- m -

• magnesium() : magnesium
• main() : app::pyrosetta_toolkit::modules::prettytable::prettytable , arls_impl , best_ifaceE , build , BuildBindings , BuildPackagedBindings , compare_times , get_scores , make_amb_constr , make_templates , mp_ddG , ObjexxFCL , options , pdb_to_molfile
• MAIN() : PhiPsi , PlotSurfaceContactMap
• main() : predict_ddG , prune_atdiff_top5pct , PyMOLPyRosettaServer , self-test , sidechain_cst_3 , TestBindings , tools::CppParser
• mainchain_h_rebuild_threshold() : packing
• make_ads_disulf() : app::surface_docking::constraints
• make_axis() : PyMOLPyRosettaServer
• make_compound_statement() : basic::database
• make_consensus_mutations() : enzdes
• make_data() : PyMOLPyRosettaServer
• make_ensemble_cst() : cluster
• make_implicitly_convertible() : exclude
• make_map() : utility::tools
• make_message() : utility::tag
• make_movie() : stepwise::monte_carlo
• make_nonvirtual() : exclude
• make_pdb() : holes
• make_PDBLIST() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• make_PDBLIST_recursively() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• make_plane_from_three_points() : numeric::geometry
• make_points() : numeric::kdtree
• make_ptr() : fmt::internal
• make_rot_lib() : make_rot_lib
• make_segtag_with_dashes() : utility
• make_sure_is_copyable() : exclude
• make_tag() : utility
• make_tag_with_dashes() : utility
• make_type() : fmt::internal
• make_vector() : utility::tools
• make_vector1() : utility::tools
• make_voids() : holes
• makeContactMap() : calccontacts
• makeContactPDB() : calccontacts
• makeContactProfile() : calccontacts
• makeFile() : make_templates
• makeShellProfile() : calccontacts
• makeVector() : coordlib
• MakeVector() : numeric
• mangle_type_name() : binder
• map_to_obj() : utility::json_spirit
• mapfile() : edensity
• mapreso() : edensity
• match() : match , mh::match
• match_grouper() : match
• match_overlap_ang() : willmatch
• match_overlap_dis() : willmatch
• match_rt_limit() : remodel
• match_segments() : sewing
• matdes() : matdes
• MatrixMult() : numeric::model_quality
• max() : numeric , ObjexxFCL , utility
• max_align_pos() : templates
• max_ang_metal() : willmatch
• max_atoms() : backrub
• max_bb_deviation() : enzdes
• max_bb_deviation_from_startstruct() : enzdes
• max_bbrms() : lh
• max_bessel_order() : score::fiber_diffraction
• max_ca_ca_dist() : rigid
• max_ca_dis() : mh::dump
• max_cb_dis() : mh::score
• max_clash_score() : sewing
• max_contact_pairs() : mh::score
• max_contacting_ss() : score
• max_cpu() : boinc
• max_cst_dist() : constraints
• max_cycles() : loops::ccd
• max_ddg_score() : frags::nonlocal
• max_depth() : motifs
• max_dis_all() : willmatch
• max_dis_any() : willmatch
• max_dis_hb() : willmatch
• max_dis_hb_colinear() : willmatch
• max_dis_metal() : willmatch
• max_emperor_lib_round() : lh
• max_emperor_lib_size() : lh
• max_failures() : cp
• max_files_per_dir() : canonical_sampling::sampling
• max_fps() : boinc
• max_gap_extend() : cm
• max_gap_open() : cm
• max_grid_cache_size() : qsar
• max_helix_length() : sewing
• max_inner_cycles() : loops
• max_kic_build_attempts() : loops
• max_kic_perturber_samples() : loops
• max_lib_size() : lh
• max_linear_chainbreak() : remodel::RemodelLoopMover
• max_loop_length() : sewing
• max_loop_rebuild() : cm
• max_loophash_per_structure() : lh
• max_min_iter() : run
• max_models() : sewing
• max_motif_per_res() : score
• max_nstruct() : boinc
• max_nstruct_in_memory() : jd2
• max_num_strands_to_deal() : strand_assembly
• max_O_N_dis() : strand_assembly
• max_per_res() : mh::dump
• max_poses() : docking::ligand
• max_radius() : lh
• max_rama_score_increase() : loops::ccd
• max_ref_lib_size() : lh
• max_registry_shift() : cm::hybridize
• max_repeats() : docking
• max_res() : mh::harvest
• max_res_in_strand() : strand_assembly
• max_retry_job() : run
• max_rms() : lh , mh::dump
• max_rms_from_native() : optE
• max_rmsd() : mh::harvest
• max_rmsd_after_relax() : frags::nonlocal
• max_rmsd_against_known_structures() : mc
• max_rotbump_energy() : packing
• max_sample_per_structure() : lh
• max_seqsep() : mh::filter
• max_sheet_angle() : strand_assembly
• max_sheet_dis() : strand_assembly
• max_sheet_torsion() : strand_assembly
• max_shrink() : templates
• max_ss_num() : sewing
• max_strand_gap_allowed() : jumps
• max_strand_length() : sewing
• max_struct() : lh
• max_struct_per_radius() : lh
• max_torsion_delta() : loops::ccd
• max_torsion_delta_per_move() : loops::ccd
• max_total_cluster() : cluster
• max_tries_multiplier_for_ccd() : stepwise
• maxdist2() : mh::filter
• maxruntime() : run
• maxruntime_bufferfactor() : run
• maxsub() : numeric::model_quality
• may_add_already_added_model() : sewing
• mb_exclude() : exclude
• mc() : mc
• mc_kt() : backrub , canonical_sampling::sampling
• mc_kt_high() : enzdes
• mc_kt_low() : enzdes
• mcm_cycles() : flexPepDocking
• md_schfile() : in::file
• mean() : ddg , numeric , numeric::statistics
• measure_sequence_recovery() : optE::rescore
• median() : numeric
• Membed_init() : membrane
• membrane() : abinitio , in , membrane , ProQ
• membrane_axis() : edensity
• membrane_center() : membrane
• membrane_normal() : membrane
• membrane_pdb() : out
• membrane_pdb_thickness() : out
• membrane_rsd() : mp::setup
• memory_limit() : wum
• memory_test_cycles() : run
• Menv_penalties() : membrane
• merge_motifs() : mh
• merge_motifs_one_per_bin() : mh
• merge_scores() : mh
• merge_similar_motifs() : mh
• metal_dist_cutoff() : bunsat_calc2
• metals_angle_constraint_multiplier() : in
• metals_detection_LJ_multiplier() : in
• metals_distance_constraint_multiplier() : in
• method() : sasa
• methylate() : dna::specificity
• mFork() : BuildBindings
• mfork() : self-test , TestBindings
• mg_res() : magnesium
• mh() : mh
• Mhbond_depth() : membrane
• midpoint() : numeric
• min() : ddg , numeric , ObjexxFCL , rot_anl , utility
• min_align_pos() : templates
• min_all_jumps() : enzdes
• min_atoms() : backrub
• min_bbrms() : lh
• min_bin_val() : mh::harvest
• min_breakout_fast_loops() : fast_loops
• min_breakout_good_loops() : fast_loops
• min_cacb_deviation() : enzdes
• min_cav_ball_radius() : packstat
• min_cluster_overlap() : packstat
• min_contact_pairs() : mh::score
• min_contacts_per_res() : frags::nonlocal
• min_cover_fraction() : mh::score
• min_cst() : ddg
• min_cst_weights() : ddg
• min_cycles() : relax::range
• min_decoy_rms_to_native() : optE
• min_dis_hb() : willmatch
• min_fast_loops() : fast_loops
• min_final_hbonds() : cyclic_peptide
• min_frag_size() : templates
• min_gap_extend() : cm
• min_gap_open() : cm
• min_genkic_hbonds() : cyclic_peptide
• min_good_loops() : fast_loops
• min_hash_score() : sewing
• min_helix_length() : sewing
• min_lh_fragments() : sewing
• min_loop_length() : sewing
• min_loop_size() : cm
• min_max_start_seq_sep() : resample
• min_motif_score() : sewing
• min_nr_large_frags() : templates
• min_nr_small_frags() : templates
• min_num_ring() : gen_pharmacophore
• min_num_strands_to_deal() : strand_assembly
• min_O_N_dis() : strand_assembly
• min_padding() : templates
• min_rb() : matdes::mutalyze
• min_receptor_bb() : flexPepDocking
• min_res_in_strand() : strand_assembly
• min_rms() : docking::ligand , lh
• min_score() : score::saxs
• min_score_score() : score
• min_seq_sep() : frags::contacts
• min_seqsep() : james
• min_sequence_separation() : pose_metrics
• min_sheet_angle() : strand_assembly
• min_sheet_dis() : strand_assembly
• min_sheet_torsion() : strand_assembly
• min_shortest_dis_sidechain_inter_sheet() : strand_assembly
• min_strand_length() : sewing
• min_surface_accessibility() : packstat
• min_tolerance() : relax , run , stepwise
• min_type() : dna::specificity , relax , run , stepwise
• min_unaligned_len() : abinitio::star
• min_with_cst() : ddg
• minbb() : smhybrid
• mindist2() : mh::filter
• mini() : relax
• minimization_patch() : ddg
• minimization_scorefunction() : ddg
• minimization_threshold() : docking
• minimize() : dna::design , holes , magnesium , motifs , rna::farna::minimize
• minimize_after_nmsearch() : lh
• minimize_all_ligand_torsions() : enzdes
• minimize_and_score_native_pose() : stepwise::rna
• minimize_and_score_sugar() : stepwise::rna
• minimize_backbone() : docking::ligand
• minimize_bond_angles() : relax
• minimize_bond_lengths() : relax
• minimize_bondangle_subset() : relax
• minimize_bondlength_subset() : relax
• minimize_bps() : rna::farna::minimize
• minimize_dna() : motifs
• minimize_during_scoring() : magnesium
• minimize_ligand() : docking::ligand
• minimize_ligand_torsions() : enzdes
• minimize_max_iter() : loops
• minimize_mg_coord_constraint_distance() : magnesium
• minimize_movemap() : backrub
• minimize_res() : in::file , stepwise::rna
• minimize_rna() : rna::farna
• minimize_rounds() : rna::farna::minimize
• minimize_single_res_frequency() : stepwise::monte_carlo
• minimize_tolerance() : dna::specificity
• minimize_waters() : stepwise
• minimizer_rename_tag() : stepwise::rna
• minimizer_score_fxn() : cp
• minimizer_use_coordinate_constraints() : rna::farna::minimize
• minirelax_repeats() : relax
• minirelax_sdev() : relax
• minpack_disable_bumpcheck() : packing
• minpack_inner_iteration_scale() : packing
• minpack_temp_schedule() : packing
• missing_density_to_jump() : in
• missing_res() : stepwise::rna
• missing_res2() : stepwise::rna
• mistakes() : mistakes
• mm_bend_weight() : backrub
• mm_loop_file() : loops
• mod() : numeric , ObjexxFCL
• mode() : dna::specificity , inout::dbms , sewing
• model_B() : patterson
• model_file_name() : sewing
• model_h3() : antibody
• model_should_have_at_least_1_E() : sewing
• model_should_have_at_least_1_E_at_terminal_segment() : sewing
• model_should_have_at_least_1_H() : sewing
• model_should_have_this_num_of_ss() : sewing
• models_to_dump() : sewing
• modp() : numeric::kinematic_closure
• modrf() : numeric::kinematic_closure
• modulo() : numeric , ObjexxFCL
• molfile2params_quick() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• monte_carlo() : magnesium , stepwise::monte_carlo
• montecarlo() : magnesium::montecarlo
• MonteCarlo() : MonteCarlo
• motif_begin() : dna::specificity
• motif_build_defs() : motifs
• motif_build_positions() : motifs
• motif_filename() : motifs
• motif_flexible_loop_file() : motifs
• motif_ignore_symmmetry() : score
• motif_match_radius() : mh
• motif_mode() : full_model
• motif_out_file() : mh
• motif_output_directory() : motifs
• motif_residues() : score
• motif_size() : dna::specificity
• motif_type() : mh::filter
• motifs() : mh::path , motifs
• motifs_BB_BB() : mh::path
• motifs_BB_PH() : mh::path
• motifs_BB_PO() : mh::path
• motifs_PH_PO() : mh::path
• motifs_SC_BB() : mh::path
• motifs_SC_SC() : mh::path
• move() : stepwise
• move_anchor_frequency() : fold_and_dock
• move_anchor_points() : fold_and_dock
• move_first_rigid_body() : rna::farna
• move_jumps_between_chains() : stepwise::protein
• move_ligand() : remodel
• movemap() : demo::D040_Movemap , in::file
• movemap_from_blueprint() : flxbb
• moving_jump() : dna::specificity
• mp() : mp
• mpi_batch_relax_absolute_max() : lh
• mpi_batch_relax_chunks() : lh
• MPI_batchsize_by_level() : cyclic_peptide
• MPI_bcast() : canonical_sampling::probabilities
• MPI_choose_highest() : cyclic_peptide
• mpi_fast_nonblocking_output() : jd2
• mpi_feedback() : lh
• mpi_file_buf_job_distributor() : jd2
• mpi_filebuf_jobdistributor() : jd2
• mpi_init() : src
• mpi_loophash_scan_type() : lh
• mpi_loophash_split_size() : lh
• mpi_master_cpu_weight() : lh
• mpi_master_save_score_only() : lh
• mpi_master_schfile() : lh
• mpi_metropolis_temp() : lh
• mpi_nowait_for_remaining_jobs() : jd2
• mpi_nprocs() : utility
• mpi_outbound_wu_buffer_size() : lh
• MPI_output_fraction() : cyclic_peptide
• mpi_packmin_init() : lh
• MPI_processes_by_level() : cyclic_peptide
• mpi_rank() : utility
• mpi_rank_dir() : out::path
• mpi_read_structure_for_emperor() : lh
• mpi_resume() : lh
• mpi_safe_std_err() : utility::options
• mpi_save_state_interval() : lh
• MPI_sort_by() : cyclic_peptide
• MPI_stop_after_time() : cyclic_peptide
• MPI_sync_pools() : canonical_sampling::probabilities
• mpi_timeout_factor() : jd2
• mpi_tracer_to_file() : out
• mpi_weight_minimization() : optE
• mpi_work_partition_job_distributor() : jd2
• MPIJobDistributor() : src
• ms() : ms
• msd_job_dist() : run
• msd_randomize() : run
• msg_name() : utility
• mtzfile() : cryst
• multi_cool_annealer() : packing
• multi_objective_functions() : lh
• multibody() : docking
• multifastrelax() : abinitio
• multiple_origin() : fingerprint
• multiple_processes_writing_to_one_directory() : run
• multiplier() : mh::harvest
• multiply() : numeric
• multiply_matrix() : PyMOLPyRosettaServer
• multMatrix() : numeric::kinematic_closure
• multTransMatrix() : numeric::kinematic_closure
• murphp() : murphp
• mut_file() : ddg
• mut_only() : ddg
• mutalyze() : matdes::mutalyze
• mutant_file() : mp::mutate_relax
• mutate_framework_for_cluster() : antibody::design
• mutate_rate() : ms
• mutate_relax() : mp::mutate_relax
• mutate_residue() : demo::D090_Ala_scan , mp_ddG , predict_ddG , pyrosetta::toolbox , toolbox
• mutate_same_name3() : docking::ligand
• mutation() : mp::mutate_relax
• mute() : out
• mutRM() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• mutSA() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• mutSP() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• mWait() : BuildBindings