired = 100