- d -

• d2h_sa_reweight() : in::file
• D_alpha_comp_file() : cyclic_peptide
• D_beta_comp_file() : cyclic_peptide
• d_max() : score::saxs
• d_min() : score::saxs
• d_step() : score::saxs
• da_eval_pose_map() : DomainAssembly
• da_linker_file() : DomainAssembly
• da_linker_file_rna() : DomainAssembly
• da_nruns() : DomainAssembly
• da_require_buried() : DomainAssembly
• da_setup() : DomainAssembly
• da_setup_option_file() : DomainAssembly
• da_setup_output_pdb() : DomainAssembly
• da_start_pdb() : DomainAssembly
• da_start_pdb_num() : DomainAssembly
• dalphaball() : holes
• darc_components() : fingerprint
• darc_elsts_only() : fingerprint
• darc_shape_only() : fingerprint
• data_file() : motifs , rna
• data_in() : optE
• data_out() : optE
• database() : in::path
• database_cache_dir() : in::path
• database_filter() : out
• database_mode_from_name() : utility::sql_database
• database_name() : inout::dbms
• database_partition() : inout::dbms
• database_protocol_id() : out
• date() : ObjexxFCL
• Dawson() : numeric::statistics
• db() : out::path , rna::farna::db
• db_partition_from_options() : basic::database
• db_path() : lh
• dbms() : in::dbms , inout::dbms
• dc() : dc , in::file
• dd_parser() : jd2
• ddg() : ddg
• ddg_predictions_file() : in::file
• debug() : abinitio , AnchoredDesign , edensity , FloppyTail , holes , james , loodo , loops , membrane , run , smhybrid
• debug_derivatives() : edensity
• debug_inaccurate_G() : optimization
• debug_loop_closure() : loops
• debug_output() : ddg
• debug_structures() : abinitio
• decode6bit() : utility
• decode_32_to_24() : utility
• decoystats() : run
• default_max_cycles() : optimization
• default_movement_params() : RBSegmentRelax
• default_rama_sampling_table() : cyclic_peptide
• default_repeats() : relax
• define_match_by_single_downstream_positioning() : match
• define_xml_schema_group() : utility::tag
• defineEnergyMethodCreator() : pyrosetta , src
• degrees() : numeric::conversions
• delay() : run
• delete_checkpoints() : run
• delete_interface_native_sidechains() : AnchoredDesign::testing
• delete_old_poses() : jd2
• delLoop() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• delphi_grid() : fingerprint
• denied_pdb() : frags
• DenovoProteinDesign() : DenovoProteinDesign
• density() : hotspot
• depth() : frags
• depth_first_search_sort() : utility::graph
• depth_first_visit() : utility::graph
• depth_first_visit_sort_impl() : utility::graph
• deriv_check() : rna::farna::minimize
• derive_torsion_string_from_native_pose() : loops
• describe_fragments() : frags
• description_file() : boinc
• deserialize() : numeric
• design() : antibody::design , dna::design , matdes::design , remodel::design , rot_anl , smhybrid
• design_all() : remodel::design
• design_antigen() : antibody::design
• design_around_ligand() : remodel
• design_cdrs() : antibody::design
• design_chains() : docking
• design_contrast() : out::file
• design_DNA() : dna::specificity
• design_first() : optE
• design_framework() : antibody::design
• design_H3_stem() : antibody::design
• design_hydrophobic() : smhybrid
• design_interface() : willmatch
• design_linker() : smhybrid
• design_min_cycles() : enzdes
• design_neighbors() : remodel::design
• design_peptide() : cyclic_peptide , flexPepDocking
• design_proline() : antibody::design
• design_protocol() : antibody::design
• design_res_files() : smhybrid
• design_with_minpack() : optE
• designable_second_shell() : dna::design
• det3() : numeric::model_quality
• detect_bonds() : symmetry
• detect_design_interface() : enzdes
• detect_disulf() : in
• detect_disulf_tolerance() : in
• detect_disulfide_before_relax() : abinitio
• detect_oops() : in
• device() : gpu
• dihedral() : numeric
• dihedral_cst_weight() : antibody::design
• dihedral_degrees() : numeric
• dihedral_degrees_double() : numeric
• dihedral_deriv_second() : numeric::deriv
• dihedral_double() : numeric
• dihedral_p1_cosine_deriv() : numeric::deriv
• dihedral_p1_cosine_deriv_first() : numeric::deriv
• dihedral_p2_cosine_deriv() : numeric::deriv
• dihedral_p2_cosine_deriv_first() : numeric::deriv
• dihedral_radians() : numeric
• dihedral_radians_double() : numeric
• dirup() : pdb_to_molfile
• disable_all_filters() : filters
• disable_co_filter() : filters
• disable_orientation_dependent_rna_ch_o_bonds() : score
• disable_rg_filter() : filters
• disable_sampling_of_loop_takeoff() : stepwise::protein
• disable_sheet_filter() : filters
• disallow_bps_at_extra_min_res() : rna::farna
• disregard_num_segment_matches() : sewing
• dist() : coordlib
• dist_cut_off() : fingerprint
• dist_cutoff() : bunsat_calc2
• dist_cutoffs() : frags::contacts
• dist_sq() : coordlib
• dist_thresholds() : james
• distance() : numeric , ObjexxFCL
• distance_cutoff() : contactMap
• distance_f1_f2_deriv() : numeric::deriv
• distance_matrix() : contactMap
• distance_squared() : numeric , ObjexxFCL
• distance_tolerance() : loodo
• distinguish_pucker() : stepwise::rna
• disulf_cutoff_postrelax() : cyclic_peptide
• disulf_cutoff_prerelax() : cyclic_peptide
• disulf_landing_range() : remodel
• disulf_matching_probe() : score
• disulfide_file() : stepwise::protein
• disulfide_scorer() : blivens::disulfide_scorer
• diversify_lvl() : pepspec
• diversify_pep_seqs() : pepspec
• divide() : numeric
• dixon_eig() : numeric::kinematic_closure
• dixon_sturm() : numeric::kinematic_closure
• dixonResultant() : numeric::kinematic_closure
• DMS_careful_base_pair_classifier() : score
• DMS_separate_features() : score
• dna() : dna
• dna_backbone_torsion_sdevs() : dna::specificity
• dna_chi_torsion_sdev() : dna::specificity
• dna_defs() : dna::design
• dna_defs_file() : dna::design
• dna_move() : relax
• dna_sugar_torsion_sdev() : dna::specificity
• dncase() : ObjexxFCL
• do_abs() : numeric
• do_add_symbol() : numeric
• do_cos() : numeric
• do_dock() : antibody::design
• do_exp() : numeric
• do_final_repack() : relax::centroid
• do_ln() : numeric
• do_log() : numeric
• do_log10() : numeric
• do_log2() : numeric
• do_max() : numeric
• do_mean() : numeric
• do_median() : numeric
• do_min() : numeric
• do_minimize() : peptide_deriver
• do_not_count_adjacent_res_hbonds() : cyclic_peptide
• do_not_remove_connection_inconsistencies() : sewing
• do_not_sample_multiple_virtual_sugar() : stepwise::rna
• do_pow() : numeric
• do_rb_min() : antibody::design
• do_recursion() : numeric::random
• do_sin() : numeric
• do_sqrt() : numeric
• do_tan() : numeric
• dock() : matdes::dock , mp::dock
• dock_cycle_rounds() : antibody::design
• dock_lowres_filter() : docking
• dock_mcm_first_cycles() : docking
• dock_mcm_rot_magnitude() : docking
• dock_mcm_second_cycles() : docking
• dock_mcm_trans_magnitude() : docking
• dock_min() : docking
• dock_min_dock() : antibody::design
• dock_pert() : docking
• dock_ppk() : docking
• dock_rtmin() : docking
• dock_trials() : enzdes
• docking() : docking
• docking_centroid_inner_cycles() : docking
• docking_centroid_outer_cycles() : docking
• docking_frequency() : stepwise::monte_carlo
• docking_interface_score() : score
• docking_local_refine() : docking
• docklowres_rot_magnitude() : docking
• docklowres_trans_magnitude() : docking
• DockMetrics() : evaluation
• DomainAssembly() : DomainAssembly
• domainFusion() : remodel::domainFusion
• dont_minimize_omega() : chemically_conjugated_docking
• dont_rewrite_dunbrack_database() : out::file
• dont_use_reference_energies() : optE
• dont_use_symm_in_pcalc() : patterson
• dot() : coordlib , numeric , numeric::kinematic_closure , ObjexxFCL
• dot_product() : app::surface_docking::surf_param , Equations , numeric , ObjexxFCL , PhiPsi
• double_lazy_ig() : packing
• double_of() : ObjexxFCL
• down_cast() : utility
• dr_cycles() : remodel , ufv
• draw_membrane_planes() : PyMOLPyRosettaServer
• dry_run() : out , run
• dscore_cutoff() : dna::design::reversion
• dspec_cutoff() : dna::design::reversion
• dssp() : in::file
• dssp1() : mh::filter
• dssp2() : mh::filter
• dtest() : motifs
• dualspace() : relax
• dump() : magnesium::montecarlo , mh::dump , mh::harvest , rna::farna , stepwise , yaml
• dump_all() : yaml
• dump_all_As() : loodo
• dump_all_Bs() : loodo
• dump_cg_bb() : pepspec
• dump_chainA_only() : matdes::dock
• dump_connollySurface() : pocket_grid
• dump_coord_cst_weight_array() : loopfcst
• dump_cst_set() : constraints
• dump_cyclic_poses() : peptide_deriver
• dump_espGrid() : pocket_grid
• dump_every_model() : sewing
• dump_final_repack_without_ligand_pdb() : enzdes
• dump_frags() : abinitio , jumps
• dump_Grid() : pocket_grid
• dump_input_pdb() : mh
• dump_inverse_rotamers() : enzdes
• dump_loop_samples() : enzdes
• dump_loops_only() : canonical_sampling::sampling
• dump_matching_motifs() : mh
• dump_motif_pdbs() : mh
• dump_motifs() : motifs
• dump_pdb() : matdes::dock , rot_anl
• dump_pdbs() : ddg , dna::specificity , sewing
• dump_peptide_pose() : peptide_deriver
• dump_pocketGrid() : pocket_grid
• dump_prepared_pose() : peptide_deriver
• dump_report_file() : peptide_deriver
• dump_rotamer_sets() : packing
• dump_weight_trajectory() : rdc
• dumpPDB() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• dumpPDB_abinitio() : flexPepDocking
• dumpPDB_hires() : flexPepDocking
• dumpPDB_lowres() : flexPepDocking
• dun02_file() : corrections::score
• dun10() : corrections::score
• dun10_dir() : corrections::score
• dun_entropy_correction() : corrections::score
• dun_normsd() : corrections::score
• dunbrack_prob_buried() : packing
• dunbrack_prob_nonburied() : packing
• duplicate_angle_cutoff() : motifs
• duplicate_dist_cutoff() : motifs
• duplicate_motif_cutoff() : motifs
• dwkulp() : dwkulp
• dx_ddelta_omega1() : numeric::crick_equations
• dx_ddelta_z1() : numeric::crick_equations
• dx_ddz1() : numeric::crick_equations
• dx_domega1() : numeric::crick_equations
• dx_dr1() : numeric::crick_equations
• dy_ddelta_omega1() : numeric::crick_equations
• dy_ddelta_z1() : numeric::crick_equations
• dy_ddz1() : numeric::crick_equations
• dy_domega1() : numeric::crick_equations
• dy_dr1() : numeric::crick_equations
• dyepos() : AnchoredDesign::akash
• dynamic_grid_refinement() : match
• dz_ddelta_omega1() : numeric::crick_equations
• dz_ddelta_z1() : numeric::crick_equations
• dz_ddz1() : numeric::crick_equations
• dz_domega1() : numeric::crick_equations
• dz_dr1() : numeric::crick_equations