- s -

• safe_dump() : yaml
• safe_dump_all() : yaml
• safe_load() : yaml
• safe_load_all() : yaml
• safely_create_singleton() : utility::thread
• safely_prepare_statement() : basic::database
• safely_read_from_database() : basic::database
• safely_write_to_database() : basic::database
• same_ignoring_spaces() : utility
• sample_dna_interface() : demo::D110_DNA_interface
• sample_docking() : demo::D100_Docking
• sample_folding() : demo::D060_Folding
• sample_ligand_interface() : demo::D120_Ligand_interface
• sample_refinement() : demo::D070_Refinement
• sample_single_loop_modeling() : demo::D080_Loop_modeling
• save_basic_blueprint() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_basic_resfile() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_FASTA() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_FASTA_PDBLIST() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_loop_file() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_param_path_list() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_resfile_w_designdic() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• saveSeqFile() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• sbisect() : numeric::kinematic_closure
• scalar_multiply() : PyMOLPyRosettaServer
• scalar_product() : numeric
• scalar_triple_product() : Equations , PhiPsi
• scale_axes() : PyMOLPyRosettaServer
• scan() : yaml
• scanning() : demo::D090_Ala_scan
• scanning_analysis() : demo::D090_Ala_scan
• scientific_Fstring_of() : ObjexxFCL
• scientific_string_of() : ObjexxFCL
• scipy() : numeric::kinematic_closure
• score_PDBLIST() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• scpn() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• scwrl() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• sdf2mdl() : toolbox::load_ligand
• sec() : numeric
• SecondaryStructure() : PhiPsi
• send_char_to_node() : utility
• send_data_to_head_node() : basic::mpi
• send_double_to_node() : utility
• send_doubles_to_node() : utility
• send_integer_to_node() : utility
• send_integers_to_node() : utility
• send_string_to_node() : utility
• sequential() : utility::keys
• serialize() : numeric , yaml
• serialize_all() : yaml
• Set() : src , src::utility
• set_boolean_option() : basic::options
• set_boolean_vector_option() : basic::options
• set_cache_size() : basic::database
• set_default_call_policies() : exclude
• set_file_option() : basic::options
• set_file_vector_option() : basic::options
• set_integer_option() : basic::options
• set_integer_vector_option() : basic::options
• set_logging_handler() : src::logging_support
• set_main_exit_callback() : utility
• set_option() : basic::options
• set_real_option() : basic::options
• set_real_vector_option() : basic::options
• set_spectrum() : PyMOLPyRosettaServer
• set_string_option() : basic::options
• set_string_vector_option() : basic::options
• setLoopBreak() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• setup_held_type() : exclude
• setup_tag2string() : basic
• sformat_idxof() : numeric::random
• short_of() : ObjexxFCL
• show_accessed_options_T() : utility::options
• show_license() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• show_option_map() : basic::resource_manager
• show_option_vector_map() : basic::resource_manager
• show_time() : basic
• show_time_on_cerr() : basic
• show_unused_options_T() : utility::options
• showPose() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• SHRINK_FACTOR() : basic
• sign() : numeric::linear_algebra , numeric , ObjexxFCL
• sign_transfered() : numeric
• silent() : basic::options
• sin_cos_range() : numeric
• sin_of() : numeric
• sinc() : numeric::statistics
• sincos() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• SINFXN() : numeric::crick_equations
• sinh_taylor() : numeric::statistics
• size() : ObjexxFCL
• sized() : ObjexxFCL
• skip() : ObjexxFCL::format , utility::io
• Sleep() : BuildBindings
• SleepPrecise() : BuildBindings
• slurp() : utility
• smallest_ring_size() : utility::graph
• solve_sturm() : numeric::kinematic_closure
• sortObjects() : tools::CppParser
• space() : ObjexxFCL::format
• SPACE() : ObjexxFCL::format
• space() : ObjexxFCL
• SPACE() : ObjexxFCL
• spherical_to_xyz() : numeric
• spline_from_file() : numeric::interpolation
• spline_interpolate() : numeric::interpolation::spline
• spline_second_derivative() : numeric::interpolation::spline
• split() : utility
• split_obj_file_in_to_chunks() : BuildBindings
• split_to_list() : utility
• split_to_set() : utility
• split_whitespace() : utility
• sq_vec_distance() : numeric::kdtree
• sqr() : numeric::interpolation::spline , numeric::statistics
• square() : numeric , ObjexxFCL
• SS() : ObjexxFCL::format
• stageHeaders() : BuildPackagedBindings
• stageStaticFiles() : BuildPackagedBindings
• standard() : basic::options
• standard_packer_task() : src , task
• standard_task_factory() : src , task
• start_file() : basic::options
• start_files() : basic::options
• start_rosetta_server() : PyMOLPyRosettaServer
• startswith() : utility
• std_dev() : numeric::statistics
• std_dev_with_provided_mean() : numeric::statistics
• std_exit_wrapper() : utility::options
• stp() : coordlib
• str_dn() : ObjexxFCL
• str_dncase() : ObjexxFCL
• str_up() : ObjexxFCL
• str_upcase() : ObjexxFCL
• string2float() : utility
• string2int() : utility
• string2Real() : utility
• string2Size() : utility
• string2uint() : utility
• string_of() : ObjexxFCL
• string_split() : utility
• string_split_multi_delim() : utility
• string_split_simple() : utility
• string_to_sha1() : utility
• stringafteroption() : basic::options
• strip() : ObjexxFCL , utility
• strip_whitespace() : ObjexxFCL
• stripped() : ObjexxFCL
• stripped_whitespace() : ObjexxFCL
• substitute_esc_chars() : utility::json_spirit
• subtract() : numeric
• subtract_degree_angles() : basic
• subtract_radian_angles() : basic
• sum() : numeric
• surface_symm_move() : app::surface_docking::surf_param
• svdcmp() : numeric::linear_algebra
• SW() : ObjexxFCL::format
• swap() : ObjexxFCL , utility::keys , utility
• swap4_aligned() : utility
• swap_no_notify() : ObjexxFCL
• sys_sleep() : utility