- a -

• A() : ObjexxFCL::format
• a() : score::fiber_diffraction
• a_form_range() : recces
• aa() : mh::match
• aa1() : mh::filter , mh::match
• aa2() : mh::filter , mh::match
• aa_composition_setup_file() : score
• aa_during_build() : ufv
• aa_during_design_refine() : ufv
• aa_repeat_energy_penalty_file() : score
• ab_template_db_path() : tcrmodel
• ABEGO() : frags::ABEGO
• abinitio() : abinitio
• abinitio_cycles() : smhybrid
• abinitio_design() : smhybrid
• abrelax() : abrelax
• abs() : ObjexxFCL
• abs_difference() : numeric
• accept_aborted_loops() : loops
• accept_no_op_moves() : recces
• access_Real_MathNTensor() : numeric
• accumulate() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• ACHAR() : ObjexxFCL::Fortran
• action() : evolution
• activate_common_simple_type() : utility::tag
• active_site_definition_by_gridlig() : match
• active_site_definition_by_residue() : match
• active_total_energies() : pyrosetta::bindings::energies
• acyclic() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• adapt_graft() : antibody::design
• add() : numeric
• add_anonymous_option() : basic::options
• add_atom_at_cen() : smhybrid
• add_atom_type_set_parameters() : chemical
• add_backrub_pivots() : antibody::design
• add_buffer_res() : pepspec
• add_cavities() : smhybrid
• add_cid_to_database() : pyrosetta::toolbox::load_ligand
• add_constraints() : cyclization
• add_cst_loop() : fold_from_loops
• add_delete_frequency() : magnesium::montecarlo , stepwise::monte_carlo
• add_esc_char() : utility::json_spirit
• add_esc_chars() : utility::json_spirit
• add_esp() : fingerprint
• add_exit_callback() : utility
• add_extra_bodies() : apps::public1::scenarios::chemically_conjugated_docking
• add_graft_log_to_pdb() : antibody::design
• add_metal_at_0() : smhybrid
• add_non_init_chunks() : cm::hybridize
• add_option_to_map() : basic::resource_manager
• add_orbitals() : in
• add_point() : PyMOL-RosettaServer
• add_posn_iter_and_read_range_or_throw() : utility::json_spirit
• add_proposal_density_factor() : stepwise::monte_carlo
• add_relax_cycles() : fold_from_loops
• add_relevant_include_for_decl() : binder
• add_relevant_includes() : binder
• add_res_after() : smhybrid
• add_res_before() : smhybrid
• add_schema_restrictions_for_strings() : utility::tag
• add_ss_after() : smhybrid
• add_ss_before() : smhybrid
• add_vectors() : PyMOL-RosettaServer
• add_virt_root() : stepwise::rna
• additional_objective_functions() : lh
• additional_packing_ligand_rb_confs() : enzdes
• address() : run::PyMOLMover
• adducts() : packing
• agg_with_max() : mh::harvest
• AHD_cutoff() : bunsat_calc2
• akash() : AnchoredDesign::akash
• ala_scan() : matdes::mutalyze
• align_pdb() : stepwise
• align_rmsd_column() : evaluation
• align_rmsd_fns() : evaluation
• align_rmsd_format() : evaluation
• align_rmsd_target() : evaluation
• aligner() : cm
• alignment() : in::file , out::file
• alignment2() : in::file
• alignment_anchor_res() : stepwise
• alignment_res() : stepwise::rna
• alignment_sharpness() : score
• alignVectorSets() : numeric
• all() : out::path
• all_3mer_cycles() : remodel::staged_sampling
• all_3mer_score_file() : remodel::staged_sampling
• all_9mer_cycles() : remodel::staged_sampling
• all_9mer_score_file() : remodel::staged_sampling
• all_atom_mode_kink_constraint() : antibody
• all_hydration_frames() : magnesium
• all_positions() : ralford::dump_rotamers
• all_visited() : utility::graph
• allow_anchor_repack() : AnchoredDesign
• allow_base_pair_only_centroid_screen() : stepwise::rna
• allow_bulge() : rna::denovo
• allow_bulge_at_chainbreak() : stepwise::rna
• allow_chain_boundary_jump_partner_right_at_fixed_BP() : stepwise::rna
• allow_complex_loop_graph() : score::loop_close
• allow_consecutive_bulges() : rna::denovo
• allow_fixed_res_at_moving_res() : stepwise::rna
• allow_flips() : mp::dock
• allow_fragment_moves_in_bps() : rna::denovo
• allow_gly() : hotspot
• allow_internal_hinge_moves() : stepwise::monte_carlo
• allow_internal_local_moves() : stepwise::monte_carlo
• allow_jump_in_numbering() : full_model
• allow_lig_move() : loops
• allow_omega_mismatches_for_north_clusters() : antibody
• allow_omega_move() : loops
• allow_proline() : hotspot
• allow_rare_aro_chi() : remodel::design
• allow_skip_bulge() : stepwise::monte_carlo
• allow_split_off() : stepwise::monte_carlo
• allow_submotif_split() : stepwise::monte_carlo
• allow_takeoff_torsion_move() : loops
• allow_variable_bond_geometry() : stepwise::monte_carlo
• allow_virtual_o2prime_hydrogens() : stepwise::rna
• allow_virtual_side_chains() : stepwise::protein
• allowed_bulge_res() : rna::denovo
• allowed_closure_attempts() : remodel::RemodelLoopMover
• allowed_pdb() : frags
• allowed_residues_by_position() : cyclic_peptide
• aln_format() : cm
• aln_length_filter() : cm
• aln_length_filter_quantile() : cm
• ALPHA() : numeric::crick_equations
• alpha_cdr1_template_id() : tcrmodel
• alpha_cdr1_template_pdb() : tcrmodel
• alpha_cdr2_template_id() : tcrmodel
• alpha_cdr2_template_pdb() : tcrmodel
• alpha_cdr3_template_id() : tcrmodel
• alpha_cdr3_template_pdb() : tcrmodel
• alpha_framework_template_id() : tcrmodel
• alpha_framework_template_pdb() : tcrmodel
• alpha_germline_template_id() : tcrmodel
• alpha_germline_template_pdb() : tcrmodel
• alpha_increment() : sample_around
• alpha_orientation_template_id() : tcrmodel
• alpha_orientation_template_pdb() : tcrmodel
• ALPHANUMERICS() : utility
• alternate_3_letter_codes() : in
• alternate_fullatom_ats() : corrections::chemical
• alternative_closure_protocol() : loops
• always_remodel_full_loop() : loops
• ambig_talos_cs_A() : in::file
• ambig_talos_cs_B() : in::file
• analytic_etable_evaluation() : score
• anarci_path() : tcrmodel
• anchor() : AnchoredDesign
• anchor_noise_constraints_mode() : AnchoredDesign::testing
• anchor_offset() : ms
• anchor_type() : pepspec
• anchor_via_constraints() : AnchoredDesign::testing
• AnchoredDesign() : AnchoredDesign
• angle() : hotspot , matdes
• angle_cutoff() : mp::lipid_acc
• angle_degrees() : numeric
• angle_degrees_double() : numeric
• angle_in_range() : basic
• angle_length_relax_rounds() : cyclic_peptide
• angle_max() : mp::quickrelax , relax::range
• angle_of() : numeric
• angle_p1_deriv() : numeric::deriv
• angle_p1_p2_p3_deriv() : numeric::deriv
• angle_p2_deriv() : numeric::deriv
• angle_radians() : numeric
• angle_radians_double() : numeric
• angle_range_bb() : recces::thermal_sampling
• angle_range_chi() : recces::thermal_sampling
• angle_range_free_bb() : recces::thermal_sampling
• angle_range_free_chi() : recces::thermal_sampling
• angle_relax_rounds() : cyclic_peptide
• angle_res() : hotspot
• angles_between_0_180() : numeric
• annealer() : flexpack::annealer , rotamerdump
• annealing() : stepwise::monte_carlo::csa
• annotate() : frags
• annotate_ring_edges() : utility::graph
• anti_polar_weight() : mh::score
• antibody() : antibody
• antibody_database() : antibody::design
• apbs_debug() : pb_potential
• apbs_path() : pb_potential
• append_double() : utility::json_spirit
• append_esc_char_and_incr_iter() : utility::json_spirit
• append_name_and_attributes_to_complex_type() : utility::tag
• append_required_name_and_attributes_to_complex_type() : utility::tag
• apply_end_bias() : abinitio
• apply_transform() : pyrosetta::bindings::pose
• approximate_buried_unsat_penalty_assume_const_backbone() : score
• approximate_buried_unsat_penalty_burial_atomic_depth() : score
• approximate_buried_unsat_penalty_burial_probe_radius() : score
• approximate_buried_unsat_penalty_burial_resolution() : score
• approximate_buried_unsat_penalty_hbond_energy_threshold() : score
• approximate_buried_unsat_penalty_oversat_penalty() : score
• approximate_decoy_entropy() : optE
• arccos() : numeric
• archive() : archive , run
• archive_context() : ez_setup
• archive_on_disk() : jd3
• are_coplanar() : numeric::geometry
• arg() : fmt
• arg_greatest_several() : utility
• arg_least_several() : utility
• arg_max() : utility
• arg_min() : utility
• arg_sweep_cutoff() : enzdes
• arg_sweep_interface() : enzdes
• argmax() : utility
• argmin() : utility
• argsort() : utility
• armijo_min_stepsize() : optimization
• aromatic_motifs() : motifs
• as_array() : pyrosetta::bindings::homogeneous_transform , pyrosetta::bindings::rt
• aspartimide_penalty_value() : score
• assembly() : assembly , mp::assembly
• assembly_type() : legacy_sewing
• assign_by_field_names() : pyrosetta::utility::array
• assign_cdr() : tcrmodel
• assign_cdr1a() : tcrmodel
• assign_cdr1b() : tcrmodel
• assign_cdr2a() : tcrmodel
• assign_cdr2b() : tcrmodel
• assign_cdr3a() : tcrmodel
• assign_cdr3b() : tcrmodel
• assign_gasteiger_atom_types() : in::file
• assign_ss() : rescore
• atom_array_to_coordinates() : pyrosetta::utility::array
• atom_mask() : edensity
• atom_mask_min() : edensity
• atom_names() : james
• atom_pair_cst_weight() : antibody::design
• atom_radius_buffer() : fingerprint
• atom_radius_scale() : fingerprint
• atom_scores() : holes
• atom_tree_diff() : in::file , out::file
• atom_tree_diff_bb() : out::file
• atom_tree_diff_bl() : out::file
• atom_tree_diff_sc() : out::file
• atomic_burial_cutoff() : pose_metrics
• atr_rep_screen() : stepwise
• atr_rep_screen_for_docking() : stepwise
• attach_as_sc() : smhybrid
• attach_as_sc_sub() : smhybrid
• attach_atom() : smhybrid
• attach_rsd() : smhybrid
• attached_pdb() : ufv::insert
• attempt_all_polar() : hydrate
• attempt_pyrimidine_flip() : rna::erraser
• attribute_w_name_in_attribute_list() : utility::tag
• attributes_for_parse_database_connection() : basic::database
• auth() : cloud
• auto_detect_glycan_connections() : in
• auto_frag_insertion_weight() : cm::hybridize
• auto_generate_kink_constraint() : antibody
• auto_setup_metals() : in
• auto_tune() : cluster
• autofilter() : rna::denovo
• axis_rot_sampling() : corrections::water