Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- a -

• A() : ObjexxFCL::format
• a : test::T850_SubClassing
• a1 : test::Workshop3test
• a2 : test::Workshop3test
• AAs : app::delta_score_per_mutation
• ab_struct : test::G201_Module_Structure
• abinitio : app::surface_docking::surface_docking
• ABINITIO : basic
• about() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• abs() : ObjexxFCL
• abs_difference() : numeric
• accumulate() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• ACHAR() : ObjexxFCL::Fortran
• acyclic() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• add() : numeric
• add_cid_to_database() : toolbox::load_ligand
• add_constraints_to_pose_and_scorefunction() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::input
• add_constructor() : yaml
• add_esc_char() : utility::json_spirit
• add_esc_chars() : utility::json_spirit
• add_exit_callback() : utility
• add_extra_bodies() : apps::public1::scenarios::chemically_conjugated_docking
• add_extra_options() : src
• add_implicit_resolver() : yaml
• add_multi_constructor() : yaml
• add_multi_representer() : yaml
• add_option_to_map() : basic::resource_manager
• add_path_resolver() : yaml
• add_point() : PyMOLPyRosettaServer
• add_posn_iter_and_read_range_or_throw() : utility::json_spirit
• add_print_operators() : exclude
• add_representer() : yaml
• add_spaces_left_align() : utility
• add_spaces_right_align() : utility
• add_vectors() : PyMOLPyRosettaServer
• addasa() : loadPDB
• addContacts() : calccontacts
• AddExpressionCOP : numeric::expression_parser
• AddExpressionOP : numeric::expression_parser
• addIndices() : loadPDB
• addMax_radius() : calccontacts
• ads : extract_scores_and_constraints
• ads_cycles : app::surface_docking::surface_docking
• ads_inner_cycles : app::surface_docking::surface_docking
• ads_outer_cycles : app::surface_docking::surface_docking
• ads_pdb : extract_scores_and_constraints
• ala : test::T100_Basic
• alignVectorSets() : numeric
• ALL : app::pyrosetta_toolkit::modules::prettytable::prettytable
• all : utility::options::OptionKeys::options
• ALPHA() : numeric::crick_equations
• alter_spec_disruption_mode : protocols::pmut_scan
• altpos : clean_pdb_keep_ligand
• amino_acids : amino_acids
• AminoAcidTable() : PDBInfo
• analyze_interface() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_loops() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_packing() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_vip() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyzer : app::pyrosetta_toolkit::modules::ScoreAnalysis
• anchor_pdb : basic::options::OptionKeys::AnchoredPDBCreator
• angle() : Equations , PhiPsi
• angle_degrees() : numeric
• angle_degrees_double() : numeric
• angle_in_range() : basic
• angle_of() : numeric
• angle_p1_deriv() : numeric::deriv
• angle_p1_p2_p3_deriv() : numeric::deriv
• angle_p2_deriv() : numeric::deriv
• angle_radians() : numeric
• angle_radians_double() : numeric
• AngleUnit : numeric::conversions
• annotate() : exclude
• annotate_ring_edges() : utility::graph
• ansi_colors : app::pyrosetta_toolkit::window_modules::interactive_terminal::interactive_terminal
• anti_parallel_vector() : app::surface_docking::surf_param
• apc : test::T250_Constraints
• APDBC_cycles : basic::options::OptionKeys::AnchoredPDBCreator
• append_constraints() : app::surface_docking::append_data
• append_data() : app::surface_docking::surface_docking
• append_double() : utility::json_spirit
• append_esc_char_and_incr_iter() : utility::json_spirit
• append_hbonds() : app::surface_docking::append_data
• append_rmsd() : app::surface_docking::append_data
• append_scores() : app::surface_docking::append_data
• append_surf_ads : app::surface_docking::surface_docking
• append_surf_sol : app::surface_docking::surface_docking
• APPLY_BB_MOVE : basic
• apply_constraints() : app::surface_docking::constraints
• apply_disulf() : app::surface_docking::constraints
• APPLY_MOVE : basic
• APPLY_SC_MOVE : basic
• arccos() : numeric
• ARCHIVE_BLOCK_FILE : basic
• ARCHIVE_CRITICAL_JOBSCOMPLETE : basic
• ARCHIVE_EVAL_DECOYS : basic
• ARCHIVE_EVALUATORS : basic
• ARCHIVE_FILL_POSE : basic
• ARCHIVE_GEN_BATCH : basic
• ARCHIVE_JOBSCOMPLETE : basic
• ARCHIVE_READ_DECOYS : basic
• ARCHIVE_SCORE_POSE : basic
• ARCHIVE_SYNC_BATCHES : basic
• are_coplanar() : numeric::geometry
• arg_greatest_several() : utility
• arg_least_several() : utility
• arg_max() : utility
• arg_min() : utility
• arglist : contacts
• argmax() : utility
• argmin() : utility
• args : app::delta_score_per_mutation , app::pyrosetta_toolkit::modules::DesignBreakdown , app::surface_docking::surface_docking , loops_kic
• ArithmeticASTExpressionCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTExpressionOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTFactorCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTFactorOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTFunctionCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTFunctionOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTNodeCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTNodeOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTRestExpressionCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTRestExpressionOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTRestTermCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTRestTermOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTTermCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTTermOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTValueCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticASTValueOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticScannerCOP : numeric::expression_parser
• ArithmeticScannerOP : numeric::expression_parser
• Array : utility::json_spirit
• array_type : utility::json_spirit
• asp_hack : mrlo
• ASTPrinterCOP : numeric::expression_parser
• ASTPrinterOP : numeric::expression_parser
• ASTVisitorCOP : numeric::expression_parser
• ASTVisitorOP : numeric::expression_parser
• at5C : test::T100_Basic
• at5CA : test::T100_Basic
• at5N : test::T100_Basic
• atom1 : test::T220_AtomAtomPairEnergies
• atom2 : test::T220_AtomAtomPairEnergies
• ATOM_TREE_UPDATE_INTERNAL_COORDS : basic
• ATOM_TREE_UPDATE_XYZ_COORDS : basic
• atomC : test::T100_Basic
• atomCA : test::T100_Basic
• atomN : test::T100_Basic
• ATOMS : PDBInfo
• author : app::pyrosetta_toolkit::modules::prettytable::setup
• author_email : app::pyrosetta_toolkit::modules::prettytable::setup
• AvNAPSA_negative : local
• AvNAPSA_positive : local
• axisangle_to_rot() : loadPDB