rna::denovo::minimize Namespace Reference

Functions
BooleanOptionKey const	minimize ("rna:denovo:minimize")
IntegerOptionKey const	minimize_rounds ("rna:denovo:minimize:minimize_rounds")
BooleanOptionKey const	skip_coord_constraints ("rna:denovo:minimize:skip_coord_constraints")
BooleanOptionKey const	skip_o2prime_trials ("rna:denovo:minimize:skip_o2prime_trials")
BooleanOptionKey const	deriv_check ("rna:denovo:minimize:deriv_check")
BooleanOptionKey const	minimizer_use_coordinate_constraints ("rna:denovo:minimize:minimizer_use_coordinate_constraints")
StringOptionKey const	min_type ("rna:denovo:minimize:min_type")
BooleanOptionKey const	minimize_bps ("rna:denovo:minimize:minimize_bps")
BooleanOptionKey const	minimize_all_protein ("rna:denovo:minimize:minimize_all_protein")
BooleanOptionKey const	minimize_protein_sc ("rna:denovo:minimize:minimize_protein_sc")
BooleanOptionKey const	protein_packing ("rna:denovo:minimize:protein_packing")
BooleanOptionKey const	protein_pack_all ("rna:denovo:minimize:protein_pack_all")
RealOptionKey const	protein_packing_distance ("rna:denovo:minimize:protein_packing_distance")
ResidueChainVectorOptionKey const	extra_minimize_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_res")
ResidueChainVectorOptionKey const	extra_minimize_chi_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_chi_res")
BooleanOptionKey const	minimize_use_nblist ("rna:denovo:minimize:minimize_use_nblist")
BooleanOptionKey const	minimize_nblist_auto_update ("rna:denovo:minimize:minimize_nblist_auto_update")
IntegerOptionKey const	minimize_max_iter ("rna:denovo:minimize:minimize_max_iter")

Function Documentation

deriv_check()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::deriv_check

(

"rna:denovo:minimize:deriv_check"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

extra_minimize_chi_res()

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::minimize::extra_minimize_chi_res

(

"rna:denovo:minimize:extra_minimize_chi_res"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

extra_minimize_res()

ResidueChainVectorOptionKey const rna::denovo::minimize::extra_minimize_res

(

"rna:denovo:minimize:extra_minimize_res"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

min_type()

StringOptionKey const rna::denovo::minimize::min_type

(

"rna:denovo:minimize:min_type"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize

(

"rna:denovo:minimize"

)

References rna::denovo::denovo().

Referenced by deriv_check(), extra_minimize_chi_res(), extra_minimize_res(), min_type(), minimize_all_protein(), minimize_bps(), minimize_max_iter(), minimize_nblist_auto_update(), minimize_protein_sc(), minimize_rounds(), minimize_use_nblist(), minimizer_use_coordinate_constraints(), protein_pack_all(), protein_packing(), protein_packing_distance(), skip_coord_constraints(), and skip_o2prime_trials().

minimize_all_protein()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_all_protein

(

"rna:denovo:minimize:minimize_all_protein"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize_bps()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_bps

(

"rna:denovo:minimize:minimize_bps"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize_max_iter()

IntegerOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_max_iter

(

"rna:denovo:minimize:minimize_max_iter"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize_nblist_auto_update()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_nblist_auto_update

(

"rna:denovo:minimize:minimize_nblist_auto_update"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize_protein_sc()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_protein_sc

(

"rna:denovo:minimize:minimize_protein_sc"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize_rounds()

IntegerOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_rounds

(

"rna:denovo:minimize:minimize_rounds"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimize_use_nblist()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimize_use_nblist

(

"rna:denovo:minimize:minimize_use_nblist"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

minimizer_use_coordinate_constraints()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::minimizer_use_coordinate_constraints

(

"rna:denovo:minimize:minimizer_use_coordinate_constraints"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

protein_pack_all()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_pack_all

(

"rna:denovo:minimize:protein_pack_all"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

protein_packing()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_packing

(

"rna:denovo:minimize:protein_packing"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

protein_packing_distance()

RealOptionKey const rna::denovo::minimize::protein_packing_distance

(

"rna:denovo:minimize:protein_packing_distance"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

skip_coord_constraints()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::skip_coord_constraints

(

"rna:denovo:minimize:skip_coord_constraints"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().

skip_o2prime_trials()

BooleanOptionKey const rna::denovo::minimize::skip_o2prime_trials

(

"rna:denovo:minimize:skip_o2prime_trials"

)

References rna::denovo::denovo(), and minimize().