Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- m -

• m1_ : protocols::hybridization
• m2_ : protocols::hybridization
• m_inv_gen() : core::scoring
• maca : core::scoring::rna::chemical_shift
• magnetic_anisotropy_effect() : core::scoring::rna::chemical_shift
• main_atom_tree_diff_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_pdb_mover() : protocols::jobdist
• main_watchdog() : protocols::boinc::watchdog
• MainChainTorsionSetList : protocols::stepwise::modeler::protein
• MainchainTorsionType : core::id
• make_aa_bitmap() : protocols::denovo_design::task_operations
• make_asymmetric_pose() : core::pose::symmetry
• make_atom_map() : core::pose
• make_atr_rep_grid() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligand() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligands() : protocols::ligand_docking
• make_base_pair_aware_fold_tree() : protocols::dna
• make_base_pair_mutation() : protocols::motifs
• make_coarse_pose() : protocols::farna
• make_conditional_index() : core::pack::dunbrack
• make_continuous_true_regions_in_bool_vector() : protocols::enzdes::enzutil
• make_cut_at_moving_suite() : protocols::stepwise::modeler
• make_Cx() : protocols::sic_dock
• make_dna_mutations() : protocols::motifs
• make_dna_rigid() : protocols::relax
• make_extended_coarse_pose() : protocols::farna
• make_hbBasetoAcc_unitvector() : core::scoring::hbonds
• make_hotspot_foldtree() : protocols::protein_interface_design
• make_index() : core::pack::dunbrack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_intersection() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_requested_method() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_truncation() : core::pack
• make_new_symmetric_PackerTask_by_union() : core::pack
• make_phosphate_nomenclature_matches_mini() : protocols::farna
• make_pose_from_frags() : core::fragment
• make_pose_from_saccharide_sequence() : core::pose
• make_pose_from_sequence() : core::pose
• make_pose_from_sequence_() : core::fragment
• make_residue_mask_symmetric() : core::pose::symmetry
• MAKE_ROT_LIB : protocols::jd2::JobInputterInputSource
• make_score_function_consistent_with_symmetric_state_of_pose() : core::pose::symmetry
• make_selection() : protocols::nonlocal
• make_sequence_combinations() : protocols::dna
• make_simple_fold_tree_from_jump_frame() : core::fragment
• make_single_mutants() : protocols::dna
• make_star_foldtree() : protocols::forge::methods
• make_stub_scorefxn() : protocols::protein_interface_design::movers
• make_subdirs() : protocols::dna
• make_sure_full_model_info_is_setup() : core::pose::full_model_info
• make_sure_vdw_cached_rep_screen_info_is_setup() : protocols::stepwise::modeler::rna::checker
• make_symmetric_fibril() : protocols::fibril
• make_symmetric_movemap() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_PackerTask_by_truncation() : core::pack
• make_symmetric_pdb_info() : core::pose::symmetry
• make_symmetric_pose() : core::pose::symmetry
• make_variants_match() : protocols::stepwise::modeler
• MakeBundleCOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleCOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixCOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixCOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleOPs : protocols::helical_bundle
• MakeCanonicalHelixCOP : protocols::membrane::benchmark
• MakeCanonicalHelixOP : protocols::membrane::benchmark
• MakeFragmentScoringMethodCOP : protocols::frag_picker::scores
• MakeFragmentScoringMethodOP : protocols::frag_picker::scores
• makeMap() : protocols::flxbb
• MakePolyXMoverOP : protocols::simple_moves
• MakeRotLibJobCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobInputterCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobInputterOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibMoverCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibMoverOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibOptionsDataCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibOptionsDataOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibPolymerType : protocols::make_rot_lib
• map_char_to_torsion_bin() : core::conformation
• map_constraints_from_original_pose() : protocols::stepwise::modeler
• map_mgs() : protocols::denovo_design::components
• map_nodes() : protocols::denovo_design::components
• map_of_weighted_scores() : core::import_pose::atom_tree_diffs
• map_seq1_seq2() : core::sequence
• map_string_to_torsion_bin_string() : core::conformation
• map_to_comma_strings() : core::conformation::symmetry
• map_to_local_numbering() : protocols::stepwise::modeler
• map_torsion_bin_to_char() : core::conformation
• mapping_to_alignment() : core::sequence
• maqw : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqx : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqy : core::scoring::rna::chemical_shift
• maqz : core::scoring::rna::chemical_shift
• Martin : protocols::antibody
• marx : core::scoring::rna::chemical_shift
• mary : core::scoring::rna::chemical_shift
• marz : core::scoring::rna::chemical_shift
• maskbits : core::scoring , core::scoring::packstat::old
• masks() : core::scoring , core::scoring::packstat::old , core::scoring::sasa
• Mass : core
• mass() : core::pose
• mass_tracer() : protocols::ligand_docking
• MASTER : core::io::pdb
• Mat : core::conformation::symmetry , core::scoring::motif , protocols::kinmatch , protocols::matdes , protocols::scoring , protocols::sic_dock , protocols::sic_dock::scores
• Mat3 : protocols::sparta
• match : protocols::match
• MATCH_AA : core::scoring::motif
• MATCH_ALL : protocols::farna::fragments
• MATCH_ANY : core::scoring::motif
• MATCH_EXACT : protocols::farna::fragments
• MATCH_HYDROPHOBICITY : core::scoring::motif
• match_lite : protocols::match
• MATCH_ROTAMER : core::scoring::motif
• match_up_to_rna_dna() : protocols::stepwise::modeler::align
• MATCH_YR : protocols::farna::fragments
• MatchConsolidatorCOP : protocols::match::output
• MatchConsolidatorOP : protocols::match::output
• MatchConstraintFileInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatcherCOP : protocols::match
• MatcherMoverCOP : protocols::match
• MatcherMoverOP : protocols::match
• MatcherOP : protocols::match
• MatcherTaskCOP : protocols::match
• MatcherTaskOP : protocols::match
• MatchEvaluatorCOP : protocols::match::output
• MatchEvaluatorOP : protocols::match::output
• MatchFilterCOP : protocols::match::output
• MatchFilterOP : protocols::match::output
• MatchGrafterCOP : protocols::metal_interface
• MatchGrafterOP : protocols::metal_interface
• MatchGrouperCOP : protocols::match::output
• MatchGrouperOP : protocols::match::output
• MatchOutputterCOP : protocols::match::output
• MatchOutputterOP : protocols::match::output
• MatchPositionModifierCOP : protocols::match
• MatchPositionModifierOP : protocols::match
• MatchProcessorCOP : protocols::match::output
• MatchProcessorOP : protocols::match::output
• MatchResiduesMoverCOP : protocols::fldsgn
• MatchResiduesMoverOP : protocols::fldsgn
• MatchScoreWriterCOP : protocols::match::output
• MatchScoreWriterOP : protocols::match::output
• MatDesGreedyOptMutationMoverCOP : protocols::matdes
• MatDesGreedyOptMutationMoverOP : protocols::matdes
• MatDesPointMutationCalculatorCOP : protocols::matdes
• MatDesPointMutationCalculatorOP : protocols::matdes
• Matrix : core::pose::rna , core::scoring::dna
• matrix : core::scoring
• Matrix : core::scoring::rna , protocols::frag_picker::scores , protocols::hotspot_hashing , protocols::loops::loop_closure::ccd , protocols::toolbox
• matrix : protocols::toolbox
• Mats : protocols::sic_dock
• MAX : protocols::simple_filters
• max_allowed_rot_mag() : protocols::rigid
• MAX_BULGE_LENGTH() : protocols::farna::libraries
• MAX_CHEMICAL_BOND_TO_HYDROGEN_LENGTH : core::chemical
• MAX_FLT : core::scoring::electron_density , core::scoring::electron_density_atomwise
• MAX_HB_ENERGY : core::scoring::hbonds
• max_interchain_sites() : protocols::scoring
• MAX_NATIVE_POSE_RESIDUES : protocols::boinc
• max_possible_LK : core::scoring::geometric_solvation
• MAX_R : core::scoring::hbonds
• MAX_R2 : core::scoring::hbonds
• max_rad() : core::scoring::packstat
• MAX_SYMM_POSE_RESIDUES : protocols::boinc
• MAX_TYPE : protocols::noesy_assign
• MAX_xD : core::scoring::hbonds
• MAX_xH : core::scoring::hbonds
• MaxAccel() : protocols::md
• MAXIMAL_FLOAT : protocols::loophash
• maximize_sub1_contact() : protocols::matdes
• MaxSeqSepConstraintSetCOP : protocols::constraints_additional
• MaxSeqSepConstraintSetOP : protocols::constraints_additional
• MaxVel() : protocols::md
• MC_CombOP : protocols::stepwise::sampler
• MC_ONE_TORSION : protocols::stepwise::sampler
• MC_OneTorsionAP : protocols::stepwise::sampler
• MC_OneTorsionOP : protocols::stepwise::sampler
• MC_StepWiseSamplerOP : protocols::stepwise::sampler
• MCA : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_last : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_low : protocols::moves
• MCA_accepted_thermally : protocols::moves
• MCA_rejected : protocols::moves
• Mcbeta : core::scoring
• MCShowMoverCOP : protocols::moves
• MCShowMoverOP : protocols::moves
• Md : core::chemical::element
• MDBaseAP : devel::md
• MDBaseCAP : devel::md
• MDBaseCOP : devel::md
• MDBaseOP : devel::md
• MDForceFactor() : protocols::md
• MDLTYP : core::io::pdb
• mean_and_stdev() : protocols::mpi_refinement
• Medal_main() : protocols::medal
• MedalExchange_main() : protocols::medal
• MedalFreeMoverCOP : protocols::medal
• MedalFreeMoverOP : protocols::medal
• MedalMoverCOP : protocols::medal
• MedalMoverOP : protocols::medal
• MEM : core::conformation::membrane
• mem_all_atom_rmsd_no_super() : protocols::membrane
• mem_all_atom_rmsd_with_super() : protocols::membrane
• mem_bb_rmsd_no_super() : protocols::membrane
• mem_bb_rmsd_with_super() : protocols::membrane
• MEMB_HIGHRES_WTS : core::scoring
• MembEtableCAP : core::scoring::etable
• MembEtableCOP : core::scoring::etable
• MembEtableOP : core::scoring::etable
• MEMBRANE : core::chemical
• membrane_axis() : protocols::membrane
• Membrane_FAEmbed_from_pose() : core::scoring
• Membrane_FAEmbedCOP : core::scoring
• Membrane_FAEmbedOP : core::scoring
• Membrane_FAPotentialCOP : core::scoring
• Membrane_FAPotentialOP : core::scoring
• membrane_normal_to_length_15() : protocols::membrane
• MembraneAbinitioCOP : protocols::abinitio
• MembraneAbinitioOP : protocols::abinitio
• MembraneCbetaEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneCenPairEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneDataCOP : core::scoring::membrane
• MembraneDataOP : core::scoring::membrane
• MembraneEmbed_from_pose() : core::scoring
• MembraneEmbedCOP : core::scoring
• MembraneEmbedOP : core::scoring
• MembraneEnvEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneEnvPenaltiesCreator_registrator : core::init
• MembraneEnvSmoothEnergyCreator_registrator : core::init
• MembraneInfoCOP : core::conformation::membrane
• MembraneInfoOP : core::conformation::membrane
• MembraneJumpOP : protocols::jumping
• MembraneLipoCreator_registrator : core::init
• MembranePositionFromTopologyMoverCOP : protocols::membrane
• MembranePositionFromTopologyMoverOP : protocols::membrane
• MembranePotentialCOP : core::scoring
• MembranePotentialOP : core::scoring
• MembraneTopology_from_pose() : core::scoring
• MembraneTopologyClaimerAP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerCAP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerCOP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerOP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyCOP : core::scoring , protocols::simple_moves
• MembraneTopologyOP : core::scoring , protocols::simple_moves
• Menv : core::scoring
• Menv_non_helix : core::scoring
• Menv_smooth : core::scoring
• Menv_termini : core::scoring
• Menv_tm_proj : core::scoring
• merge() : protocols::forge::methods
• merge_constraints_from_cmdline() : core::scoring::constraints
• merge_constraints_from_cmdline_to_pose() : core::scoring::constraints
• merge_constraints_from_cmdline_to_scorefxn() : core::scoring::constraints
• merge_csts_to_scorefunction() : core::scoring::constraints
• merge_disjoint_vectors() : protocols::stepwise::modeler
• merge_fa_constraints_from_cmdline() : core::scoring::constraints
• merge_fa_constraints_from_cmdline_to_pose() : core::scoring::constraints
• merge_fa_constraints_from_cmdline_to_scorefxn() : core::scoring::constraints
• merge_frags() : core::fragment
• merge_in_other_pose() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose_by_bond() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose_by_jump() : protocols::stepwise::modeler
• merge_residue_behavior : core::chemical
• merge_two_poses() : protocols::stepwise::modeler
• merge_two_poses_using_full_model_info() : protocols::stepwise::modeler
• merge_vectors() : protocols::stepwise::modeler
• MergeBehaviorManagerCOP : core::chemical
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• MergeFragSetMoverCOP : protocols::frag_picker::frag_movers
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• MergePDBMoverCOP : protocols::simple_moves
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• METAL : core::chemical
• METALBINDING : core::chemical
• metalbinding_constraint : core::scoring
• metalhash_constraint : core::scoring
• MetalloClaimerAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCAP : protocols::topology_broker
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• MetalSiteResidueCOP : protocols::metal_interface
• MetalSiteResidueOP : protocols::metal_interface
• MetapatchCOP : core::chemical
• MetapatchEnumerationCOP : protocols::residue_optimization
• MetapatchEnumerationOP : protocols::residue_optimization
• MetapatchOP : core::chemical
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• MetaPoseEvaluatorOP : protocols::evaluation
• METHYL : protocols::noesy_assign
• METHYL_GLYCOSIDE : core::chemical
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• METHYLATED_NTERM_VARIANT : core::chemical
• METHYLATION : core::chemical
• MetricCalculatorFitnessFunctionCOP : protocols::multistate_design
• MetricCalculatorFitnessFunctionOP : protocols::multistate_design
• MetropolisHastingsMoverAP : protocols::canonical_sampling
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• Mg : core::chemical::element
• mg : core::scoring
• MG_HOH_DISTANCE() : protocols::magnesium
• mg_lig : core::scoring
• MG_LIGAND_DISTANCE_CUTOFF() : protocols::magnesium
• mg_pair_nblist : core::scoring
• mg_ref : core::scoring
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• MgEnergyCOP : core::scoring::magnesium
• MgEnergyCreator_registrator : core::init
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• MgMonteCarloCOP : protocols::magnesium
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• MgWaterHydrogenPackerCOP : protocols::magnesium
• MgWaterHydrogenPackerOP : protocols::magnesium
• MIN : protocols::simple_filters
• min_index() : protocols::ddg
• min_mod() : core::scoring::electron_density , protocols::cryst
• MIN_OCC_ENERGY : core::scoring::geometric_solvation
• min_pack() : core::pack
• min_pack_optimize() : core::pack
• min_pack_place_opt_rotamers_on_pose() : core::pack
• min_pack_setup() : core::pack
• min_pair_data : core::scoring
• MIN_R : core::scoring::hbonds
• MIN_R2 : core::scoring::hbonds
• min_rotamers() : protocols::make_rot_lib
• min_single_data : core::scoring
• MIN_xD : core::scoring::hbonds
• MIN_xH : core::scoring::hbonds
• minima : protocols::simple_moves::bb_sampler
• MinimalFragSetCOP : core::fragment
• MinimalFragSetOP : core::fragment
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• MinimalistFlexbbInteractionGraphOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalRotamerCOP : protocols::simple_moves
• MinimalRotamerOP : protocols::simple_moves
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• MinimizationRefinerOP : protocols::loop_modeling::refiners
• minimize : protocols::antibody::design
• minimize_all_sampled_floating_bases() : protocols::stepwise::modeler::rna::sugar
• minimize_alt_rotamer() : core::pack
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• minimize_cartesian : protocols::antibody::design
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• minimize_with_constraints() : protocols::stepwise::modeler::rna
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• MinimizeLigand_tracer() : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOP : protocols::ligand_docking
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• MinimizeLigandOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOPs : protocols::ligand_docking
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• MinimizerOptionsOP : core::optimization
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• MinimizeStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
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• minirosetta_svn_version() : core
• minlen : protocols::hybridization
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• MinMultiHarmonicFuncOP : core::scoring::func
• MinPackMoverCOP : protocols::simple_moves
• MinPackMoverOP : protocols::simple_moves
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• MinTypeEnum_total : protocols::antibody::design
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• mioBD : core::chemical::sdf
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• MirrorSymmetricConformationOP : core::conformation::symmetry
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• missing_res : core::scoring
• MissingDensityToJumpMoverCOP : protocols::simple_moves
• MissingDensityToJumpMoverOP : protocols::simple_moves
• MissingEnergyCreator_registrator : core::init
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• mm_bond_angle_residue_type_param_set() : core::scoring::mm
• mm_bondangle_atom_tri : core::scoring::mm
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• mm_bondlength_library : core::scoring::mm
• mm_bondlength_library_citer : core::scoring::mm
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• mm_bondlength_param_set : core::scoring::mm
• mm_lj_atom : core::scoring::mm
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• mm_lj_inter_atr : core::scoring
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• mm_lj_inter_rep : core::scoring
• mm_lj_intra_atr : core::scoring
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• MM_LJ_INTRA_NBLIST : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• mm_lj_intra_nblist : core::scoring
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• mm_lj_param_set : core::scoring::mm
• MM_LJ_TRIE_COLLECTION : core::scoring::EnergiesCacheableDataType
• MM_STD_WTS : core::scoring
• mm_stretch : core::scoring
• mm_torsion_atom_quad : core::scoring::mm
• mm_torsion_atom_quad_angle_pair : core::scoring::methods
• mm_torsion_library : core::scoring::mm
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• mm_twist : core::scoring
• mm_twist_ref : core::scoring
• MMAtomTypeSetAP : core::chemical
• MMAtomTypeSetCAP : core::chemical
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• MMBondAngleEnergyCAP : core::scoring::methods
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• Mn : core::chemical::element
• Mo : core::chemical::element
• MODEL : core::io::pdb
• ModelCDRH3COP : protocols::antibody
• ModelCDRH3OP : protocols::antibody
• ModelCOP : protocols::sewing
• modeler_starting_pose_data_list() : protocols::stepwise::modeler::rna::sugar
• modeler_sugar_at_five_prime() : protocols::stepwise::sampler::rna
• modeler_sugar_at_three_prime() : protocols::stepwise::sampler::rna
• ModelFeaturesCOP : protocols::features
• ModelFeaturesOP : protocols::features
• ModelOP : protocols::sewing
• modify_atom_properties_from_command_line() : core::chemical
• modify_ResId_based_object() : protocols::moves
• MODIFY_WAS_SUCCESSFUL : protocols::forge::build::BuildInstructionState
• ModifyAnnealerCOP : protocols::toolbox::task_operations
• ModifyAnnealerOP : protocols::toolbox::task_operations
• ModifyStoredRBConfsCOP : protocols::enzdes
• ModifyStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
• ModifyVariantTypeMoverCOP : protocols::simple_moves
• ModifyVariantTypeMoverOP : protocols::simple_moves
• MODRES : core::io::pdb
• Mol : protocols::sparta
• MolecularSurfaceCalculatorCOP : core::scoring::sc
• MolecularSurfaceCalculatorOP : core::scoring::sc
• MolFileIOAtomCOP : core::chemical::sdf
• MolFileIOAtomOP : core::chemical::sdf
• MolFileIOBondCOP : core::chemical::sdf
• MolFileIOBondOP : core::chemical::sdf
• MolFileIOGraph : core::chemical::sdf
• MolFileIOMoleculeCOP : core::chemical::sdf
• MolFileIOMoleculeOP : core::chemical::sdf
• Mols : protocols::sparta
• MONOCLINIC : protocols::cryst
• MonteCarloAssemblyMoverCOP : protocols::sewing
• MonteCarloAssemblyMoverOP : protocols::sewing
• MonteCarloCOP : protocols::moves
• MonteCarloExceptionConvergeCOP : protocols::moves
• MonteCarloExceptionConvergeOP : protocols::moves
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