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amino_acids Namespace Reference

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dictionary SA
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dictionary modres
 

Variable Documentation

list amino_acids.amino_acids
Initial value:
1 = ['A', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'K', 'L', \
2  'M', 'N', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'V', 'W', 'Y']
dictionary amino_acids.extra_longer_names = {'TYY': 'Y', 'ARM': 'R', 'ARG': 'R', 'HTR': 'W', 'C5C': 'C', 'CY1': 'C', 'DPN': 'F', 'BHD': 'D', 'SCS': 'C', 'TPQ': 'A', 'MEN': 'N', 'SEP': 'S', 'KCX': 'K', 'TYB': 'Y', 'NMC': 'G', 'CSS': 'C', 'CSP': 'C', 'SET': 'S', 'EFC': 'C', 'CSW': 'C', 'TRP': 'W', 'BMT': 'T', 'CSX': 'C', 'SHC': 'C', 'NLE': 'L', 'OCS': 'C', 'DSN': 'S', 'DHA': 'A', 'TPL': 'W', 'HPQ': 'F', 'CSD': 'A', 'MSE': 'M', 'MLE': 'L', 'DLE': 'L', 'CSO': 'C', 'CY3': 'C', 'NLN': 'L', 'CYM': 'C', 'BUG': 'L', 'SAR': 'G', 'PEC': 'C', 'BUC': 'C', 'DAS': 'D', 'DAR': 'R', 'CYG': 'C', 'HIC': 'H', 'HMR': 'R', 'DAH': 'F', 'LLP': 'K', 'DAL': 'A', 'CEA': 'C', 'MPQ': 'G', 'HIS': 'H', 'CYQ': 'C', 'NLP': 'L', 'CYS': 'C', 'AIB': 'A', 'MSA': 'G', 'SEL': 'S', 'PCA': 'E', 'DIV': 'V', 'DTR': 'W', 'FLA': 'A', 'IYR': 'Y', 'DNP': 'A', '2AS': 'D', 'DTY': 'Y', 'HYP': 'P', 'ASX': 'B', 'SOC': 'C', 'CME': 'C', 'PRR': 'A', 'DPR': 'P', 'DTH': 'T', 'DIL': 'I', 'TYS': 'Y', 'TYR': 'Y', 'CXM': 'M', 'GL3': 'G', 'STY': 'Y', 'ALY': 'K', 'LEU': 'L', 'TRG': 'K', 'MET': 'M', 'MAA': 'A', 'ALA': 'A', 'PHE': 'F', 'SHR': 'K', 'HIP': 'H', 'PHL': 'F', 'ALM': 'A', 'PHI': 'F', 'ALO': 'T', 'MVA': 'V', 'OMT': 'M', 'FME': 'M', 'HAR': 'R', 'DLY': 'K', '5HP': 'E', 'BNN': 'A', 'PTR': 'Y', 'SCY': 'C', 'MHS': 'H', 'SVA': 'S', 'TRO': 'W', 'THR': 'T', 'AYA': 'A', 'HAC': 'A', 'GMA': 'E', 'CLE': 'L', 'TPO': 'T', 'CHG': 'A', 'VAL': 'V', 'LYZ': 'K', 'GSC': 'G', 'LTR': 'W', 'ASL': 'D', 'OAS': 'S', 'ASN': 'N', 'CGU': 'E', 'LYM': 'K', 'PR3': 'C', 'GGL': 'E', 'ASK': 'D', 'DCY': 'C', 'SCH': 'C', 'ASA': 'D', 'ASB': 'D', 'DGL': 'E', 'DGN': 'Q', 'IIL': 'I', 'PRO': 'P', 'SAC': 'S', 'LYS': 'K', 'SER': 'S', 'ASP': 'D', 'ASQ': 'D', 'NEM': 'H', 'BCS': 'C', 'NEP': 'H', 'GLU': 'E', 'SMC': 'C', 'DSP': 'D', 'MIS': 'S', 'TYQ': 'Y', 'TIH': 'A', 'C6C': 'C', 'GLZ': 'G', 'GLY': 'G', '3AH': 'H', 'ACL': 'R', 'CCS': 'C', 'DVA': 'V', 'LLY': 'K', 'GLX': 'Z', 'DHI': 'H', 'GLN': 'Q', 'ILE': 'I', 'AGM': 'R', 'PAQ': 'Y', 'MLY':'K'}
dictionary amino_acids.frequency
Initial value:
1 = {'G': .075, 'A': .09, 'V': .069, 'L': .075, 'I': .046,
2  'S': .071, 'T': .060, 'C': .028, 'P': .046, 'F': .035,
3  'Y': .035, 'W': .011, 'H': .021, 'D': .055, 'N': .044,
4  'E': .062, 'Q': .039, 'M': .017, 'K': .07, 'R': .047}

Referenced by numeric::MultiDimensionalHistogram.mean_squared_error().

dictionary amino_acids.GES
Initial value:
1 = {'F': -3.7, 'M': -3.4, 'I': -3.1, 'L': -2.8, 'V': -2.6,
2  'C': -2.0, 'W': -1.9, 'A': -1.6, 'T': -1.2, 'G': -1.0,
3  'S': -0.6, 'P': 0.2, 'Y': 0.7, 'H': 3.0, 'Q': 4.1,
4  'N': 4.8, 'E': 8.2, 'K': 8.8, 'D': 9.2, 'R': 12.3}
dictionary amino_acids.HP
Initial value:
1 = {'I': 0.73, 'F': 0.61, 'V': 0.54, 'L': 0.53, 'W': 0.37,
2  'M': 0.26, 'A': 0.25, 'G': 0.16, 'C': 0.04, 'Y': 0.02,
3  'P': -0.07, 'T': -0.18, 'S': -0.26, 'H': -0.40, 'E': -0.62,
4  'N': -0.64, 'Q': -0.69, 'D': -0.72, 'K': -1.10, 'R': -1.76}
dictionary amino_acids.hpcg
Initial value:
1 = {'A': 'H', 'V': 'H', 'I': 'H', 'L': 'H', 'F': 'H', 'P': 'H', 'M': 'H',
2  'G': 'G',
3  'D': 'C', 'E': 'C', 'K': 'C', 'R': 'C',
4  'S': 'P', 'T': 'P', 'Y': 'P', 'C': 'P', 'N': 'P', 'Q': 'P', 'H': 'P',
5  'W': 'P'}
dictionary amino_acids.longer_names
Initial value:
1 = {'ALA': 'A', 'ARG': 'R', 'ASN': 'N', 'ASP': 'D',
2  'CYS': 'C', 'GLU': 'E', 'GLN': 'Q', 'GLY': 'G',
3  'HIS': 'H', 'ILE': 'I', 'LEU': 'L', 'LYS': 'K',
4  'MET': 'M', 'PHE': 'F', 'PRO': 'P', 'SER': 'S',
5  'THR': 'T', 'TRP': 'W', 'TYR': 'Y', 'VAL': 'V'}
dictionary amino_acids.modres
dictionary amino_acids.one_letter_names
Initial value:
1 = {
2 'A':'ALA',
3 'R':'ARG',
4 'N':'ASN',
5 'D':'ASP',
6 'C':'CYS',
7 'E':'GLU',
8 'Q':'GLN',
9 'G':'GLY',
10 'H':'HIS',
11 'I':'ILE',
12 'L':'LEU',
13 'K':'LYS',
14 'M':'MET',
15 'F':'PHE',
16 'P':'PRO',
17 'S':'SER',
18 'T':'THR',
19 'W':'TRP',
20 'Y':'TYR',
21 'V':'VAL'}
dictionary amino_acids.SA
Initial value:
1 = {'A':106, 'C':135, 'D':163, 'E':194, 'F':197,
2  'G': 84, 'H':184, 'I':169, 'K':205, 'L':164,
3  'M':188, 'N':157, 'P':136, 'Q':198, 'R':248,
4  'S':130, 'T':142, 'V':142, 'W':227, 'Y':222}

load the G-X-G surface areas surface_area = {} data = open('residue_surface_areas.dat','r') line = data.readline() line = data.readline() for i in range(20): l = string.split(line) assert l[0] in amino_acids surface_area[l[0]] = float(l[1]) line = data.readline() data.close()

dictionary amino_acids.short_to_long = {}
dictionary amino_acids.size
Initial value:
1 = {'G': 66, 'A': 92, 'V': 142, 'L': 168, 'I': 169,
2  'S': 99, 'T': 122, 'C': 106, 'P': 129, 'F': 203,
3  'Y': 204, 'W': 238, 'H': 167, 'D': 125, 'N': 135,
4  'E': 155, 'Q': 161, 'M': 171, 'K': 171, 'R': 202,
5  'X': 10000}

Referenced by fmt::BasicWriter< Char >.c_str(), basic::Tracer.calculate_tracer_level(), fmt::BasicStringRef< Char >.compare(), create_pseudo_commandline(), fmt.fprintf(), basic::database.full_name(), basic.get_usage_from_procfilesystem(), fmt.getpagesize(), fmt::BasicWriter< Char >.grow_buffer(), utility::vectorL< L, bool, A >.has(), utility::vectorL< 1, std::string, A >.has(), basic::Tracer.in(), utility::vector1< bool, A >.index(), utility::vector1< numeric::urs_Quat >.index(), utility::vectorL< 1, std::string, A >.index_of(), numeric::random::mt19937_RG.init_by_array(), numeric::IntervalSet< double >.is_inside(), numeric::IntervalSet< double >.length(), utility::graph::RingDetection< Graph >.LengthOfSmallestCycleWithVertex(), main(), utility.make_segtag_with_dashes(), MC_run(), numeric::statistics.mean(), numeric::MultiDimensionalHistogram.mean_squared_error(), numeric::kdtree::CompareKDPoints.operator()(), utility::vectorL< L, bool, A >.operator[](), utility::vectorL< 1, std::string, A >.operator[](), fmt::internal::FormatBuf< Char >.overflow(), post_rebuild_bulge_assembly(), fmt::BasicWriter< Char >.prepare_int_buffer(), numeric.principal_components_and_eigenvalues_ndimensions(), numeric::IntervalSet< double >.push_back(), numeric::IntervalSet< double >.random_point(), numeric::kinematic_closure.rotateX(), numeric::kinematic_closure::radians.rotateX(), numeric::kinematic_closure.rotateY(), numeric::kinematic_closure::radians.rotateY(), numeric::kinematic_closure.rotateZ(), numeric::kinematic_closure::radians.rotateZ(), ScoreFragmentSetMover.run(), sequence_tolerance_main(), basic::svd::SVD_Solver.set_matrix_A(), numeric::fourier::SHT.setup_Pmls(), utility::vectorL< L, bool, A >.shrink(), utility::vectorL< 1, std::string, A >.shrink(), utility.split_by_newlines(), numeric::statistics.std_dev_with_provided_mean(), fmt::FormatInt.str(), utility::vectorL< L, bool, A >.u(), utility::vectorL< 1, std::string, A >.u(), validate_dunbrack_binaries(), wrap_std_list(), wrap_std_set(), and fmt::BasicWriter< Char >.write_str().

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