OptionKeys.cc.gen13.hh File Reference

Namespaces
	resample
	rescore
	rna
	rna::denovo
	rna::denovo::out
	rna::denovo::db
	rna::denovo::minimize
	rna::erraser
	rotamerdump
	sample_around
	sicdock
	legacy_sewing
	sewing
	SSrbrelax
	stepwise

Functions
BooleanOptionKey const	resample::jumps ("resample:jumps")
RealVectorOptionKey const	resample::min_max_start_seq_sep ("resample:min_max_start_seq_sep")
BooleanOptionKey const	rescore::rescore ("rescore")
BooleanOptionKey const	rescore::assign_ss ("rescore:assign_ss")
BooleanOptionKey const	rescore::skip ("rescore:skip")
BooleanOptionKey const	rescore::verbose ("rescore:verbose")
BooleanOptionKey const	rna::rna ("rna")
BooleanOptionKey const	rna::corrected_geo ("rna:corrected_geo")
BooleanOptionKey const	rna::vary_geometry ("rna:vary_geometry")
StringOptionKey const	rna::data_file ("rna:data_file")
BooleanOptionKey const	rna::cut_at_rna_chainbreak ("rna:cut_at_rna_chainbreak")
BooleanOptionKey const	rna::evaluate_base_pairs ("rna:evaluate_base_pairs")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::denovo ("rna:denovo")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::cycles ("rna:denovo:cycles")
RealOptionKey const	rna::denovo::rna_protein_docking_freq ("rna:denovo:rna_protein_docking_freq")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::rounds ("rna:denovo:rounds")
RealOptionKey const	rna::denovo::temperature ("rna:denovo:temperature")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize_rna ("rna:denovo:minimize_rna")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::sequence ("rna:denovo:sequence")
StringOptionKey const	rna::denovo::secstruct ("rna:denovo:secstruct")
StringOptionKey const	rna::denovo::secstruct_general ("rna:denovo:secstruct_general")
StringOptionKey const	rna::denovo::secstruct_file ("rna:denovo:secstruct_file")
StringOptionKey const	rna::denovo::secstruct_general_file ("rna:denovo:secstruct_general_file")
StringOptionKey const	rna::denovo::secstruct_legacy ("rna:denovo:secstruct_legacy")
StringOptionKey const	rna::denovo::lores_scorefxn ("rna:denovo:lores_scorefxn")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::set_lores_weights ("rna:denovo:set_lores_weights")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::symm_hack_arity ("rna:denovo:symm_hack_arity")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::exhaustive_fragment_insertion ("rna:denovo:exhaustive_fragment_insertion")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::filter_lores_base_pairs ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::filter_lores_base_pairs_early ("rna:denovo:filter_lores_base_pairs_early")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::filter_chain_closure ("rna:denovo:filter_chain_closure")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::filter_chain_closure_halfway ("rna:denovo:filter_chain_closure_halfway")
RealOptionKey const	rna::denovo::filter_chain_closure_distance ("rna:denovo:filter_chain_closure_distance")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::relax_rna ("rna:denovo:relax_rna")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::simple_relax ("rna:denovo:simple_relax")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::ignore_secstruct ("rna:denovo:ignore_secstruct")
RealOptionKey const	rna::denovo::jump_change_frequency ("rna:denovo:jump_change_frequency")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::close_loops ("rna:denovo:close_loops")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::close_loops_after_each_move ("rna:denovo:close_loops_after_each_move")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::heat ("rna:denovo:heat")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::staged_constraints ("rna:denovo:staged_constraints")
StringOptionKey const	rna::denovo::jump_library_file ("rna:denovo:jump_library_file")
StringOptionKey const	rna::denovo::vall_torsions ("rna:denovo:vall_torsions")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::use_1jj2_torsions ("rna:denovo:use_1jj2_torsions")
RealOptionKey const	rna::denovo::fuzz_fragments ("rna:denovo:fuzz_fragments")
RealOptionKey const	rna::denovo::rna_lores_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_chainbreak_weight")
RealOptionKey const	rna::denovo::rna_lores_linear_chainbreak_weight ("rna:denovo:rna_lores_linear_chainbreak_weight")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::fixed_stems ("rna:denovo:fixed_stems")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::allow_bulge ("rna:denovo:allow_bulge")
IntegerVectorOptionKey const	rna::denovo::allowed_bulge_res ("rna:denovo:allowed_bulge_res")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::allow_consecutive_bulges ("rna:denovo:allow_consecutive_bulges")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::move_first_rigid_body ("rna:denovo:move_first_rigid_body")
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BooleanOptionKey const	rna::denovo::dock_each_chunk ("rna:denovo:dock_each_chunk")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::dock_each_chunk_per_chain ("rna:denovo:dock_each_chunk_per_chain")
FileVectorOptionKey const	rna::denovo::dock_chunks ("rna:denovo:dock_chunks")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::center_jumps_in_single_stranded ("rna:denovo:center_jumps_in_single_stranded")
FileVectorOptionKey const	rna::denovo::initial_structures ("rna:denovo:initial_structures")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::ft_close_chains ("rna:denovo:ft_close_chains")
FileVectorOptionKey const	rna::denovo::helical_substructs ("rna:denovo:helical_substructs")
RealOptionKey const	rna::denovo::suppress_bp_constraint ("rna:denovo:suppress_bp_constraint")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::output_filters ("rna:denovo:output_filters")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::autofilter ("rna:denovo:autofilter")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::no_filters ("rna:denovo:no_filters")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::output_res_num ("rna:denovo:output_res_num")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::offset ("rna:denovo:offset")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::input_silent_res ("rna:denovo:input_silent_res")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::virtual_anchor ("rna:denovo:virtual_anchor")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::obligate_pair ("rna:denovo:obligate_pair")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::obligate_pair_explicit ("rna:denovo:obligate_pair_explicit")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::chain_connection ("rna:denovo:chain_connection")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::remove_pair ("rna:denovo:remove_pair")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::remove_obligate_pair ("rna:denovo:remove_obligate_pair")
StringOptionKey const	rna::denovo::refine_silent_file ("rna:denovo:refine_silent_file")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::refine_silent_tags ("rna:denovo:refine_silent_tags")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::refine_silent_number_of_poses ("rna:denovo:refine_silent_number_of_poses")
StringOptionKey const	rna::denovo::get_fold_tree_from_silent_file ("rna:denovo:get_fold_tree_from_silent_file")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::fold_tree_from_silent_file_tag ("rna:denovo:fold_tree_from_silent_file_tag")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::refine_native_get_good_FT ("rna:denovo:refine_native_get_good_FT")
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BooleanOptionKey const	rna::denovo::bps_moves ("rna:denovo:bps_moves")
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IntegerOptionKey const	rna::denovo::frag_size ("rna:denovo:frag_size")
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StringOptionKey const	rna::denovo::working_native ("rna:denovo:working_native")
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RealOptionKey const	rna::denovo::docking_move_size ("rna:denovo:docking_move_size")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::rna_protein_docking_legacy ("rna:denovo:rna_protein_docking_legacy")
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IntegerVectorOptionKey const	rna::denovo::exclude_fragments ("rna:denovo:exclude_fragments")
StringOptionKey const	rna::denovo::exclusion_match_type ("rna:denovo:exclusion_match_type")
RealOptionKey const	rna::denovo::fragment_homology_rmsd ("rna:denovo:fragment_homology_rmsd")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::exclude_native_fragments ("rna:denovo:exclude_native_fragments")
StringVectorOptionKey const	rna::denovo::exclude_fragment_files ("rna:denovo:exclude_fragment_files")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::dump_stems ("rna:denovo:dump_stems")
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BooleanOptionKey const	rna::denovo::out::dump ("rna:denovo:out:dump")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::out::binary_output ("rna:denovo:out:binary_output")
StringOptionKey const	rna::denovo::out::output_score_file ("rna:denovo:out:output_score_file")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::out::output_score_frequency ("rna:denovo:out:output_score_frequency")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::out::output_jump_res ("rna:denovo:out:output_jump_res")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::out::output_jump_o3p_to_o5p ("rna:denovo:out:output_jump_o3p_to_o5p")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::out::output_jump_chainbreak ("rna:denovo:out:output_jump_chainbreak")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::out::output_rotation_vector ("rna:denovo:out:output_rotation_vector")
StringOptionKey const	rna::denovo::out::output_jump_reference_RT ("rna:denovo:out:output_jump_reference_RT")
RealVectorOptionKey const	rna::denovo::out::target_xyz ("rna:denovo:out:target_xyz")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::out::save_jump_histogram ("rna:denovo:out:save_jump_histogram")
StringOptionKey const	rna::denovo::out::output_histogram_file ("rna:denovo:out:output_histogram_file")
RealOptionKey const	rna::denovo::out::jump_histogram_boxsize ("rna:denovo:out:jump_histogram_boxsize")
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RealOptionKey const	rna::denovo::out::jump_histogram_binwidth_rotvector ("rna:denovo:out:jump_histogram_binwidth_rotvector")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::db::db ("rna:denovo:db")
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BooleanOptionKey const	rna::denovo::db::bps_database ("rna:denovo:db:bps_database")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize ("rna:denovo:minimize")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_rounds ("rna:denovo:minimize:minimize_rounds")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::skip_coord_constraints ("rna:denovo:minimize:skip_coord_constraints")
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StringOptionKey const	rna::denovo::minimize::min_type ("rna:denovo:minimize:min_type")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_bps ("rna:denovo:minimize:minimize_bps")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_all_protein ("rna:denovo:minimize:minimize_all_protein")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_protein_sc ("rna:denovo:minimize:minimize_protein_sc")
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BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::protein_pack_all ("rna:denovo:minimize:protein_pack_all")
RealOptionKey const	rna::denovo::minimize::protein_packing_distance ("rna:denovo:minimize:protein_packing_distance")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::minimize::extra_minimize_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_res")
ResidueChainVectorOptionKey const	rna::denovo::minimize::extra_minimize_chi_res ("rna:denovo:minimize:extra_minimize_chi_res")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_use_nblist ("rna:denovo:minimize:minimize_use_nblist")
BooleanOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_nblist_auto_update ("rna:denovo:minimize:minimize_nblist_auto_update")
IntegerOptionKey const	rna::denovo::minimize::minimize_max_iter ("rna:denovo:minimize:minimize_max_iter")
BooleanOptionKey const	rna::erraser::erraser ("rna:erraser")
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ResidueChainVectorOptionKey const	rna::erraser::fixed_res ("rna:erraser:fixed_res")
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BooleanOptionKey const	rna::erraser::attempt_pyrimidine_flip ("rna:erraser:attempt_pyrimidine_flip")
BooleanOptionKey const	rotamerdump::rotamerdump ("rotamerdump")
BooleanOptionKey const	rotamerdump::xyz ("rotamerdump:xyz")
BooleanOptionKey const	rotamerdump::one_body ("rotamerdump:one_body")
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BooleanOptionKey const	legacy_sewing::legacy_sewing ("legacy_sewing")
FileOptionKey const	legacy_sewing::model_file_name ("legacy_sewing:model_file_name")
FileOptionKey const	legacy_sewing::score_file_name ("legacy_sewing:score_file_name")
FileOptionKey const	legacy_sewing::new_model_file_name ("legacy_sewing:new_model_file_name")
StringOptionKey const	legacy_sewing::remove_any_dssp ("legacy_sewing:remove_any_dssp")
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BooleanOptionKey const	legacy_sewing::model_should_have_at_least_1_E ("legacy_sewing:model_should_have_at_least_1_E")
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BooleanOptionKey const	legacy_sewing::leave_models_with_E_terminal_ss ("legacy_sewing:leave_models_with_E_terminal_ss")
BooleanOptionKey const	legacy_sewing::leave_models_with_H_terminal_ss ("legacy_sewing:leave_models_with_H_terminal_ss")
BooleanOptionKey const	legacy_sewing::leave_antiparallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands ("legacy_sewing:leave_antiparallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands")
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BooleanOptionKey const	legacy_sewing::leave_certain_model_ids ("legacy_sewing:leave_certain_model_ids")
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IntegerOptionKey const	legacy_sewing::box_length ("legacy_sewing:box_length")
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BooleanOptionKey const	legacy_sewing::do_not_remove_connection_inconsistencies ("legacy_sewing:do_not_remove_connection_inconsistencies")
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IntegerOptionKey const	legacy_sewing::num_models_to_dump ("legacy_sewing:num_models_to_dump")
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IntegerOptionKey const	legacy_sewing::min_hash_score ("legacy_sewing:min_hash_score")
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IntegerOptionKey const	legacy_sewing::max_models ("legacy_sewing:max_models")
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FileOptionKey const	legacy_sewing::partner_pdb ("legacy_sewing:partner_pdb")
IntegerVectorOptionKey const	legacy_sewing::keep_model_residues ("legacy_sewing:keep_model_residues")
BooleanOptionKey const	legacy_sewing::output_alignments_to_file ("legacy_sewing:output_alignments_to_file")
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FileOptionKey const	sewing::model_file_name ("sewing:model_file_name")
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BooleanOptionKey const	SSrbrelax::SSrbrelax ("SSrbrelax")
FileOptionKey const	SSrbrelax::rb_file ("SSrbrelax:rb_file")
FileOptionKey const	SSrbrelax::rb_param_file ("SSrbrelax:rb_param_file")
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BooleanOptionKey const	stepwise::stepwise ("stepwise")
StringVectorOptionKey const	stepwise::s1 ("stepwise:s1")
StringVectorOptionKey const	stepwise::s2 ("stepwise:s2")
StringVectorOptionKey const	stepwise::silent1 ("stepwise:silent1")
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StringVectorOptionKey const	stepwise::tags1 ("stepwise:tags1")
StringVectorOptionKey const	stepwise::tags2 ("stepwise:tags2")
IntegerVectorOptionKey const	stepwise::slice_res1 ("stepwise:slice_res1")
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BooleanOptionKey const	stepwise::test_encapsulation ("stepwise:test_encapsulation")
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StringOptionKey const	stepwise::minimizer_mode ("stepwise:minimizer_mode")
StringOptionKey const	stepwise::sampler_silent_file ("stepwise:sampler_silent_file")
BooleanOptionKey const	stepwise::superimpose_over_all ("stepwise:superimpose_over_all")
ResidueChainVectorOptionKey const	stepwise::alignment_anchor_res ("stepwise:alignment_anchor_res")
StringVectorOptionKey const	stepwise::move ("stepwise:move")
StringOptionKey const	stepwise::min_type ("stepwise:min_type")
RealOptionKey const	stepwise::min_tolerance ("stepwise:min_tolerance")
BooleanOptionKey const	stepwise::output_minimized_pose_list ("stepwise:output_minimized_pose_list")
BooleanOptionKey const	stepwise::virtualize_free_moieties_in_native ("stepwise:virtualize_free_moieties_in_native")