Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- m -

• m1_ : protocols::hybridization
• m2_ : protocols::hybridization
• m_inv_gen() : core::scoring
• maca : core::scoring::rna::chemical_shift
• magnetic_anisotropy_effect() : core::scoring::rna::chemical_shift
• main_atom_tree_diff_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_pdb_mover() : protocols::jobdist
• main_watchdog() : protocols::boinc::watchdog
• mainchain_path() : core::chemical
• MainchainScoreTableCOP : core::chemical::mainchain_potential
• MainchainScoreTableOP : core::chemical::mainchain_potential
• MainChainTorsionSetList : protocols::stepwise::modeler::protein
• MainchainTorsionType : core::id
• make_aa_bitmap_from_allowed_aas() : protocols::denovo_design::task_operations
• make_aa_bitmap_from_forbidden_aas() : protocols::denovo_design::task_operations
• make_acceptor_atom_graph() : core::chemical
• make_AIM_to_atom_num() : core::io::mmtf
• make_all_atom_information() : core::io::mmtf
• make_apolar_hydrogen_graph() : core::chemical
• make_aromatic_atom_graph() : core::chemical
• make_asymmetric_pose() : core::pose::symmetry
• make_atom_information() : core::io::mmtf
• make_atom_map() : core::pose
• make_atom_num_to_sd_map() : core::io::mmtf
• make_atr_rep_grid() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligand() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligands() : protocols::ligand_docking
• make_base_pair_aware_fold_tree() : protocols::dna
• make_base_pair_mutation() : protocols::motifs
• make_centroid() : core::chemical
• make_chain() : core::io::mmtf
• make_coarse_pose() : core::import_pose
• make_conditional_index() : core::pack::dunbrack
• make_continuous_true_regions_in_bool_vector() : protocols::enzdes::enzutil
• make_current_group() : core::io::mmtf
• make_cut_at_moving_suite() : protocols::stepwise::modeler
• make_Cx() : protocols::sic_dock
• make_dna_mutations() : protocols::motifs
• make_dna_rigid() : protocols::relax
• make_extended_coarse_pose() : core::import_pose
• make_hbBasetoAcc_unitvector() : core::scoring::hbonds
• make_heavy_atom_graph() : core::chemical
• make_heavy_atom_with_hydrogens_graph() : core::chemical
• make_heavy_atom_with_polar_hydrogens_graph() : core::chemical
• make_hotspot_foldtree() : protocols::protein_interface_design
• make_hydrogen_atom_graph() : core::chemical
• make_index() : core::pack::dunbrack
• make_lengths_str() : protocols::denovo_design::components
• make_linmem_ig() : core::pack::interaction_graph
• make_new_symmetric_PackerTask_by_intersection() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_requested_method() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_truncation() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_union() : core::pack
• make_old_to_new_mapping() : core::io::mmtf
• make_phosphate_nomenclature_matches_mini() : core::pose::rna
• make_polar_hydrogen_graph() : core::chemical
• make_pose_from_frags() : core::fragment
• make_pose_from_saccharide_sequence() : core::pose
• make_pose_from_sequence() : core::pose
• make_pose_from_sequence_() : core::fragment
• make_real_residue_graph() : core::chemical
• make_residue_mask_symmetric() : core::pose::symmetry
• make_rid_posenum() : core::pose , protocols::loops
• MAKE_ROT_LIB : protocols::jd2::JobInputterInputSource
• make_selection() : protocols::nonlocal
• make_sequence_combinations() : protocols::dna
• make_simple_fold_tree_from_jump_frame() : core::fragment
• make_single_mutants() : protocols::dna
• make_star_foldtree() : protocols::forge::methods
• make_strand_info_str() : protocols::denovo_design::components
• make_stub_scorefxn() : protocols::protein_interface_design::movers
• make_subdirs() : protocols::dna
• make_sure_full_model_info_is_setup() : core::pose::full_model_info
• make_sure_vdw_cached_rep_screen_info_is_setup() : protocols::scoring
• make_symmetric_fibril() : protocols::fibril
• make_symmetric_movemap() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_PackerTask_by_truncation() : core::pack
• make_symmetric_pdb_info() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_pose() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_task() : core::pack
• make_variants_match() : protocols::stepwise::modeler
• MakeAsymmetricStructureDataMoverCOP : protocols::denovo_design::movers
• MakeAsymmetricStructureDataMoverOP : protocols::denovo_design::movers
• MakeBundleCOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleCOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixCOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixCOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleOPs : protocols::helical_bundle
• MakeCanonicalHelixCOP : protocols::membrane::benchmark
• MakeCanonicalHelixOP : protocols::membrane::benchmark
• MakeFragmentScoringMethodCOP : protocols::frag_picker::scores
• MakeFragmentScoringMethodOP : protocols::frag_picker::scores
• MakeJunctionsMoverCOP : protocols::pose_creation
• MakeJunctionsMoverOP : protocols::pose_creation
• makeMap() : protocols::flxbb
• MakePolyXMoverOP : protocols::pose_creation
• MakeRotLibJobCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobInputterCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobInputterOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibMoverCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibMoverOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibOptionsDataCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibOptionsDataOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibPolymerType : protocols::make_rot_lib
• mangled_name_for_VLB() : protocols::protein_interface_design::movers
• map_by_residue_subsets() : protocols::fold_from_loops::utils
• map_char_to_torsion_bin() : core::conformation
• map_constraints_from_original_pose() : core::scoring::constraints
• map_decode_from_model() : core::io::mmtf
• map_mgs() : protocols::denovo_design::components
• map_nodes() : protocols::denovo_design::components
• map_of_weighted_scores() : core::import_pose::atom_tree_diffs
• map_seq1_seq2() : core::sequence
• map_string_to_torsion_bin_string() : core::conformation
• map_to_comma_strings() : core::conformation::symmetry
• map_to_local_numbering() : protocols::stepwise::modeler
• map_torsion_bin_to_char() : core::conformation
• MapByLengths : protocols::denovo_design::components
• MapByOrientations : protocols::denovo_design::components
• MapByStrands : protocols::denovo_design::components
• mapping_to_alignment() : core::sequence
• maqw : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqx : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqy : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqz : core::scoring::rna::chemical_shift
• Martin : protocols::antibody
• marx : core::scoring::rna::chemical_shift
• mary : core::scoring::rna::chemical_shift
• marz : core::scoring::rna::chemical_shift
• maskbits : core::scoring , core::scoring::packstat::old
• masks() : core::scoring , core::scoring::packstat::old , core::scoring::sasa
• Mass : core
• mass() : core::pose
• mass_tracer() : protocols::ligand_docking
• MASTER : core::io::pdb
• Mat : core::conformation::symmetry , core::scoring::motif , protocols::kinmatch , protocols::matdes , protocols::scoring , protocols::sic_dock , protocols::sic_dock::scores
• Mat3 : protocols::sparta
• match : protocols::match
• MATCH_AA : core::scoring::motif
• MATCH_ALL : core::fragment::rna
• MATCH_ANY : core::scoring::motif
• MATCH_EXACT : core::fragment::rna
• MATCH_HYDROPHOBICITY : core::scoring::motif
• match_lite : protocols::match
• MATCH_ROTAMER : core::scoring::motif
• match_template_and_target_sequence() : protocols::tcr
• match_up_to_rna_dna() : protocols::stepwise::modeler::align
• MATCH_YR : core::fragment::rna
• MatchConsolidatorCOP : protocols::match::output
• MatchConsolidatorOP : protocols::match::output
• MatchConstraintFileInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• matcher_constraint_combination_name_mangler() : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• matcher_constraint_name_mangler() : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatcherCOP : protocols::match
• MatcherMoverCOP : protocols::match
• MatcherMoverOP : protocols::match
• MatcherOP : protocols::match
• MatcherTaskCOP : protocols::match
• MatcherTaskOP : protocols::match
• matches_ptr() : core::scoring::power_diagram
• MatchEvaluatorCOP : protocols::match::output
• MatchEvaluatorOP : protocols::match::output
• MatchFilterCOP : protocols::match::output
• MatchFilterOP : protocols::match::output
• MatchGrafterCOP : protocols::metal_interface
• MatchGrafterOP : protocols::metal_interface
• MatchGrouperCOP : protocols::match::output
• MatchGrouperOP : protocols::match::output
• MatchOutputterCOP : protocols::match::output
• MatchOutputterOP : protocols::match::output
• MatchPositionModifierCOP : protocols::match
• MatchPositionModifierOP : protocols::match
• MatchProcessorCOP : protocols::match::output
• MatchProcessorOP : protocols::match::output
• MatchResiduesMoverCOP : protocols::fldsgn
• MatchResiduesMoverOP : protocols::fldsgn
• MatchScoreWriterCOP : protocols::match::output
• MatchScoreWriterOP : protocols::match::output
• MatDesGreedyOptMutationMoverCOP : protocols::matdes
• MatDesGreedyOptMutationMoverOP : protocols::matdes
• MatDesPointMutationCalculatorCOP : protocols::matdes
• MatDesPointMutationCalculatorOP : protocols::matdes
• Matrix : core::pose::rna , core::scoring::dna , core::scoring::loop_graph::evaluator
• matrix : core::scoring
• Matrix : core::scoring , core::scoring::nmr , core::scoring::power_diagram , core::scoring::rna
• MATRIX : protocols::cluster::calibur
• Matrix : protocols::frag_picker::scores , protocols::hotspot_hashing , protocols::loops::loop_closure::ccd
• matrix : protocols::toolbox
• Matrix : protocols::toolbox , protocols::toolbox::rigid_body
• Mats : protocols::sic_dock
• MAX : protocols::calc_taskop_filters
• max() : protocols::mean_field
• max_allowed_rot_mag() : protocols::rigid
• MAX_BULGE_LENGTH() : core::import_pose
• MAX_CHEMICAL_BOND_TO_HYDROGEN_LENGTH : core::chemical
• MAX_FLT : core::scoring::electron_density , core::scoring::electron_density_atomwise
• max_interchain_sites() : protocols::scoring
• MAX_N_WATERS_PER_ATOM : core::scoring::lkball
• MAX_NATIVE_POSE_RESIDUES : protocols::boinc
• max_nstruct_index() : protocols::jd2
• MAX_R : core::scoring::hbonds
• MAX_R2 : core::scoring::hbonds
• max_rad() : core::scoring::packstat
• MAX_SYMM_POSE_RESIDUES : protocols::boinc
• MAX_TYPE : protocols::noesy_assign
• max_values_versus_cluster() : protocols::pockets
• MAX_xD : core::scoring::hbonds
• MAX_xH : core::scoring::hbonds
• MaxAccel() : protocols::md
• MAXIMAL_FLOAT : protocols::loophash
• maximize_sub1_contact() : protocols::matdes
• MaxSeqSepConstraintSetCOP : protocols::constraints_additional
• MaxSeqSepConstraintSetOP : protocols::constraints_additional
• MaxVel() : protocols::md
• MC_ANY : protocols::toolbox
• MC_AnyCOP : protocols::recces::sampler
• MC_AnyOP : protocols::recces::sampler
• MC_COMB : protocols::toolbox
• MC_CombOP : protocols::recces::sampler
• MC_LOOP : protocols::toolbox
• MC_LoopCOP : protocols::recces::sampler
• MC_LoopOP : protocols::recces::sampler
• MC_ONE_TORSION : protocols::toolbox
• MC_OneTorsionAP : protocols::recces::sampler
• MC_OneTorsionOP : protocols::recces::sampler
• MC_RNA_KIC : protocols::toolbox
• MC_RNA_KIC_SamplerOP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_RNA_MULTI_SUITE : protocols::toolbox
• MC_RNA_MultiSuiteOP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_RNA_ONE_JUMP : protocols::toolbox
• MC_RNA_OneJumpCOP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_RNA_OneJumpOP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_RNA_SUGAR : protocols::toolbox
• MC_RNA_SugarAP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_RNA_SugarOP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_RNA_SUITE : protocols::toolbox
• MC_RNA_SuiteOP : protocols::recces::sampler::rna
• MC_SamplerCOP : protocols::recces::sampler
• MC_SamplerOP : protocols::recces::sampler
• MCA : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_last : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_low : protocols::moves
• MCA_accepted_thermally : protocols::moves
• MCA_rejected : protocols::moves
• Mcbeta : core::scoring
• MCShowMoverCOP : protocols::moves
• MCShowMoverOP : protocols::moves
• Md : core::chemical::element
• MDBaseAP : devel::md
• MDBaseCAP : devel::md
• MDBaseCOP : devel::md
• MDBaseOP : devel::md
• MDForceFactor() : protocols::md
• MDLTYP : core::io::pdb
• MEAN : core::scoring::nmr
• mean : core::simple_metrics::metrics
• mean_and_stdev() : protocols::mpi_refinement
• MeanFieldCOP : protocols::mean_field
• MeanFieldOP : protocols::mean_field
• Medal_main() : protocols::medal
• MedalExchange_main() : protocols::medal
• MedalFreeMoverCOP : protocols::medal
• MedalFreeMoverOP : protocols::medal
• MedalMoverCOP : protocols::medal
• MedalMoverOP : protocols::medal
• MEM : core::conformation::membrane
• mem_all_atom_rmsd_no_super() : protocols::membrane
• mem_all_atom_rmsd_with_super() : protocols::membrane
• mem_bb_rmsd_no_super() : protocols::membrane
• mem_bb_rmsd_with_super() : protocols::membrane
• mem_tr : protocols::jd2
• MEMB_HIGHRES_WTS : core::scoring
• MembEtableCAP : core::scoring::etable
• MembEtableCOP : core::scoring::etable
• MembEtableOP : core::scoring::etable
• MEMBRANE : core::chemical
• membrane_axis() : protocols::membrane
• Membrane_FAEmbed_from_pose() : core::scoring
• Membrane_FAEmbedCOP : core::scoring
• Membrane_FAEmbedOP : core::scoring
• Membrane_FAPotentialCOP : core::scoring
• Membrane_FAPotentialOP : core::scoring
• membrane_normal_to_length_15() : protocols::membrane
• membrane_span_constraint : core::scoring
• membrane_span_term_z_constraint : core::scoring
• MembraneAbinitioCOP : protocols::abinitio
• MembraneAbinitioOP : protocols::abinitio
• MembraneCbetaEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneCenPairEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneDataCOP : core::scoring::membrane
• MembraneDataOP : core::scoring::membrane
• MembraneEmbed_from_pose() : core::scoring
• MembraneEmbedCOP : core::scoring
• MembraneEmbedOP : core::scoring
• MembraneEnergyLandscapeSamplerCOP : protocols::membrane_benchmark
• MembraneEnergyLandscapeSamplerOP : protocols::membrane_benchmark
• MembraneEnvEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneEnvPenaltiesCreator_registrator : core::init
• MembraneEnvSmoothEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneInfoCOP : core::conformation::membrane
• MembraneInfoOP : core::conformation::membrane
• MembraneJumpOP : protocols::jumping
• MembraneLipoCreator_registrator : core::init
• MembranePositionFromTopologyMoverCOP : protocols::membrane
• MembranePositionFromTopologyMoverOP : protocols::membrane
• MembranePotentialCOP : core::scoring
• MembranePotentialOP : core::scoring
• MembraneSpanConstraintCOP : core::scoring::constraints
• MembraneSpanConstraintGeneratorCOP : protocols::constraint_generator
• MembraneSpanConstraintGeneratorOP : protocols::constraint_generator
• MembraneSpanConstraintOP : core::scoring::constraints
• MembraneSpanTermZConstraintCOP : core::scoring::constraints
• MembraneSpanTermZConstraintOP : core::scoring::constraints
• MembraneTopology_from_pose() : core::scoring
• MembraneTopologyClaimerAP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerCAP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerCOP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerOP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyCOP : core::scoring , protocols::simple_moves
• MembraneTopologyOP : core::scoring , protocols::simple_moves
• Menv : core::scoring
• Menv_non_helix : core::scoring
• Menv_smooth : core::scoring
• Menv_termini : core::scoring
• Menv_tm_proj : core::scoring
• MEnvAtomParamsCOP : protocols::membrane::scoring
• MEnvAtomParamsOP : protocols::membrane::scoring
• merge() : protocols::forge::methods
• merge_constraints_from_cmdline() : core::scoring::constraints
• merge_constraints_from_cmdline_to_pose() : core::scoring::constraints
• merge_constraints_from_cmdline_to_scorefxn() : core::scoring::constraints
• merge_csts_to_scorefunction() : core::scoring::constraints
• merge_disjoint_vectors() : protocols::stepwise::modeler
• merge_fa_constraints_from_cmdline() : core::scoring::constraints
• merge_fa_constraints_from_cmdline_to_pose() : core::scoring::constraints
• merge_fa_constraints_from_cmdline_to_scorefxn() : core::scoring::constraints
• merge_frags() : core::fragment
• merge_in_other_pose() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose_by_bond() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose_by_jump() : protocols::stepwise::modeler
• merge_residue_behavior : core::chemical
• merge_two_poses() : protocols::stepwise::modeler
• merge_two_poses_using_full_model_info() : protocols::stepwise::modeler
• merge_vectors() : protocols::stepwise::modeler
• MergeBehaviorManagerCOP : core::chemical
• MergeBehaviorManagerOP : core::chemical
• MergePDBatOverlapMoverCOP : protocols::pose_creation
• MergePDBatOverlapMoverOP : protocols::pose_creation
• MergePDBMoverCOP : protocols::pose_creation
• MergePDBMoverOP : protocols::pose_creation
• mergesort_jobsummaries_list() : protocols::cyclic_peptide_predict
• META_ARAMID : core::chemical
• METAL : core::chemical
• Metal_HelperBase_Metal : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• Metal_HelperBase_MetalLigand : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• Metal_HelperBaseCOP : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• Metal_HelperBaseOP : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• METALBINDING : core::chemical
• metalbinding_constraint : core::scoring
• MetalContactsConstraintGeneratorCOP : protocols::constraint_generator
• MetalContactsConstraintGeneratorOP : protocols::constraint_generator
• metalhash_constraint : core::scoring
• MetalloClaimerAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCOP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerOP : protocols::topology_broker
• METALS : core::util
• MetalSiteResidueCOP : protocols::metal_interface
• MetalSiteResidueOP : protocols::metal_interface
• MetapatchCOP : core::chemical
• MetapatchEnumerationCOP : protocols::residue_optimization
• MetapatchEnumerationOP : protocols::residue_optimization
• MetapatchOP : core::chemical
• MetaPoseEvaluatorCOP : protocols::evaluation
• MetaPoseEvaluatorOP : protocols::evaluation
• METHYL : protocols::noesy_assign
• METHYL_GLYCOSIDE : core::chemical
• METHYLATED_CTERMINUS : core::chemical
• METHYLATED_CTERMINUS_VARIANT : core::chemical
• METHYLATED_NA : core::chemical
• METHYLATED_NTERM_VARIANT : core::chemical
• METHYLATION : core::chemical
• MetricCalculatorFitnessFunctionCOP : protocols::multistate_design
• MetricCalculatorFitnessFunctionOP : protocols::multistate_design
• MetropolisHastingsMoverAP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverCAP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverCOP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverOP : protocols::canonical_sampling
• Mg : core::chemical::element
• mg : core::scoring
• MG2_COORDINATION : core::chemical
• MG_HOH_DISTANCE() : protocols::magnesium
• mg_lig : core::scoring
• MG_LIGAND_DISTANCE_CUTOFF() : protocols::magnesium
• mg_pair_nblist : core::scoring
• mg_ref : core::scoring
• mg_sol : core::scoring
• MG_V_DISTANCE() : protocols::magnesium
• MgEnergyCOP : core::scoring::magnesium
• MgEnergyCreator_registrator : core::init
• MgEnergyOP : core::scoring::magnesium
• MgHydraterCOP : protocols::magnesium
• MgHydraterOP : protocols::magnesium
• MgKnowledgeBasedPotentialCOP : core::scoring::magnesium
• MgKnowledgeBasedPotentialOP : core::scoring::magnesium
• MgMinimizerCOP : protocols::magnesium
• MgMinimizerOP : protocols::magnesium
• MgMonteCarloCOP : protocols::magnesium
• MgMonteCarloOP : protocols::magnesium
• MgOrbitalFrameFinderCOP : protocols::magnesium
• MgOrbitalFrameFinderOP : protocols::magnesium
• MgScannerCOP : protocols::magnesium
• MgScannerOP : protocols::magnesium
• MgWaterHydrogenPackerCOP : protocols::magnesium
• MgWaterHydrogenPackerOP : protocols::magnesium
• MH_end_of_list : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MH_Fe2 : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MH_Ni2 : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MH_unknown_metal : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MH_Zn : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• mhc_epitope : core::scoring
• MHCEpitopeConstraintCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopeConstraintOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopeEnergyCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopeEnergyCreator_registrator : core::init
• MHCEpitopeEnergyOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopeEnergySetupCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopeEnergySetupOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorExternalCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorExternalOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorMatrixCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorMatrixOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorPreLoadedCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorPreLoadedOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorSVMCOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHCEpitopePredictorSVMOP : core::scoring::mhc_epitope_energy
• MHLigand_end_of_list : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MHLigand_N_pyridine : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MHLigand_Nd_histidine : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MHLigand_Ne_histidine : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MHLigand_O_carboxyl : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MHLigand_S_cysteine : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MHLigand_unknown_ligand : protocols::cyclic_peptide::crosslinker
• MIN : protocols::calc_taskop_filters
• min() : protocols::mean_field
• MIN_AVG_DIST_BASED : protocols::cluster::calibur
• min_checkpoint_namer() : protocols::rna::movers
• MIN_HB_E_CUTOFF : protocols::hbnet
• min_index() : protocols::ddg
• min_log_namer() : protocols::rna::movers
• min_mod() : core::scoring::electron_density , protocols::cryst
• MIN_OCC_ENERGY : core::scoring::geometric_solvation
• min_pack() : core::pack
• min_pack_optimize() : core::pack
• min_pack_place_opt_rotamers_on_pose() : core::pack
• min_pack_setup() : core::pack
• min_pair_data : core::scoring
• MIN_R : core::scoring::hbonds
• MIN_R2 : core::scoring::hbonds
• min_seg() : protocols::splice
• min_single_data : core::scoring
• min_values_versus_cluster() : protocols::pockets
• MIN_xD : core::scoring::hbonds
• MIN_xH : core::scoring::hbonds
• minima : protocols::simple_moves::bb_sampler
• MinimalFragSetCOP : core::fragment
• MinimalFragSetOP : core::fragment
• MinimalistFlexbbInteractionGraphCOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalistFlexbbInteractionGraphOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalRotamerCOP : protocols::minimization_packing
• MinimalRotamerOP : protocols::minimization_packing
• MinimizationGraphCOP : core::scoring
• MinimizationGraphOP : core::scoring
• MinimizationRefinerCOP : protocols::loop_modeling::refiners
• MinimizationRefinerOP : protocols::loop_modeling::refiners
• minimize : protocols::antibody::design
• minimize_all_sampled_floating_bases() : protocols::stepwise::modeler::rna::sugar
• minimize_alt_rotamer() : core::pack
• minimize_cartesian : protocols::antibody::design
• minimize_magnesium_and_hydration_shell() : protocols::magnesium
• minimize_with_constraints() : protocols::stepwise::modeler::rna
• MinimizeBackboneCOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneCOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeInterface() : protocols::protein_interface_design
• MinimizeLigand_tracer() : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizerMapBaseCOP : core::kinematics
• MinimizerMapBaseOP : core::kinematics
• MinimizerMapCOP : core::optimization
• MinimizerMapOP : core::optimization
• MinimizerMode : protocols::stepwise::modeler
• MinimizerOptionsCOP : core::optimization
• MinimizerOptionsOP : core::optimization
• MinimizeStoredRBConfsCOP : protocols::enzdes
• MinimizeStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
• MiniPoseAP : core::pose
• MiniPoseCAP : core::pose
• MiniPoseCOP : core::pose
• MiniPoseOP : core::pose
• MiniRelaxOP : protocols::relax
• minlen : protocols::hybridization
• MinMoverCOP : protocols::minimization_packing
• MinMoverOP : protocols::minimization_packing
• MinMultiHarmonicFuncCOP : core::scoring::func
• MinMultiHarmonicFuncOP : core::scoring::func
• MinPackMoverCOP : protocols::minimization_packing
• MinPackMoverOP : protocols::minimization_packing
• MinScoreScoreFunctionCOP : core::scoring
• MinScoreScoreFunctionOP : core::scoring
• MinTypeEnum : protocols::antibody::design
• MinTypeEnum_total : protocols::antibody::design
• minutes_timing : core::simple_metrics::metrics
• mioAD : core::chemical::sdf
• mioBD : core::chemical::sdf
• mirror_backbone_dihedrals : protocols::generalized_kinematic_closure::perturber
• MirrorSymmetricConformationCOP : core::conformation::symmetry
• MirrorSymmetricConformationOP : core::conformation::symmetry
• missing_O2prime() : core::io::pose_from_sfr
• missing_res : core::scoring
• missing_stubs_build() : core::conformation
• MissingDensityToJumpMoverCOP : protocols::simple_moves
• MissingDensityToJumpMoverOP : protocols::simple_moves
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• MIXED_t : core::chemical
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