- p -

• p1_theta_deriv() : numeric::deriv
• P_omega0() : numeric::crick_equations
• pack_extra_bodies() : apps::public1::scenarios::chemically_conjugated_docking
• packer_task() : demo::D050_Packer_task
• pad() : ObjexxFCL
• padded() : ObjexxFCL
• pair_close_interface() : calccontacts
• pair_close_internal() : calccontacts
• pair_up() : prune_atdiff_top5pct
• params_from_pubchem() : toolbox::load_ligand
• parse() : extract_scores_and_constraints , yaml
• parse_and_pair() : calccontacts
• parse_database_connection() : basic::database
• parse_full_name() : exclude
• parse_rosettascript() : src::protocols::rosetta_scripts
• parse_string_to_boolean_expression() : numeric::expression_parser
• parse_string_to_expression() : numeric::expression_parser
• parseAndWrapModule() : tools::CppParser
• parseAtomList() : loadPDB
• parseByChain() : loadPDB
• parseTranslationUnit() : tools::CppParser
• partner() : PDBInfo , PhiPsi
• PATH_SEPARATOR() : platform::file
• pathname() : utility
• perform_build() : BuildPackagedBindings
• periodic_range() : basic
• PhiPsi() : PhiPsi
• pick_random_index_from_cdf() : numeric::random
• pind() : basic::sampling::orientations
• plane3points() : app::surface_docking::surf_param
• plot3d() : PyMOLPyRosettaServer
• point2lines2() : app::surface_docking::surf_param
• point2lines3() : app::surface_docking::surf_param
• point_intersect_plane() : app::surface_docking::surf_param
• point_value16() : numeric::kinematic_closure
• point_value2() : numeric::kinematic_closure
• point_value4() : numeric::kinematic_closure
• point_value6() : numeric::kinematic_closure
• point_value8() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct12x4() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct2x2() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct4sq() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct4x2() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct4x4() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct6x6() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct8sq() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct8x8() : numeric::kinematic_closure
• popLigands() : loadPDB
• pose_from_params() : toolbox::load_ligand
• pose_from_pubchem() : toolbox::load_ligand
• pose_from_rcsb() : toolbox , toolbox::rcsb
• pose_from_sequence() : src , toolbox::mutants
• pose_scoring() : demo::D020_Pose_scoring
• pose_structure() : demo::D010_Pose_structure
• postproc() : exclude
• pow() : ObjexxFCL
• PP() : numeric::crick_equations
• prepareBoostLibs() : BuildPackagedBindings
• prepareMiniLibs() : BuildBindings
• preparePythonLibs() : BuildPackagedBindings
• prepareRosettaLibs() : BuildPackagedBindings
• principal_angle() : numeric
• principal_angle_degrees() : numeric
• principal_angle_radians() : numeric
• principal_component_eigenvalues() : numeric
• principal_components() : numeric
• principal_components_and_eigenvalues() : numeric
• principal_components_and_eigenvalues_ndimensions() : numeric
• print_() : BuildBindings
• print_all_phi_psi() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• print_all_residue_energies() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• print_ddG_breakdown() : mp_ddG , predict_ddG
• print_glossary() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• print_point() : numeric::kdtree
• print_points() : numeric::kdtree
• print_probabilities() : numeric
• print_score_labels_to_file() : mp_ddG , predict_ddG
• print_surf_move() : app::surface_docking::surf_param
• print_tree() : numeric::kdtree
• printMatrix() : numeric::kinematic_closure
• printResList() : loadPDB
• printTranspose() : numeric::kinematic_closure
• printVector() : numeric::kinematic_closure
• printWikiTable() : options_class
• process() : basic::options
• process_file() : ObjexxFCL
• product() : numeric
• prof_reset() : basic
• prof_show() : basic
• prof_start_function_body() : basic
• prof_stop_function_body() : basic
• proj_angl() : numeric
• projection_matrix() : numeric
• pymol_chains() : basic
• pythag() : numeric::linear_algebra