- a -

• aa2index() : pepspec.cc
• add() : T20.template.hpp
• add_all_rosetta_options() : option.cc.gen.hh
• add_deviations() : avrg_silent.cc
• add_pep_res() : pepspec.cc
• add_protocols() : reverse_conversion_util.hh
• add_rosetta_options_0() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_1() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_10() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_11() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_12() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_13() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_14() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_15() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_2() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_3() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_4() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_5() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_6() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_7() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_8() : option.cc.gen.hh
• add_rosetta_options_9() : option.cc.gen.hh
• add_termini() : pepspec.cc
• align_pdbs() : swa_rna_util.cc
• align_pose_general() : swa_rna_util.cc
• all_pair_energies() : per_residue_energies.cc
• all_pose_residues() : erraser2.cc
• already_minimized() : minimize_with_cst.cc
• analyze_base_pair_test() : analyze_base_pairing.cc
• analyze_poses_for_convergence() : erraser2.cc
• assure() : gen_apo_grids.cc , gen_lig_grids.cc
• atom1_vector() : extract_motifs.cc
• atom2_vector() : extract_motifs.cc
• atom3_vector() : extract_motifs.cc
• atoms_have_bond_to_bonded_atoms() : erraser2.cc
• atoms_have_mutual_bond_to_atom() : erraser2.cc
• average() : pepspec_anchor_dock.cc , ddg_benchmark.cc
• average_score_components() : ddg_benchmark.cc