- r -

• r1() : motifs
• r2() : motifs
• radial_disp() : matdes
• radians() : numeric::conversions
• radius() : cluster , score::fiber_diffraction
• radius_cutoff() : mp::lipid_acc
• radius_cutoffs() : patterson
• radius_size() : lh
• rama() : remodel
• rama2b_map() : in::file
• rama_2b() : loops::ccd
• rama_B() : frags
• rama_C() : frags
• rama_cutoff() : cyclic_peptide
• rama_map() : corrections::score
• rama_map_average_L_flat() : corrections::score
• rama_map_average_L_flat_stringent() : corrections::score
• rama_map_sym_average_L_flat() : corrections::score
• rama_map_sym_average_L_flat_stringent() : corrections::score
• rama_map_sym_gly_flat() : corrections::score
• rama_map_sym_gly_flat_stringent() : corrections::score
• rama_map_sym_pro_flat() : corrections::score
• rama_map_sym_pro_flat_stringent() : corrections::score
• rama_norm() : frags
• rama_not_squared() : corrections::score
• rama_power() : score
• rama_prepro_nobidentate() : corrections::score
• rama_prepro_steep() : corrections::score
• rama_sampling_table_by_res() : cyclic_peptide
• ramady() : relax
• ramady_cutoff() : relax
• ramady_force() : relax
• ramady_max_rebuild() : relax
• ramady_rms_limit() : relax
• ramaneighbors() : score
• ramp_chainbreaks() : jumps
• ramp_constraints() : relax
• ramp_coord_cst() : fold_cst
• ramp_fa_rep() : flexPepDocking , loops
• ramp_nativeness() : optE
• ramp_rama() : flexPepDocking , loops , relax::centroid
• ramp_repulsive() : ddg
• ramp_vdw() : relax::centroid
• rand_checkpoint_file() : cyclic_peptide
• rand_sleep() : utility
• random_conformer() : docking::ligand
• random_delay() : run
• random_generator() : numeric::random
• random_grow_loops_by() : loops
• random_limit_cluster_size_percent() : cluster
• random_loop() : loops
• random_move() : test::Workshop4test
• random_normal() : numeric::random
• random_order() : loops
• random_permutation() : numeric::random
• random_phi_psi_preturbation() : flexPepDocking
• random_point_on_unit_sphere() : numeric::random
• random_range() : numeric::random
• random_rot_start() : flexPepDocking
• random_rotation() : numeric::random
• random_rotation_angle() : numeric::random
• random_sequence() : pyrosetta::toolbox::mutants , toolbox::mutants
• random_sheets() : jumps
• random_start() : antibody::design
• random_trans_start() : flexPepDocking
• random_translation() : numeric::random
• random_unit_quaternion() : numeric::random
• random_vector() : numeric::random
• random_vector_spherical() : numeric::random
• random_vector_unit_cube() : numeric::random
• random_xform() : numeric::random
• randomize1() : docking
• randomize2() : docking
• randomize_input_sequence() : AnchoredDesign::testing
• randomize_loops() : remodel::RemodelLoopMover
• randomize_missing() : nonlocal
• randomize_missing_coords() : run
• randomize_motif() : dna::specificity
• randomly_perturb_starting_free_weights() : optE
• range() : relax::range
• rank() : sewing
• rank_by_bsasa() : remodel
• raw() : out::file
• raw_stats() : packstat
• rb_file() : RBSegmentRelax , SSrbrelax
• rb_mag() : smhybrid
• rb_mover_stage1_weight() : broker
• rb_param_file() : SSrbrelax
• rb_rot_magnitude() : fold_and_dock
• rb_scorefxn() : RBSegmentRelax
• rb_trans_magnitude() : fold_and_dock
• rbe() : rbe
• rbMCM() : flexPepDocking
• RBSegmentRelax() : RBSegmentRelax
• rdc() : evaluation , in::file , rdc
• rdc_column() : evaluation
• rdc_target() : evaluation
• rdf() : in::rdf
• read() : ObjexxFCL , utility::json_spirit
• read_binary() : ObjexxFCL
• read_input_list() : arls_impl
• read_mArray() : utility::json_spirit
• read_metric_value() : basic
• read_metric_value_scalar() : basic
• read_metric_value_template() : basic
• read_metric_value_vector1() : basic
• read_mObject() : utility::json_spirit
• read_or_throw() : utility::json_spirit
• read_probabilities_or_die() : numeric
• read_range() : utility::json_spirit
• read_range_or_throw() : utility::json_spirit
• read_row() : numeric
• read_stream() : utility::json_spirit
• read_stream_or_throw() : utility::json_spirit
• read_string() : utility::json_spirit
• read_string_or_throw() : utility::json_spirit
• read_structures_into_pool() : mc
• read_subset_of_global_option_collection() : basic::options
• read_vector() : utility::io
• readFASC() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• readonly() : inout::dbms
• readsome() : ObjexxFCL
• ready_set_only() : rna::farna::erraser
• real() : james
• real2afteroption() : basic::options
• Real2string() : utility
• real3afteroption() : basic::options
• real_regex_pattern() : utility::tag
• realafteroption() : basic::options
• realign() : edensity
• realign_domains() : cm::hybridize
• realign_domains_stage2() : cm::hybridize
• REALLY_BIG_DISTANCE() : numeric::kdtree
• reassign_atom_types() : chemical
• reassign_icoor() : chemical
• rebuild_bulge_mode() : stepwise::rna
• rebuild_disulf() : run
• recalculate_foldtree() : flexPepDocking
• receive_char_from_node() : utility
• receive_double_from_node() : utility
• receive_doubles_from_node() : utility
• receive_integer_from_anyone() : utility
• receive_integer_from_node() : utility
• receive_integers_from_node() : utility
• receive_string_from_node() : utility
• receptor_chain() : flexPepDocking
• recover_low() : stepwise::monte_carlo
• recover_low_in_stages() : abinitio
• recover_nat_rot() : optE
• recover_side_chains() : cm
• recover_sidechains() : docking
• recurse_through_tree() : utility::tag
• redesign_complete() : DenovoProteinDesign
• redesign_core() : DenovoProteinDesign
• redesign_loops() : DenovoProteinDesign
• redesign_surface() : DenovoProteinDesign
• reduce_rays() : pocket_grid
• reduced_couplings() : rdc
• ref_cen_spectrum() : score::saxs
• ref_fa_spectrum() : score::saxs
• ref_lig() : fingerprint
• ref_offset() : score
• ref_offsets() : score
• ref_pdb_list() : pepspec
• ref_pddf() : score::saxs
• ref_spectrum() : score::saxs
• ref_startstruct() : flexPepDocking
• refinable_lattice() : cryst
• refine() : antibody , loops , smhybrid
• refine_CCD_off() : AnchoredDesign
• refine_cycles() : AnchoredDesign , FloppyTail , TailSegment
• refine_design_iterations() : loops
• refine_final_temp() : loops
• refine_h3() : antibody
• refine_init_temp() : loops
• refine_KIC_off() : AnchoredDesign
• refine_native() : rna::farna
• refine_only() : AnchoredDesign , loops
• refine_outer_cycles() : loops
• refine_repack_cycles() : AnchoredDesign , FloppyTail , TailSegment
• refine_res() : casp
• refine_silent_file() : rna::farna
• refine_temp() : AnchoredDesign , FloppyTail
• refstruct() : lh
• region_def() : contactMap
• region_selection() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• register_version_with_core() : devel
• reinitialize_CCD_torsions() : stepwise::rna
• reinitialize_mover_for_each_job() : run
• reinitialize_mover_for_new_input() : run
• rel_sasa_cutoff() : mp::lipid_acc
• relax() : abinitio , cm::hybridize , loops , mp::mutate_relax , relax
• relax_failures() : abinitio
• relax_frags_repeats() : frags::nonlocal
• relax_input() : frags::nonlocal
• relax_input_with_coordinate_constraints() : frags::nonlocal
• relax_mover() : cp
• relax_rna() : rna::farna
• relax_sfxn() : cp
• relax_with_foldtree() : loops
• relax_with_jumps() : abinitio
• relevant_include() : binder
• remainder() : numeric , ObjexxFCL
• remainder_conversion() : numeric , ObjexxFCL
• remap_pdb_atom_names_for() : in::file
• remember_unrecognized_res() : in
• remember_unrecognized_water() : in
• remodel() : antibody , loops , remodel
• remodel_aggressiveness() : enzdes
• remodel_final_temp() : loops
• remodel_init_temp() : loops
• remodel_kic_attempts() : loops
• remodel_protocol() : enzdes
• remodel_secmatch() : enzdes
• remodel_trials() : enzdes
• RemodelLoopMover() : remodel::RemodelLoopMover
• remove_all_dssp() : sewing
• remove_antigen() : antibody::design
• remove_any_dssp() : sewing
• remove_duplicates() : mh
• remove_exit_callback() : utility
• remove_extended_loops() : loops
• remove_highest_energy_member() : cluster
• remove_input_bb() : pepspec
• remove_obligate_pair() : rna::farna
• remove_option_from_map() : basic::resource_manager
• remove_pair() : rna::farna
• remove_singletons() : cluster
• remove_ss_length_screen() : run
• remove_tracer_default_args_and_vars() : exclude
• remove_trailing() : utility::json_spirit
• RemoveListItem() : app::pyrosetta_toolkit::window_modules::protocol_builder::ProtocolBuilder
• removeProtectedConstructos() : exclude
• rename() : ms::checkpoint
• renameandsave() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::general_tools
• renumber_pdb() : out::file
• rep_edge_files() : smhybrid
• rep_ramp_cycles() : flexPepDocking
• repack() : casp , rot_anl
• repack_again() : mp::quickrelax , relax::range
• repack_and_minimize_decoys() : optE
• repack_and_minimize_input_structures() : optE
• repack_mutation_only() : mp::mutate_relax
• repack_only() : dna::design , packing
• repack_period() : docking , loops
• repack_radius() : mp::mutate_relax
• repack_rate() : run
• repair_sidechains() : in::file
• repeat() : ObjexxFCL::format , run , sewing
• repeat_structure() : remodel
• repeat_swarm_optimization_until_fitness_improves() : optE
• replace() : binder
• replace_() : binder
• replace_environment_variables() : utility
• replace_in() : utility
• replace_init() : src
• replace_spaces() : utility
• replonly_loops() : in
• replonly_residues() : in
• report_format() : peptide_deriver
• report_gzip() : peptide_deriver
• report_system_error() : fmt
• report_unknown_type() : fmt::internal
• request_bindings() : binder
• request_data_from_head_node() : basic::mpi
• require_disulfides() : cyclic_peptide
• require_frags_match_blueprint() : remodel::staged_sampling
• required_active_site_atom_names() : match
• required_name_attribute() : utility::tag
• reramp_cst_cycles() : fold_cst
• reramp_iterations() : fold_cst
• reramp_start_cstweight() : fold_cst
• reread_all_structures() : archive
• reroot_tree() : remodel
• rerun() : abinitio
• rerun_motifsearch() : motifs
• res_design_bs() : fold_from_loops
• resample() : resample
• rescale_cartesian() : PyMOLPyRosettaServer
• resclass_by_sasa() : remodel
• rescore() : hotspot , in::file , optE::rescore , rescore
• rescore_single_pdb() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• reservoir_sample() : numeric::random
• reservoir_sample_accept_prob() : numeric::random
• reset_chain() : loadPDB
• resetChain() : loadPDB
• resetlists() : PDBInfo
• resfile() : packing
• resfile_dump() : mh::dump
• resfile_min_pair_score() : mh::dump
• resfile_min_tot_score() : mh::dump
• resi() : cmiles::jumping
• residual_squared_of_points_to_plane() : numeric::geometry
• residue() : hotspot
• residue_pair_jump_file() : jumps
• residue_scores() : holes , packstat
• residue_trim_file() : motifs
• residue_type_set() : in::file , out::file
• ResidueList() : PDBInfo
• residues() : willmatch
• residues_backbone_move() : rigid
• residues_repack_only() : DomainAssembly
• residues_to_sample() : remodel::staged_sampling
• resj() : cmiles::jumping
• resolution_cutoff_high() : score::fiber_diffraction
• resolution_cutoff_low() : score::fiber_diffraction
• resolution_cutoffs() : patterson
• resolve_build_version() : setup
• resolve_context_and_name() : tools::CppParser
• resolve_db_partition() : basic::database
• resource_definition_files() : jd2
• respect_resfile() : relax
• restore_pre_talaris_2013_behavior() : mistakes
• restrict_design_to_interface() : smhybrid
• restrict_design_to_subsub_interface() : smhybrid
• restrict_kic_sampling_to_torsion_string() : loops
• restrict_non_nbrs_from_repacking() : pyrosetta::toolbox , toolbox
• restrict_partners_to_chains() : peptide_deriver
• restrict_receptors_to_chains() : peptide_deriver
• restrict_to_wt() : motifs
• restriction_type_name() : utility::tag
• restype() : mh::filter
• restype1() : mh::filter
• restype2() : mh::filter
• restype_one() : mh::filter
• resume_batch() : out
• retry_failed_reads() : inout::dbms
• return_energy() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• return_full_atom() : abinitio
• return_probability() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• return_residue_array() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• return_rosetta_Loop() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• return_zero_darc_score() : fingerprint
• revamp_near_chain() : pb_potential
• reversion() : dna::design::reversion
• reversion_scan() : dna::design
• revert_scan() : matdes::mutalyze
• reweight_symm_interactions() : symmetry
• rfactor_refinement() : score::fiber_diffraction
• rg() : numeric::random , remodel
• rg_local() : remodel
• rg_local_span() : score
• rg_reweight() : abinitio
• rgb_to_hsv() : numeric
• rgg() : numeric::linear_algebra
• right() : ufv
• right_Fstring_of() : ObjexxFCL
• right_justified() : ObjexxFCL
• right_justify() : ObjexxFCL
• right_string_of() : ObjexxFCL
• rigid() : rigid
• rigid_body_cycles() : fold_and_dock
• rigid_body_disable_mc() : fold_and_dock
• rigid_body_frequency() : fold_and_dock
• ring_atm_dist_cutoff() : gen_pharmacophore
• ring_close_shadow_constraint() : score
• ring_ring_dist_cutoff() : gen_pharmacophore
• ring_sasa_cutoff() : gen_pharmacophore
• rings() : rings
• RJ() : ObjexxFCL::format
• rjust() : ObjexxFCL
• rm_virt_phosphate() : stepwise::rna
• rms_hotspot() : hotspot
• rms_hotspot_res() : hotspot
• rms_limit() : lh
• rms_target() : hotspot , score
• rms_threshold() : evolution
• rms_topmargin() : evolution
• rms_wrapper() : numeric::model_quality
• rms_wrapper_slow_and_correct() : numeric::model_quality
• rmsd() : AnchoredDesign , app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis , evaluation , patterson
• rmsd_analysis() : pepspec
• rmsd_column() : evaluation
• RMSD_only_this() : AnchoredDesign::testing
• rmsd_res() : stepwise::rna
• rmsd_residues() : abinitio
• rmsd_screen() : stepwise
• rmsd_select() : evaluation
• rmsd_target() : evaluation
• rmsd_tol() : loops
• rmsfitca2() : numeric::model_quality
• rmsfitca3() : numeric::model_quality
• rna() : full_model::rna , rna , stepwise::rna
• rna_bulge_bonus_once_per_loop() : score
• rna_chem_map_lores_weight() : score
• rna_chemical_shift_exp_data() : score
• rna_chemical_shift_H5_prime_mode() : score
• rna_chemical_shift_include_res() : score
• rna_chemical_shift_larmord() : score
• rna_chemical_shift_larmord_beta() : score
• rna_chemical_shift_larmord_cut() : score
• rna_chemical_shift_larmord_nei() : score
• rna_chemical_shift_larmord_par() : score
• rna_chemical_shift_larmord_ref() : score
• rna_chemical_shift_larmord_wt() : score
• rna_chemical_shift_verbose() : score
• rna_lores_chainbreak_weight() : rna::farna
• rna_lores_linear_chainbreak_weight() : rna::farna
• rna_prot_erraser() : rna
• rna_suite_potential() : score
• rna_torsion_potential() : score
• rna_torsion_skip_chainbreak() : score
• rng() : run
• rng_seed_device() : run
• robert() : robert
• root_at_first_rigid_body() : rna::farna
• root_res() : full_model
• rosetta_bool_string() : utility::tag
• rosetta_database_from_env() : pyrosetta , src::initialization , src
• rosetta_svn_url() : devel
• rosetta_svn_version() : devel
• rot_anl() : rot_anl
• rot_mag_smooth() : fold_and_dock
• rot_magnitude() : enzdes
• rotamer_prot_stats() : pH::calc_pka
• rotamerdump() : rotamerdump
• rotate_anchor_to_x() : fold_and_dock
• rotate_vector() : PyMOLPyRosettaServer
• rotateX() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• rotateY() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• rotateZ() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• rotation() : rigid
• rotation_angle() : numeric
• rotation_axis() : numeric
• rotation_axis_angle() : numeric
• rotation_matrix() : numeric
• rotation_matrix_degrees() : numeric
• rotation_matrix_radians() : numeric , PyMOLPyRosettaServer
• rotlevel() : motifs
• rots2add() : motifs
• rotsub_movebb_substitutions_scale() : flexpack::annealer
• round() : utility
• round_pocketGrid_center() : pocket_grid
• rounds() : lh
• row_format() : contactMap
• rpad() : ObjexxFCL
• rpadded() : ObjexxFCL
• rsd_wt_helix() : abinitio
• rsd_wt_loop() : abinitio
• rsd_wt_strand() : abinitio
• rsigma() : remodel
• rss() : coordlib
• rstrip() : ObjexxFCL
• rstrip_whitespace() : ObjexxFCL
• rstripped() : ObjexxFCL
• rstripped_whitespace() : ObjexxFCL
• rsym_eigenval() : numeric::model_quality
• rsym_evector() : numeric::model_quality
• rsym_rotation() : numeric::model_quality
• rt_min() : antibody
• rtmin() : rot_anl
• run() : app::surface_docking::surface_docking , run
• run_centroid() : DomainAssembly
• run_centroid_abinitio() : DomainAssembly
• run_confirmation() : remodel
• run_fullatom() : DomainAssembly
• run_interface_analyzer() : antibody::design
• run_ligand_motifs() : enzdes
• run_motifs() : motifs
• run_relax() : antibody::design
• run_sequential() : pepspec
• run_snugdock() : antibody::design
• run_test() : self-test , TestBindings
• rvalue_cast() : ObjexxFCL