- a -

• A() : ObjexxFCL::format
• about() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• abs() : ObjexxFCL
• abs_difference() : numeric
• accumulate() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• ACHAR() : ObjexxFCL::Fortran
• acyclic() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• add() : numeric
• add_cid_to_database() : toolbox::load_ligand
• add_constraints_to_pose_and_scorefunction() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::input
• add_constructor() : yaml
• add_esc_char() : utility::json_spirit
• add_esc_chars() : utility::json_spirit
• add_exit_callback() : utility
• add_extra_bodies() : apps::public1::scenarios::chemically_conjugated_docking
• add_extra_options() : src
• add_implicit_resolver() : yaml
• add_multi_constructor() : yaml
• add_multi_representer() : yaml
• add_option_to_map() : basic::resource_manager
• add_path_resolver() : yaml
• add_point() : PyMOLPyRosettaServer
• add_posn_iter_and_read_range_or_throw() : utility::json_spirit
• add_print_operators() : exclude
• add_representer() : yaml
• add_spaces_left_align() : utility
• add_spaces_right_align() : utility
• add_vectors() : PyMOLPyRosettaServer
• addasa() : loadPDB
• addContacts() : calccontacts
• addIndices() : loadPDB
• addMax_radius() : calccontacts
• alignVectorSets() : numeric
• ALPHA() : numeric::crick_equations
• AminoAcidTable() : PDBInfo
• analyze_interface() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_loops() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_packing() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_vip() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• angle() : Equations , PhiPsi
• angle_degrees() : numeric
• angle_degrees_double() : numeric
• angle_in_range() : basic
• angle_of() : numeric
• angle_p1_deriv() : numeric::deriv
• angle_p1_p2_p3_deriv() : numeric::deriv
• angle_p2_deriv() : numeric::deriv
• angle_radians() : numeric
• angle_radians_double() : numeric
• annotate() : exclude
• annotate_ring_edges() : utility::graph
• anti_parallel_vector() : app::surface_docking::surf_param
• append_constraints() : app::surface_docking::append_data
• append_data() : app::surface_docking::surface_docking
• append_double() : utility::json_spirit
• append_esc_char_and_incr_iter() : utility::json_spirit
• append_hbonds() : app::surface_docking::append_data
• append_rmsd() : app::surface_docking::append_data
• append_scores() : app::surface_docking::append_data
• apply_constraints() : app::surface_docking::constraints
• apply_disulf() : app::surface_docking::constraints
• arccos() : numeric
• are_coplanar() : numeric::geometry
• arg_greatest_several() : utility
• arg_least_several() : utility
• arg_max() : utility
• arg_min() : utility
• argmax() : utility
• argmin() : utility
• axisangle_to_rot() : loadPDB