Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- e -

• E : protocols::comparative_modeling::features , protocols::features
• e_pH : core::scoring
• E_SS : protocols::comparative_modeling::features
• ec_funcs : protocols::pack_daemon
• ED : core::chemical , protocols::simple_moves
• EDGE_NGHBRS : protocols::viewer
• EdgeAP : core::kinematics
• EdgeOP : core::kinematics
• edges_within_interval() : protocols::forge::methods
• effective_lower_terminus_based_on_working_res() : protocols::stepwise::modeler
• effective_upper_terminus_based_on_working_res() : protocols::stepwise::modeler
• EFr : protocols::fldsgn::topology
• EIsometry : core::chemical
• EIter : core::chemical
• EIterPair : core::chemical
• elec_dens_allatom_cen_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_atomwise : core::scoring
• elec_dens_atomwise_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_cen_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_fast : core::scoring
• elec_dens_fast_energy : core::scoring::methods
• elec_dens_whole_structure_allatom : core::scoring
• elec_dens_whole_structure_ca : core::scoring
• elec_dens_window : core::scoring
• elec_method : core::scoring::methods
• ELEC_NBLIST : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• elec_pair_nblist : core::scoring
• ELEC_TRIE_COLLECTION : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• ElecDensAllAtomCenEnergyCreator_registrator : core::init
• ElecDensAtomwiseEnergyCOP : core::scoring::electron_density_atomwise
• ElecDensAtomwiseEnergyCreator_registrator : core::init
• ElecDensAtomwiseEnergyOP : core::scoring::electron_density_atomwise
• ElecDensCenEnergyCreator_registrator : core::init
• ElecDensEnergyCreator_registrator : core::init
• ElectronDensityCOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityLoaderCOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityLoaderCreator_registrator : core::init
• ElectronDensityLoaderOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityOptionsCOP : core::scoring::electron_density
• ElectronDensityOptionsCreator_registrator : core::init
• ElectronDensityOptionsOP : core::scoring::electron_density
• ELECTROPHILE : core::chemical
• element2name() : core::chemical::element
• element_string() : core::scoring
• element_string_dc() : core::scoring
• ElementCOP : core::chemical
• ElementOP : core::chemical
• Elements : core::chemical::element
• elements_from_name() : core::chemical::element
• ElementSetAP : core::chemical
• ElementSetCAP : core::chemical
• ElementSetCOP : core::chemical
• ElementSetOP : core::chemical
• ellinte() : core::scoring::rna::chemical_shift
• ellintk() : core::scoring::rna::chemical_shift
• EllipsoidalRandomizationMoverCOP : protocols::docking
• EllipsoidalRandomizationMoverOP : protocols::docking
• EmbeddingCOP : protocols::membrane::geometry
• EmbeddingDefCOP : protocols::membrane::geometry
• EmbeddingDefOP : protocols::membrane::geometry
• EmbeddingOP : protocols::membrane::geometry
• emit_intermediate() : protocols::nonlocal , protocols::star
• empty_size_list : protocols::frags
• EMPTY_STRING() : protocols::anchored_design
• empty_string() : protocols::viewer
• enable_constraint_scoreterms() : protocols::enzdes::enzutil
• enable_sampling_of_loop_takeoff() : protocols::stepwise::modeler::protein::loop_close
• encode_alphanum() : protocols::wum
• END : core::io::pdb
• end : core::sequence
• END : protocols::abinitio::abscript
• END_ABINITIO : protocols::abinitio
• end_bias_probabilities() : protocols::medal
• END_BLOCK() : protocols::jd2
• end_of_effect_list : protocols::generalized_kinematic_closure::perturber
• end_of_filter_list : protocols::generalized_kinematic_closure::filter
• END_OF_MINIMIZATION : protocols::optimize_weights
• end_of_ramatable_type_list : core::scoring
• end_of_score_type_enumeration : core::scoring
• end_of_selector_list : protocols::generalized_kinematic_closure::selector
• end_sig : core::scoring::membrane , core::scoring::methods
• end_sig2 : core::scoring::membrane , core::scoring::methods
• ENDMDL : core::io::pdb
• EndToEndPivotsCOP : protocols::kinematic_closure::pivot_pickers
• EndToEndPivotsOP : protocols::kinematic_closure::pivot_pickers
• EnergiesCOP : core::scoring
• EnergiesOP : core::scoring
• Energy : core
• energy_evaluator : protocols::simple_filters
• energy_from_pose() : core::pose
• energy_per_residue_filter_tracer() : protocols::simple_filters
• EnergyBasePair : core::pose::rna
• EnergyBasePairList : core::pose::rna
• EnergyBaseStack : core::pose::rna
• EnergyBaseStackList : core::pose::rna
• EnergyCutRotamerTrialsMinMoverCOP : protocols::simple_moves
• EnergyCutRotamerTrialsMinMoverOP : protocols::simple_moves
• EnergyCutRotamerTrialsMoverCOP : protocols::simple_moves
• EnergyCutRotamerTrialsMoverOP : protocols::simple_moves
• EnergyDerivative : core
• EnergyEvalAP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyEvalCAP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyEvalCOP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyEvalOP : core::fragment::picking_old::vall::eval
• EnergyGradient : core
• EnergyGraphOP : core::scoring
• EnergyMap : core::scoring
• EnergyMethodCOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodCreatorCOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodCreatorOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodOptionsCOP : core::scoring::methods
• EnergyMethodOptionsOP : core::scoring::methods
• EnergyMethods : core::scoring::methods
• EnergyMethodType : core::scoring::methods
• energynames : core::io::silent
• EnergyNamesOP : core::io::silent
• Enhanced_Chothia_Scheme : protocols::antibody
• enlarge_h_lj_wdepth() : core::chemical
• EnsembleConstraints_SimpleCOP : protocols::cluster
• EnsembleConstraints_SimpleOP : protocols::cluster
• EnsembleConstraintsCOP : protocols::cluster
• EnsembleConstraintsOP : protocols::cluster
• EnsembleJobInputterCOP : protocols::jd2
• EnsembleJobInputterOP : protocols::jd2
• ensure_directory_for_out_silent_file_exists() : protocols::stepwise::legacy::modeler::rna
• ensure_phosphate_nomenclature_matches_mini() : protocols::farna
• ensure_valid_full_seq_num() : protocols::stepwise::modeler::rna
• ENTER : core::scoring::packstat
• entity_elements_from_1letterstring() : protocols::multistate_design
• EntityCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityCorrespondenceCOP : protocols::pack_daemon
• EntityCorrespondenceOP : protocols::pack_daemon
• EntityElementCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElementCreatorCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElementCreatorOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElementOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityElements : protocols::genetic_algorithm
• EntityFuncCOP : protocols::pack_daemon
• EntityFuncOP : protocols::pack_daemon
• EntityOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityRandomizerCOP : protocols::genetic_algorithm
• EntityRandomizerOP : protocols::genetic_algorithm
• Enum : core::conformation::RotamerSetCacheableDataType , core::scoring::EnergiesCacheableDataType , protocols::forge::build::BuildInstructionState , protocols::forge::build::SegmentInsertConnectionScheme , protocols::forge::components::VLB_VallMemoryUsage , protocols::jd2::JobInputterInputSource
• EnumerateAssemblyMoverCOP : protocols::sewing
• EnumerateAssemblyMoverOP : protocols::sewing
• env : core::scoring
• EnvClaimAP : protocols::environment::claims
• EnvClaimBrokerAP : protocols::environment
• EnvClaimBrokerCAP : protocols::environment
• EnvClaimBrokerCOP : protocols::environment
• EnvClaimBrokerOP : protocols::environment
• EnvClaimCAP : protocols::environment::claims
• EnvClaimCOP : protocols::environment::claims
• EnvClaimOP : protocols::environment::claims
• EnvClaims : protocols::environment::claims
• EnvCoreAP : core::environment
• EnvCoreCAP : core::environment
• EnvCoreCOP : core::environment
• EnvCoreOP : core::environment
• EnvEnergyCreator_registrator : core::init
• EnvironmentAP : protocols::environment
• EnvironmentCAP : protocols::environment
• EnvironmentCOP : protocols::environment
• EnvironmentOP : protocols::environment
• EnvLabelSelectorCOP : protocols::environment::claims
• EnvLabelSelectorOP : protocols::environment::claims
• EnvMoverCOP : protocols::environment
• EnvMoverOP : protocols::environment
• EnvPairPotentialCOP : core::scoring
• EnvPairPotentialOP : core::scoring
• envsmooth : core::scoring
• EnvSmoothEnergyCreator_registrator : core::init
• EnzConstraintIOAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintIOCAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintIOCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintIOOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersCAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzConstraintParametersOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResAtomsCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResAtomsOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzCstTemplateResOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesBaseProtocolAP : protocols::enzdes
• EnzdesBaseProtocolCAP : protocols::enzdes
• EnzdesBaseProtocolCOP : protocols::enzdes
• EnzdesBaseProtocolOP : protocols::enzdes
• EnzdesCacheableObserverAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCacheableObserverCAP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCacheableObserverCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCacheableObserverOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstParamCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesCstParamCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesFixBBProtocolOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolAP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolCAP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolCOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexBBProtocolOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexibleRegionCOP : protocols::enzdes
• EnzdesFlexibleRegionOP : protocols::enzdes
• EnzdesJobInputterCOP : protocols::enzdes
• EnzdesJobInputterOP : protocols::enzdes
• EnzdesJobOutputterOP : protocols::enzdes
• EnzdesLoopInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesLoopInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesLoopsFileCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesLoopsFileOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesScorefileFilterCOP : protocols::enzdes
• EnzdesScorefileFilterOP : protocols::enzdes
• EnzdesSeqRecoveryCacheCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzdesSeqRecoveryCacheOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EnzRepackMinimizeOP : protocols::enzdes
• EPSILON : core::chemical::rna , core::scoring::dna
• EPSILON_ATOM : core::chemical
• eq_OP_deref() : protocols::genetic_algorithm
• EQUATORIAL : core::chemical::rings
• Er : core::chemical::element
• error_check_requested_adducts() : core::chemical
• error_message : protocols::pack_daemon
• ERROR_PREFIX : protocols::medal , protocols::star
• Es : core::chemical::element
• ET_BEST_CYCLIC : protocols::analysis
• ET_BEST_LINEAR : protocols::analysis
• ET_GENERAL : protocols::analysis
• ETA_ATOM : core::chemical
• etab_classic_intrares_pair_nblist : core::scoring
• etab_classic_intrares_single_nblist : core::scoring
• etab_pair_nblist : core::scoring
• etab_single_nblist : core::scoring
• ETABLE_CLASSIC_INTRARES_NBLIST : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• etable_method : core::scoring::methods
• ETABLE_NBLIST : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• ETABLE_TRIE_COLLECTION : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• EtableCAP : core::scoring::etable
• EtableClassicIntraEnergyCreator_registrator : core::init
• EtableCOP : core::scoring::etable
• EtableEnergyCreator_registrator : core::init
• EtableEnergyOP : core::scoring::etable
• EtableEvaluatorCAP : core::scoring::etable
• EtableEvaluatorCOP : core::scoring::etable
• EtableEvaluatorOP : core::scoring::etable
• EtableFuncOP : core::scoring::func
• EtableOP : core::scoring::etable
• EtableOptionsCOP : core::scoring::etable
• EtableOptionsOP : core::scoring::etable
• EtableRotamerTrieCOP : core::scoring::etable::etrie
• EtableRotamerTrieOP : core::scoring::etable::etrie
• Eu : core::chemical::element
• EulerAnglesCOP : protocols::stepwise::sampler::rigid_body
• EulerAnglesOP : protocols::stepwise::sampler::rigid_body
• eval_atom_derivatives_for_minedge() : core::scoring
• eval_atom_derivatives_for_minnode() : core::scoring
• eval_bbbb_sr2b_energies() : core::scoring
• eval_bbsc_sr2b_energies() : core::scoring
• EVAL_DFUNC : protocols::optimize_weights
• eval_dof_deriv_for_minnode() : core::scoring
• EVAL_FUNC : protocols::optimize_weights
• eval_res_onebody_energies_for_minnode() : core::scoring
• eval_res_pair_energy_for_minedge() : core::scoring
• eval_scsc_sr2b_energies() : core::scoring
• eval_weighted_atom_derivatives_for_minedge() : core::scoring
• eval_weighted_dof_deriv_for_minnode() : core::scoring
• eval_weighted_res_onebody_energies_for_minnode() : core::scoring
• eval_weighted_res_pair_energy_for_minedge() : core::scoring
• evaluate_entity : protocols::pack_daemon
• evaluate_pose() : protocols::evaluation
• EvaluatedTrialMoverOP : protocols::simple_filters
• evaluaterdc() : core::scoring
• EvaluatorCreatorCOP : protocols::evaluation
• EvaluatorCreatorOP : protocols::evaluation
• even_cluster_monte_carlo : protocols::antibody::design
• even_length_cluster_monte_carlo : protocols::antibody::design
• EventIter : core::scoring::packstat
• Events : core::scoring::packstat
• EventType : core::scoring::packstat
• EX_FOUR_HALF_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_ONE_HALF_STEP_STDDEV : core::pack::task
• EX_ONE_STDDEV : core::pack::task
• EX_SIX_QUARTER_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_THREE_THIRD_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_TWO_FULL_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• EX_TWO_HALF_STEP_STDDEVS : core::pack::task
• ExactOccludedHbondSolEnergyCOP : core::scoring::geometric_solvation
• ExactOccludedHbondSolEnergyCreator_registrator : core::init
• ExactOccludedHbondSolEnergyOP : core::scoring::geometric_solvation
• EXCLUSIVE : protocols::environment::claims
• Exclusive : protocols::features::RelevantResiduesMode
• EXIT : core::scoring::packstat
• expand_icoor_atom_name() : core::chemical
• EXPDTA : core::io::pdb
• ExpExpressionCOP : protocols::pack_daemon
• ExpExpressionOP : protocols::pack_daemon
• exponential : protocols::canonical_sampling
• exponential_deriv() : core::scoring::constraints
• export_packer_results() : protocols::farna
• ExposedHydrophobicsFilterAP : protocols::denovo_design::filters
• ExposedHydrophobicsFilterCAP : protocols::denovo_design::filters
• ExposedHydrophobicsFilterCOP : protocols::denovo_design::filters
• ExposedHydrophobicsFilterOP : protocols::denovo_design::filters
• EXT_OMG : protocols::loops , protocols::star
• EXT_PHI : protocols::loops , protocols::star
• EXT_PSI : protocols::loops , protocols::star
• extend : protocols::loops
• extend_sequence_mapping() : protocols::loops
• ExtendChainAP : protocols::denovo_design::connection
• ExtendChainCAP : protocols::denovo_design::connection
• ExtendChainCOP : protocols::denovo_design::connection
• ExtendChainOP : protocols::denovo_design::connection
• Extended : protocols::antibody
• ExtendedPoseMoverCOP : protocols::simple_moves
• ExtendedPoseMoverOP : protocols::simple_moves
• ExtendFailure : protocols::loops::loop_mover
• extent_aa_str() : core::fragment::picking_old::vall
• extent_ss_str() : core::fragment::picking_old::vall
• extent_to_fragdata() : core::fragment::picking_old::vall
• ExternalGeomSamplerCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• ExternalGeomSamplerOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• ExternalTransform : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• EXTRA_MINIMIZE : core::pose::full_model_info
• EXTRA_MINIMIZE_JUMP : core::pose::full_model_info
• extra_suite_atoms_lower : protocols::stepwise::modeler::align
• extra_suite_atoms_upper : protocols::stepwise::modeler::align
• EXTRACHI_CUTOFF_LIMIT : core::pack::task
• ExtraChiCutoffCreator_registrator : core::init
• ExtraChiCutoffOP : core::pack::task::operation
• ExtraChiCutoffRLTCreator_registrator : core::init
• extract_asymmetric_unit() : core::pose::symmetry
• extract_asymmetric_unit_pdb_info() : core::pose::symmetry
• extract_continuous_chunks() : protocols::loops
• extract_extra_scores() : core::io
• extract_ideal_motifs() : protocols::denovo_design::connection
• extract_int() : protocols::denovo_design
• extract_sample_weights() : protocols::loophash
• extract_scores() : core::io
• extract_secondary_structure_chunks() : protocols::loops
• extract_tag_from_pose() : core::pose
• ExtractAsymmetricPoseMoverCOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractAsymmetricPoseMoverOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractAsymmetricUnitMoverCOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractAsymmetricUnitMoverOP : protocols::simple_moves::symmetry
• ExtractSmallest() : protocols::toolbox
• ExtractSubposeMoverCOP : protocols::matdes
• ExtractSubposeMoverOP : protocols::matdes
• ExtraRotamersCreator_registrator : core::init
• ExtraRotamersGenericCreator_registrator : core::init
• ExtraRotamersGenericOP : core::pack::task::operation
• ExtraRotamersGenericRLTCreator_registrator : core::init
• ExtraRotamersOP : core::pack::task::operation
• ExtraRotSample : core::pack::task
• ExtraRotSampleCardinality : core::pack::task
• extras : protocols::loops
• ExtraScoreVector : protocols::frag_picker