- a -

• ADD_BATCH : protocols::jd2::archive
• anchor_num : protocols::protein_interface_design::movers
• ANCHOR_TARGET : protocols::anchored_design
• attachment_type_name : protocols::stepwise::monte_carlo

- b -

• b : protocols::match::upstream
• BAD_INPUT : protocols::jd2
• bailout_mutex : protocols::boinc::watchdog
• bailout_silent_structure : protocols::boinc::watchdog
• bailout_silent_structure_header : protocols::boinc::watchdog
• BATCH_SYNC : protocols::jd2::archive
• BOGUS_ASSIGNMENT : protocols::noesy_assign
• Boltzmann : protocols::md

- c -

• C : protocols::sic_dock::scores
• C21 : protocols::sic_dock::scores
• C22 : protocols::sic_dock::scores
• C23 : protocols::sic_dock::scores
• C24 : protocols::sic_dock::scores
• C25 : protocols::sic_dock::scores
• C28 : protocols::sic_dock::scores
• C29 : protocols::sic_dock::scores
• C30 : protocols::sic_dock::scores
• CA : protocols::sic_dock::scores
• CANCEL_BATCH : protocols::jd2::archive
• CB : protocols::sic_dock::scores
• CD : protocols::sic_dock::scores
• CG : protocols::sic_dock::scores
• CHAINBREAK_SCORE_RAMP_FACTOR : protocols::loops::loop_mover::refine
• CHAINBREAK_WEIGHT : protocols::anchored_design
• chiral : protocols::sic_dock::scores
• clash_coords : protocols::sic_dock::scores

- d -

• D2LChiralData : protocols::simple_moves::chiral
• DEFAULT_NCYCLES : protocols::hybridization
• DEFAULT_TEMP : protocols::abinitio::abscript
• DOCKJUMP_TAG : protocols::rigid

- e -

• ED : protocols::simple_moves
• EDGE_NGHBRS : protocols::viewer
• empty_size_list : protocols::frags
• energy_evaluator : protocols::simple_filters
• ERROR_PREFIX : protocols::medal , protocols::star
• EXT_OMG : protocols::loops , protocols::star
• EXT_PHI : protocols::loops , protocols::star
• EXT_PSI : protocols::loops , protocols::star
• extra_suite_atoms_lower : protocols::stepwise::modeler::align
• extra_suite_atoms_upper : protocols::stepwise::modeler::align

- f -

• FE : protocols::sic_dock::scores
• FIXED_DOMAIN : protocols::toolbox

- g -

• GasConst : protocols::md
• GENERATE_STATIONARY_ATTACHMENT_POINT : protocols::environment

- h -

• HASH_POSITION_GRID_BASE : protocols::loophash
• HILL : protocols::simple_moves

- i -

• in_archive_rank_ : protocols::jd2::archive
• in_file_buf_rank_ : protocols::jd2::archive
• in_master_rank_ : protocols::jd2::archive
• in_min_client_rank_ : protocols::jd2::archive

- j -

• JD2_BOGUS_JOB : protocols::jd2
• JOB_COMPLETION : protocols::jd2::archive
• JOB_FAILED_NO_RETRY : protocols::jd2
• JOB_SUCCESS : protocols::jd2

- k -

• KT : protocols::simple_moves

- l -

• L2DChiralData : protocols::simple_moves::chiral
• LENGTH_TLC : protocols::unfolded_state_energy_calculator
• local_count_data : protocols::stepwise::legacy::modeler::rna

- m -

• max_allowed_rot_mag : protocols::rigid
• MaxAccel : protocols::md
• MAXIMAL_FLOAT : protocols::loophash
• MaxVel : protocols::md
• MDForceFactor : protocols::md
• move_type_name : protocols::stepwise::monte_carlo
• MPI_ARCHIVE_TAG : protocols::jd2::archive
• mpi_size_FINISHED : protocols::canonical_sampling
• mpi_size_SWAP_INVITE : protocols::canonical_sampling
• mpi_size_XCHANGE_READY : protocols::canonical_sampling
• mysorter_biggest_first : protocols::frag_picker::quota
• mysorter_missing_fraction_biggest_first : protocols::frag_picker::quota
• mysorter_smallest_first : protocols::frag_picker::quota

- n -

• N : protocols::sic_dock::scores
• N5 : protocols::sic_dock::scores
• N6 : protocols::sic_dock::scores
• nbr : protocols::sic_dock::scores
• nbr1 : protocols::sic_dock::scores
• nbr2 : protocols::sic_dock::scores
• NEW_JOB_ID : protocols::jd2
• NO_JUMP : protocols::rigid
• NOT_SET : protocols::environment
• Num_BBdisplayState : protocols::viewer::graphics_states_param
• num_bump_filter_fails : protocols::kinematic_closure
• Num_ColorModes : protocols::viewer::graphics_states_param
• num_rama_filter_fails : protocols::kinematic_closure
• Num_SCdisplayState : protocols::viewer::graphics_states_param
• Num_ShowHState : protocols::viewer::graphics_states_param
• Num_TrajectoryState : protocols::viewer::graphics_states_param

- o -

• O : protocols::sic_dock::scores
• options_registered_ : protocols::evaluation

- p -

• PARENT_LABEL_OPTION : protocols::environment::claims
• POLY_CASES : protocols::viewer
• POSE_BUFSIZE : protocols::boinc
• PRECISION : protocols::dna
• PREVIOUS_HILL : protocols::simple_moves
• protocol_table_initialized_ : protocols::features
• pt_registrator : protocols::multistate_design

- q -

• QUEUE_EMPTY : protocols::jd2::archive

- r -

• R3z : protocols::sic_dock::scores
• REALLY_BAD_SCORE : protocols::loops::loop_closure::ccd
• RMSD_FRAG_STORE : protocols::loops::loop_closure::ccd

- s -

• SCORE_FRAG_STORE : protocols::loops::loop_closure::ccd
• silent_observers : protocols::viewer
• static_batch_id_map_ : protocols::features
• static_protocol_id_ : protocols::features

- t -

• TEXT_BUFSIZE : protocols::boinc
• TOLERANCE : protocols::environment
• TR : protocols::features
• tr : protocols::frag_picker
• TR : protocols::jd2 , protocols::loop_modeling , protocols::loops::loops_definers , protocols::mpi_refinement , protocols::pockets , protocols::rotamer_recovery , protocols::simple_filters , protocols::simple_moves

- u -

• UNFOLDED_ENERGY_DATA_TAG : protocols::unfolded_state_energy_calculator
• UNFOLDED_ENERGY_TERMS_TAG : protocols::unfolded_state_energy_calculator

- v -

• VDW_FRAG_STORE : protocols::loops::loop_closure::ccd
• VDW_WEIGHT : protocols::anchored_design
• VERTEX_OFF : protocols::viewer
• VISITED : protocols::simple_moves
• VISITED_HILL : protocols::simple_moves
• VRT_LABEL_OPTION : protocols::environment::claims

- w -

• WU_DESC_TEXT_BUFSIZE : protocols::boinc
• WUB_magic_header_integer : protocols::wum