- b -

• backbone_stub_match() : protocols::motifs
• backrub_rotation_angles() : protocols::backrub
• backrub_rotation_constants() : protocols::backrub
• bad_anchorfile() : protocols::anchored_design
• base_atoms_square_deviation() : protocols::stepwise::modeler::rna
• base_name() : protocols::vip
• basic_idealize() : protocols::idealize
• best_bbcst_residues() : protocols::protein_interface_design
• best_cutpoint() : protocols::protein_interface_design
• boincOutputFilter() : protocols::boinc
• bond_angles() : protocols::environment
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• bools_from_sizes() : protocols::motifs
• bounded_loops_from_alignment() : protocols::comparative_modeling
• bpdefs2map() : protocols::motifs
• bpybb() : protocols::sic_dock::scores
• branching_atomid1() : protocols::branch_angle
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• Broker_main() : protocols::abinitio
• brute_mindis() : protocols::sic_dock
• build_and_score_disulfide() : protocols::forge::remodel
• build_full_model() : protocols::stepwise::monte_carlo
• build_rotamers_lite() : protocols::motifs
• bump_grid_to_enclose_pose() : protocols::match
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• bump_grid_to_enclose_residue_backbone() : protocols::match
• buried_unsat_hbond_filter_tracer() : protocols::simple_filters