- a -

• aa2index() : pepspec.cc
• add_bond_angle_constraint() : erraser_minimizer.cc
• add_bond_constraint() : erraser_minimizer.cc
• add_pep_res() : pepspec.cc
• add_termini() : pepspec.cc
• add_to_list() : _utility__by_hand_beginning.cc
• add_to_set() : _utility__by_hand_beginning.cc , _core__by_hand_beginning.cc
• add_virtual_res() : erraser_minimizer.cc
• align_pdbs() : swa_rna_util.cc
• align_pose_general() : swa_rna_util.cc
• all_pair_energies() : per_residue_energies.cc
• already_minimized() : minimize_with_cst.cc
• apply_ideal_coordinates() : erraser_minimizer.cc
• assure() : gen_apo_grids.cc , gen_lig_grids.cc
• atom1_vector() : extract_motifs.cc
• atom2_vector() : extract_motifs.cc
• atom3_vector() : extract_motifs.cc
• average() : pepspec_anchor_dock.cc , ddg_benchmark.cc
• average_score_components() : ddg_benchmark.cc