- e -

• E() : ObjexxFCL::format
• E2_residue() : chemically_conjugated_docking
• E2pdb() : chemically_conjugated_docking
• easy_vip_acceptance() : cp
• edensity() : edensity
• edensity_weight_for_sampling() : lh
• eggshell_dist() : pocket_grid
• eigenvalue_jacobi() : numeric
• eigenvector_jacobi() : numeric
• elec_context_maxburial() : score
• elec_context_minburial() : score
• elec_context_minstrength() : score
• elec_die() : score
• elec_group_extrafile() : score
• elec_group_file() : score
• elec_max_dis() : score
• elec_max_threshold() : motifs
• elec_min_dis() : score
• elec_min_threshold() : motifs
• elec_r_option() : score
• elec_representative_cp() : score
• elec_representative_cp_flip() : score
• elec_sigmoidal_die() : score
• elec_sigmoidal_die_D() : score
• elec_sigmoidal_die_D0() : score
• elec_sigmoidal_die_S() : score
• element_type_name() : utility::tag
• eliminate_weak_motifs() : motifs
• embedding() : mp::visualize
• emit() : yaml
• empty() : score
• enable_adapt_graft_cartesian() : antibody::design
• encode6bit() : utility
• encode_24_to_32() : utility
• end() : cutoutdomain , ObjexxFCL
• end_bias() : abinitio
• ends_with() : binder
• endswith() : utility
• energycut() : relax
• enlarge_H_lj() : chemical
• ens_variation() : ddg
• ensemble1() : docking
• ensemble2() : docking
• enumerate() : stepwise
• enumerate_ligand_rotamers() : match
• envhb() : hotspot
• envsmooth_zero_negatives() : score
• enz_debug() : enzdes
• enz_loops_file() : enzdes
• enz_repack() : enzdes
• enz_score() : enzdes
• enzdes() : enzdes
• enzdes_out() : jd2
• epitope() : antibody::design
• epr_distance() : constraints
• epsilon() : pb_potential
• epslon() : numeric::linear_algebra
• eq_tol() : numeric , ObjexxFCL
• equal() : ObjexxFCL , utility::pointer
• equal_by_epsilon() : numeric
• equal_dimensions() : ObjexxFCL
• equal_length() : numeric
• equali() : ObjexxFCL , utility::file
• erase_and_extract_exponent() : utility::json_spirit
• erfcc() : numeric::model_quality
• erfcx_y100() : numeric::statistics
• erraser() : rna::farna::erraser , stepwise::rna
• errf() : numeric::statistics
• errfc() : numeric::statistics
• errfcx() : numeric::statistics
• errfi() : numeric::statistics
• Error() : basic
• esp_buffer_dist() : pocket_grid
• esp_protein_wt() : fingerprint
• esp_surface_wt() : fingerprint
• esp_weight() : fingerprint
• etable_atom_pair_energies() : pyrosetta , src
• eucDistance() : numeric::kinematic_closure , numeric::kinematic_closure::radians
• euclid_bin_size() : match
• euler_bin_size() : match
• euler_tolerance() : loodo
• ev_map() : cm
• eval_intrares_elec_ST_only() : score
• evalpoly() : numeric::kinematic_closure
• evaluate() : jumps
• evaluate_max_seq_sep() : constraints
• evaluation() : evaluation
• evolution() : evolution
• ex1() : packing::ex1
• ex1aro() : packing::ex1aro
• ex1aro_exposed() : packing::ex1aro_exposed
• ex2() : packing::ex2
• ex2aro() : packing::ex2aro
• ex2aro_exposed() : packing::ex2aro_exposed
• ex3() : packing::ex3
• ex4() : packing::ex4
• ex_catalytic_rot() : enzdes
• exact_occ_include_Hbond_contribution() : score
• exact_occ_pairwise() : score
• exact_occ_pairwise_by_res() : score
• exact_occ_radius_scaling() : score
• exact_occ_self_res_no_occ() : score
• exact_occ_skip_Hbonders() : score
• exact_occ_split_between_res() : score
• exclude() : exclude
• exclude_ala() : willmatch
• exclude_badrep_ddGs() : optE
• exclude_disallowed_virtuals() : exclude
• exclude_dna_dna() : dna::specificity
• exclude_file() : cp
• exclude_homo() : lh
• exclude_homologs() : antibody
• exclude_homologs_cdr_cutoff() : antibody
• exclude_homologs_fr_cutoff() : antibody
• exclude_impls_() : exclude
• exclude_patches() : chemical
• exclude_polar_atoms_by_charge_in_hsasa() : sasa
• exclude_private_and_protected_members() : exclude
• exclude_res() : cluster
• exclude_res1() : willmatch
• exclude_res2() : willmatch
• excluded_residues_from_rmsd() : mc
• exdna() : packing::exdna
• execute() : basic , build , BuildBindings , BuildPackagedBindings , pyrosetta::toolbox::adjust_library_path , self-test , TestBindings , toolbox::adjust_library_path
• exit() : utility
• exit_if_missing_heavy_atoms() : run
• exit_on_bad_read() : constraints
• expand_loop_takeoff() : stepwise::protein
• expand_motifs() : motifs
• expand_st_chi2sampling() : corrections::chemical
• expand_xforms() : numeric
• expire_after_rounds() : lh
• explicit_hydrogen_radii_set() : sasa
• explicit_motif_score() : mh
• explicit_pdb_debug() : abinitio
• export_only_low() : cluster
• exportPDBSCORE() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• expresion_to_string() : binder
• extend_eggshell() : pocket_grid
• extend_eggshell_dist() : pocket_grid
• extend_h3_before_modeling() : antibody
• extend_length() : loops
• extend_peptide() : flexPepDocking
• extended() : loops
• extended_beta() : loops
• extended_loop_file() : loops
• extended_pose() : in::file
• extra_bodies() : chemically_conjugated_docking
• extra_eggshell_dist() : pocket_grid
• extra_frags_for_ss() : jumps
• extra_improper_file() : score
• extra_min_jump_res() : full_model
• extra_min_res() : full_model
• extra_minimize_chi_res() : rna::farna::minimize
• extra_minimize_res() : rna::farna::minimize
• extra_patch_cen() : in::file
• extra_patch_fa() : in::file
• extra_res() : in::file
• extra_res_batch_path() : in::file
• extra_res_cen() : in::file
• extra_res_database() : in::file
• extra_res_database_mode() : in::file
• extra_res_database_resname_list() : in::file
• extra_res_fa() : in::file
• extra_res_mmCIF() : in::file
• extra_res_mol() : in::file
• extra_res_path() : in::file
• extra_res_pq_schema() : in::file
• extra_rot_lib_path() : in::file
• extra_rottrial() : docking
• extra_score() : evaluation
• extra_score_column() : evaluation
• extra_score_patch() : evaluation
• extra_score_select() : evaluation
• extra_scorefxn() : wum
• extra_scorefxn_ref_structure() : wum
• extra_scorefxn_relax() : wum
• extrachi_cutoff() : packing
• extract_coordinates_from_pose_1x3() : pyrosetta::toolbox::extract_coords_pose , toolbox::extract_coords_pose
• extract_coordinates_from_pose_3x1() : pyrosetta::toolbox::extract_coords_pose , toolbox::extract_coords_pose
• extract_coords() : PyMOLPyRosettaServer
• extract_native_only() : strand_assembly
• extract_pdb_from_sqlite3db() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• extract_pdbs_from_sqlite3db() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• extractChains() : loadPDB
• extractResidues() : loadPDB