Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- p -

• P : core::chemical::element , core::scoring::packstat
• p_aa : core::scoring
• P_AA_EnergyCreator_registrator : core::init
• P_AA_EnergyOP : core::scoring::methods
• p_aa_pp : core::scoring
• P_AA_pp_EnergyCreator_registrator : core::init
• P_AA_pp_EnergyOP : core::scoring::methods
• p_aa_pp_offset : core::scoring
• P_AACOP : core::scoring
• P_AAOP : core::scoring
• Pa : core::chemical::element
• pack_missing_sidechains() : core::pack
• pack_rotamers() : core::pack
• pack_rotamers_loop() : core::pack
• pack_rotamers_run() : core::pack
• pack_rotamers_setup() : core::pack
• pack_scorefxn_pose_handshake() : core::pack
• pack_stat : core::scoring
• PackerEnergy : core
• PackerTask_COP : core::pack::task
• PackerTask_OP : core::pack::task
• PackerTaskCOP : core::pack::task
• PackerTaskOP : core::pack::task
• PackerTaskSymmetryStatus : core::pack::task
• PackingScoreCOP : core::scoring::packstat
• PackingScoreOP : core::scoring::packstat
• PackingScoreResDataCOP : core::scoring::packstat
• PackingScoreResDataOP : core::scoring::packstat
• PackStatEnergyCreator_registrator : core::init
• PackstatReal : core::scoring::packstat
• pad_dash() : core::kinematics
• pad_dash_left() : core::kinematics
• pad_dash_right() : core::kinematics
• pair : core::scoring
• pair_e_method : core::scoring::methods
• pair_map_to_comma_strings() : core::conformation::symmetry
• PairEnergyCreator_registrator : core::init
• PairEPotentialCOP : core::scoring
• PairEPotentialOP : core::scoring
• PairingList : core::scoring::dssp
• PairingsList : core::scoring::dssp
• PairScoringSchemeOP : core::sequence
• ParametersAP : core::conformation::parametric
• ParametersCAP : core::conformation::parametric
• ParametersCAPs : core::conformation::parametric
• ParametersCOP : core::conformation::parametric
• ParametersCOPs : core::conformation::parametric
• ParametersOP : core::conformation::parametric
• ParametersOPs : core::conformation::parametric
• ParametersSetAP : core::conformation::parametric
• ParametersSetCAP : core::conformation::parametric
• ParametersSetCAPs : core::conformation::parametric
• ParametersSetCOP : core::conformation::parametric
• ParametersSetCOPs : core::conformation::parametric
• ParametersSetOP : core::conformation::parametric
• ParametersSetOPs : core::conformation::parametric
• Params : core::scoring::dna
• parse_adduct_string() : core::chemical
• parse_atom_type_data() : core::chemical::sdf
• parse_bond_type_data() : core::chemical::sdf
• parse_enum_set() : core::chemical::gasteiger
• parse_NMR_name() : core::scoring::constraints
• parse_NMR_name_old() : core::scoring::constraints
• parse_resfile() : core::pack::task
• parse_resfile_string() : core::pack::task
• parse_resnum() : core::pose
• parse_selection_block() : core::pose
• parse_sequence() : core::pose
• ParticleCOP : core::optimization
• ParticleOP : core::optimization
• ParticleOPs : core::optimization
• ParticleSwarmMinimizerCOP : core::optimization
• ParticleSwarmMinimizerOP : core::optimization
• partition_by_symm_jumps() : core::pose::symmetry
• partition_pose_by_jump() : core::pose
• pass_metropolis() : core::pack
• PATCH_LINKER : core::chemical
• patch_operation_from_patch_file_line() : core::chemical
• PatchCaseOP : core::chemical
• PatchOP : core::chemical
• PatchOperationOP : core::chemical
• patterson_cc : core::scoring
• patterson_corr_energy : core::scoring::methods
• PattersonCorrEnergyCreator_registrator : core::init
• Pb : core::chemical::element
• PB : core::scoring
• PB_elec : core::scoring
• PB_elec_lr : core::scoring::methods
• PBLifetimeCacheAP : core::scoring::methods
• PBLifetimeCacheCAP : core::scoring::methods
• PBLifetimeCacheCOP : core::scoring::methods
• PBLifetimeCacheOP : core::scoring::methods
• pci_cation_pi : core::scoring
• pci_hbond : core::scoring
• pci_pi_pi : core::scoring
• pci_salt_bridge : core::scoring
• pcs : core::scoring
• pcs2 : core::scoring
• pcsTs1 : core::scoring
• pcsTs2 : core::scoring
• pcsTs3 : core::scoring
• pcsTs4 : core::scoring
• Pd : core::chemical::element
• PDB_DReaderOptionsCOP : core::io::pdb
• PDB_DReaderOptionsOP : core::io::pdb
• PDBInfoCOP : core::pose
• PDBInfoOP : core::pose
• PDBPoseInputStreamOP : core::import_pose::pose_stream
• PDBPoseMapCOP : core::pose
• PDBPoseMapOP : core::pose
• PDBSilentStructCreator_registrator : core::init
• pdbslice() : core::pose
• pddf_score : core::scoring
• PDHPatchInteractionGraph : core::pack::interaction_graph
• PDHPatchInteractionGraphOP : core::pack::interaction_graph
• PDInteractionGraphOP : core::pack::interaction_graph
• PDSurfaceInteractionGraph : core::pack::interaction_graph
• PDSurfaceInteractionGraphOP : core::pack::interaction_graph
• peptide_bond : core::scoring
• PeptideBondedEnergyContainerCOP : core::scoring
• PeptideBondedEnergyContainerOP : core::scoring
• PeptideBondedNeighborIteratorCOP : core::scoring
• PeptideBondedNeighborIteratorOP : core::scoring
• PeptideBondEnergyCreator_registrator : core::init
• PerSphereAccumulatorOP : core::scoring::packstat
• PH_PO : core::scoring::motif
• pHEnergyCreator_registrator : core::init
• pHEnergyOP : core::scoring::methods
• PHI : core::chemical , core::id , core::scoring
• phi_torsion() : core::id
• phi_torsion_beta_aa() : core::id
• PHOSPHATE : core::chemical::rna
• pick_fragments() : core::fragment::picking_old::vall
• pick_fragments_by_ss() : core::fragment::picking_old::vall
• pick_fragments_by_ss_plus_aa() : core::fragment::picking_old::vall
• pick_loopy_cutpoint() : core::kinematics
• Pipe : core::io::serialization
• PipeMap : core::io::serialization
• PipeMapSP : core::io::serialization
• PipeMapWP : core::io::serialization
• PipeSP : core::io::serialization
• Pm : core::chemical::element
• Po : core::chemical::element
• pocket_constraint : core::scoring
• PointGraph : core::conformation
• PointGraphOP : core::conformation
• PointList : core::scoring::dssp
• PointPosition : core::conformation , core
• PoissonBoltzmannEnergyAP : core::scoring::methods
• PoissonBoltzmannEnergyCAP : core::scoring::methods
• PoissonBoltzmannEnergyCOP : core::scoring::methods
• PoissonBoltzmannEnergyCreator_registrator : core::init
• PoissonBoltzmannEnergyOP : core::scoring::methods
• PoissonBoltzmannPotentialAP : core::scoring
• PoissonBoltzmannPotentialCAP : core::scoring
• PoissonBoltzmannPotentialCOP : core::scoring
• PoissonBoltzmannPotentialOP : core::scoring
• PolarHydrogenEIter : core::chemical
• PolarHydrogenGraph : core::chemical
• PolarHydrogenVIter : core::chemical
• PolarHydrogenVIterPair : core::chemical
• Polynomial_1dCOP : core::scoring::hbonds
• Polynomial_1dOP : core::scoring::hbonds
• pos_mod() : core::scoring::electron_density , core::scoring::electron_density_atomwise
• pose_from_atom_tree_diff() : core::import_pose::atom_tree_diffs
• pose_from_pdb() : core::import_pose
• pose_from_pdb_stream() : core::import_pose
• pose_from_pdbstring() : core::import_pose
• pose_from_pose() : core::io::pdb
• pose_from_saccharide_sequence() : core::pose
• pose_has_nonzero_Bs() : core::scoring::electron_density
• pose_max_nbr_radius() : core::pose
• pose_to_pack_data() : core::scoring::packstat
• PoseAP : core::pose
• PoseCAP : core::pose
• PoseCoordPickMode : core::pose
• PoseCoordPickMode_ALL : core::pose
• PoseCoordPickMode_BB : core::pose
• PoseCoordPickMode_BNP : core::pose
• PoseCoordPickMode_CA : core::pose
• PoseCoordPickMode_CB : core::pose
• PoseCoordPickMode_CB_else_CA : core::pose
• PoseCoordPickMode_CBorCA : core::pose
• PoseCoordPickMode_HVY : core::pose
• PoseCoordPickMode_HVY_IF_NP : core::pose
• PoseCoordPickMode_N_C_O : core::pose
• PoseCoordPickMode_N_CA_C : core::pose
• PoseCoordPickMode_N_CA_C_CB : core::pose
• PoseCoordPickMode_NBR : core::pose
• PoseCoordPickMode_NUL : core::pose
• poseCoords : core::scoring::electron_density
• PoseCOP : core::pose
• PoseCOPs : core::pose
• PoseCR : core::pose::motif
• PoseFromPDBLoaderCOP : core::import_pose
• PoseFromPDBLoaderCreator_registrator : core::init
• PoseFromPDBLoaderOP : core::import_pose
• PoseInputStreamOP : core::import_pose::pose_stream
• PoseMetricCalculatorCOP : core::pose::metrics
• PoseMetricCalculatorOP : core::pose::metrics
• PoseMetricContainerCOP : core::pose::metrics
• PoseMetricContainerOP : core::pose::metrics
• PoseMetricCOP : core::pose::metrics
• PoseMetricOP : core::pose::metrics
• PoseOP : core::pose
• PoseOPs : core::pose
• poseOPs_from_pdbs() : core::import_pose
• PosePackDataOP : core::scoring::packstat
• poses_from_pdbs() : core::import_pose
• PoseSP : core::pose
• PositionConservedResiduesStoreCOP : core::pose::datacache
• PositionConservedResiduesStoreOP : core::pose::datacache
• PositionDdGInfoCOP : core::io::PositionDdGInfo
• PositionDdGInfoOP : core::io::PositionDdGInfo
• PositionList : core::fragment
• possibly_canonical() : core::chemical::rna
• possibly_canonical_strict() : core::chemical::rna
• ppo_torbin_A : core::conformation
• ppo_torbin_a : core::conformation
• ppo_torbin_B : core::conformation
• ppo_torbin_b : core::conformation
• ppo_torbin_e : core::conformation
• ppo_torbin_E : core::conformation
• ppo_torbin_g : core::conformation
• ppo_torbin_G : core::conformation
• ppo_torbin_U : core::conformation
• ppo_torbin_X : core::conformation
• ppo_torsion_bin : core::conformation
• PQRAP : core::scoring
• PQRCAP : core::scoring
• PQRCOP : core::scoring
• PQROP : core::scoring
• Pr : core::chemical::element
• PRE_TALARIS_2013_STANDARD_WTS : core::scoring
• precision : core::io::raw_data
• PrecomputedPairEnergiesInteractionGraphCOP : core::pack::interaction_graph
• PrecomputedPairEnergiesInteractionGraphOP : core::pack::interaction_graph
• PredicateCOP : core::scoring
• PredicateOP : core::scoring
• PREFERRED_ROOT : core::pose::full_model_info
• preload_motif_data() : core::scoring::motif
• preload_motif_data_pthread_wrapper() : core::scoring::motif
• prepare_scratch_residue() : core::pose::rna
• PreserveCBetaCreator_registrator : core::init
• PreserveCBetaOP : core::pack::task::operation
• pretty_print_atomicoor() : core::chemical
• PreventRepackingCreator_registrator : core::init
• PreventRepackingOP : core::pack::task::operation
• PreventRepackingRLTCreator_registrator : core::init
• PreventRepackingRLTOP : core::pack::task::operation
• print_atom() : core::conformation
• print_atom_pair_constraints() : core::scoring::constraints
• print_chemical_shift_data() : core::scoring::rna::chemical_shift
• print_chis() : core::chemical
• print_d() : core::io::pdb
• print_i() : core::io::pdb
• print_node() : core::conformation
• print_torsion_info() : core::pose::rna
• pro_close : core::scoring
• Probability : core::scoring
• PROBE : core::scoring::sc
• process_residue_request() : core::conformation::symmetry
• ProClosureEnergyCOP : core::scoring::methods
• ProClosureEnergyCreator_registrator : core::init
• ProClosureEnergyOP : core::scoring::methods
• promote_sameresidue_child_of_jump_atom() : core::conformation
• properties : update_ResidueType_enum_files
• ProQ : core::scoring
• ProQ_EnergyCreator_registrator : core::init
• ProQM : core::scoring
• ProQPotentialOP : core::scoring
• protein_torsion_end : core::scoring
• ProteinSilentStruct : core::io::silent
• ProteinSilentStruct_SinglePrec : core::io::silent
• ProteinSilentStruct_SinglePrecCreator_registrator : core::init
• ProteinSilentStructCreator_registrator : core::init
• ProteinSilentStructOP : core::io::silent
• ProteinTorsion : core::scoring
• prune_1pass() : core::scoring::packstat
• prune_cavity_balls() : core::scoring::packstat
• prune_hidden_cavity_balls() : core::scoring::packstat
• psc_compare() : core::pack::dunbrack
• PseudoBondCollectionCOP : core::conformation
• PseudoBondCollectionOP : core::conformation
• PseudoBondOrder : core::chemical
• PSI : core::scoring
• psi_torsion() : core::id
• psi_torsion_beta_aa() : core::id
• pss_tr() : core::io::silent
• Pt : core::chemical::element
• Pu : core::chemical::element
• PuckerState : core::chemical::rna
• put_line3() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• put_line4() : core::scoring::electron_density::SplineInterp
• python : core::scoring