- p -

• p() : score::fiber_diffraction
• p1_theta_deriv() : numeric::deriv
• p_aa_pp() : corrections::score
• p_aa_pp_nogridshift() : corrections::score
• p_homol_csts() : pepspec
• P_omega0() : numeric::crick_equations
• p_value_selection() : frags
• pack_extra_bodies() : apps::public1::scenarios::chemically_conjugated_docking
• pack_glycans() : carbohydrates::glycan_relax
• pack_max_threshold() : motifs
• pack_min_threshold() : motifs
• pack_missing_sidechains() : packing
• pack_patch() : docking
• pack_phosphate_penalty() : score
• pack_score_cutoff() : motifs
• pack_sfxn() : cp
• pack_until_converge() : ddg
• pack_water_hydrogens() : magnesium
• pack_weights() : score
• packer_task() : demo::D050_Packer_task
• packing() : packing
• packing_weight() : fingerprint
• packonly_after_graft() : antibody
• packstat() : packstat
• packstat_pdb() : packstat
• pad() : fmt , ObjexxFCL
• pad_left() : utility
• pad_right() : utility
• padded() : ObjexxFCL
• padding_score_filter() : evolution
• padding_stage2_filter() : evolution
• pair_close_interface() : calccontacts
• pair_close_internal() : calccontacts
• pair_off() : FloppyTail
• pair_up() : prune_atdiff_top5pct
• pairdata_input_pdb_list() : robert
• pairing_file() : jumps
• pairings() : templates
• pales() : evaluation
• paper_ab_db() : antibody::design
• paper_ab_db_path() : antibody::design
• parameters() : relax::centroid
• params() : dna::specificity , holes
• params_file() : flexPepDocking , rna::farna
• params_from_pubchem() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• paratope() : antibody::design
• parent_selection_kT() : lh
• parentlist() : evolution
• parin_favorite_output() : stepwise::rna
• parse() : extract_scores_and_constraints , yaml
• parse_and_pair() : calccontacts
• parse_charge() : corrections::chemical
• parse_database_connection() : basic::database
• parse_full_name() : exclude
• parse_rosettascript() : src::protocols::rosetta_scripts
• parse_string_to_boolean_expression() : numeric::expression_parser
• parse_string_to_expression() : numeric::expression_parser
• parse_tagfile() : optE
• parseAndWrapModule() : tools::CppParser
• parseAtomList() : loadPDB
• parseByChain() : loadPDB
• parser() : parser
• parser_read_cloud_pdb() : enzdes
• parseTranslationUnit() : tools::CppParser
• partner() : PDBInfo , PhiPsi
• partner_pdb() : sewing
• partners() : docking
• password() : inout::dbms
• patch() : rigid , score
• patch_filter_scorefxn() : fast_loops
• patch_selectors() : chemical
• patchdock() : parser
• patchdock_random_entry() : parser
• path() : in::path , inout::dbms , mh::path , out::path
• PATH_SEPARATOR() : platform::file
• pathname() : utility
• patterson() : patterson
• pb_potential() : pb_potential
• PBP_clustering_at_chain_closure() : stepwise::rna
• pca() : in::file
• PCS() : PCS
• pcs_cluster_coverage() : robert
• pcs_cluster_lowscoring() : robert
• pcs_dump_cluster() : robert
• PCS_frag_cst() : in::file
• pcs_maxsub_filter() : robert
• pcs_maxsub_rmsd() : robert
• PCSTS1() : PCSTS1
• PCSTS2() : PCSTS2
• PCSTS3() : PCSTS3
• PCSTS4() : PCSTS4
• pdb() : in::path , mh::filter , mh::path , out::path , out
• pdb1() : assembly
• pdb2() : assembly , chunk
• pdb_comments() : out::file
• PDB_components_file() : in::file
• pdb_gz() : out
• pdb_list() : pepspec
• pdb_parents() : out::file
• pdb_pos() : dna::specificity
• pdbID() : matdes
• pdblist() : lh::symfragrm
• pdz() : chemically_conjugated_docking
• penalize_mixture_func() : constraints
• pep_anchor() : pepspec
• pep_chain() : pepspec
• pep_fold_only() : flexPepDocking
• pep_lengths() : peptide_deriver
• pep_refine() : flexPepDocking
• pepspec() : pepspec
• peptide_anchor() : flexPepDocking
• peptide_chain() : flexPepDocking
• peptide_deriver() : peptide_deriver
• peptide_loop_model() : flexPepDocking
• per_chain_renumbering() : out::file
• perform_build() : BuildPackagedBindings
• periodic_range() : basic
• pert_init_loop() : lh
• perturb() : abinitio
• perturb_CCD_off() : AnchoredDesign
• perturb_cycles() : AnchoredDesign , FloppyTail
• perturb_KIC_off() : AnchoredDesign
• perturb_outer_cycles() : loops
• perturb_rigid_body_dofs() : symmetry
• perturb_show() : AnchoredDesign , FloppyTail
• perturb_temp() : AnchoredDesign , FloppyTail
• pH() : pH
• pH_mode() : pH
• pH_neighbor_pack() : pH::calc_pka
• pH_prepack() : pH::calc_pka
• pH_relax() : pH::calc_pka
• pH_unbound() : pH
• phi_psi_range_A() : frags::ABEGO
• phil() : phil
• PhiPsi() : PhiPsi
• pick_multiple_sizes() : templates
• pick_random_index_from_cdf() : numeric::random
• picking() : frags::picking
• picking_old_max_score() : frags
• pind() : basic::sampling::orientations
• pivot_atoms() : backrub
• pivot_residues() : backrub
• pka_all() : pH::calc_pka
• pka_for_chainno() : pH::calc_pka
• pka_for_resnos() : pH::calc_pka
• pka_rad() : pH::calc_pka
• place_adduct_waters() : motifs
• place_peptide_on_binding_site() : flexPepDocking
• plane3points() : app::surface_docking::surf_param
• plane_radius() : mp::visualize
• plot3d() : PyMOLPyRosettaServer
• pocket_buried_dist() : pocket_grid
• pocket_buried_score() : pocket_grid
• pocket_constraint_weight() : constraints
• pocket_debug_output() : pocket_grid
• pocket_dump_exemplars() : pocket_grid
• pocket_dump_pdbs() : pocket_grid
• pocket_dump_rama() : pocket_grid
• pocket_exemplar_vdw_pen() : pocket_grid
• pocket_filter_by_exemplar() : pocket_grid
• pocket_grid() : pocket_grid
• pocket_grid_size() : pocket_grid
• pocket_grid_size_x() : pocket_grid
• pocket_grid_size_y() : pocket_grid
• pocket_grid_size_z() : pocket_grid
• pocket_grid_spacing() : pocket_grid
• pocket_ignore_buried() : pocket_grid
• pocket_max_size() : pocket_grid
• pocket_max_spacing() : pocket_grid
• pocket_min_size() : pocket_grid
• pocket_ntrials() : pocket_grid
• pocket_num_angles() : pocket_grid
• pocket_only_buried() : pocket_grid
• pocket_probe_radius() : pocket_grid
• pocket_psp() : pocket_grid
• pocket_restrict_size() : pocket_grid
• pocket_search13() : pocket_grid
• pocket_side() : pocket_grid
• pocket_sps() : pocket_grid
• pocket_static_grid() : pocket_grid
• pocket_surface_dist() : pocket_grid
• pocket_surface_score() : pocket_grid
• pocket_zero_derivatives() : constraints
• poi() : willmatch
• poidis() : willmatch
• point2lines2() : app::surface_docking::surf_param
• point2lines3() : app::surface_docking::surf_param
• point_intersect_plane() : app::surface_docking::surf_param
• point_value16() : numeric::kinematic_closure
• point_value2() : numeric::kinematic_closure
• point_value4() : numeric::kinematic_closure
• point_value6() : numeric::kinematic_closure
• point_value8() : numeric::kinematic_closure
• polar_charge_cutoff() : sasa
• poll_frequency() : rbe
• polyProduct12x4() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct2x2() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct4sq() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct4x2() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct4x4() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct6x6() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct8sq() : numeric::kinematic_closure
• polyProduct8x8() : numeric::kinematic_closure
• pool() : evaluation
• pop_from_ss() : ms
• pop_size() : ms
• popLigands() : loadPDB
• population_weight() : cluster
• port() : inout::dbms
• pose_from_params() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• pose_from_pdb() : src
• pose_from_pubchem() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• pose_from_rcsb() : pyrosetta::toolbox , pyrosetta::toolbox::rcsb , toolbox , toolbox::rcsb
• pose_from_sequence() : pyrosetta , pyrosetta::toolbox::mutants , src , toolbox::mutants
• pose_input_stream() : jd2
• pose_ligand_res() : magnesium
• pose_metrics() : pose_metrics
• pose_normal_angle_max() : mp
• pose_scoring() : demo::D020_Pose_scoring
• pose_segment_ends() : sewing
• pose_segment_starts() : sewing
• pose_structure() : demo::D010_Pose_structure
• position_from_topo() : mp::setup
• post_minimize() : dna::specificity
• postproc() : exclude
• potential_cap() : pb_potential
• pow() : ObjexxFCL
• PP() : numeric::crick_equations
• pq_schema() : inout::dbms
• pre_minimize() : dna::specificity
• pre_pack() : dna::specificity
• pre_process() : pH
• pre_talaris2013_geometries() : mistakes::chemical
• predicted_burial_fn() : evaluation
• prefix() : antibody , contactMap , matdes , ms::checkpoint , out , ProQ , templates
• preminimize() : stepwise
• preminimize_motif_pdbs() : motifs
• preminimize_motif_pdbs_sconly() : motifs
• prep_align_prot_to() : pepspec
• prep_rot_std_dev() : pepspec
• prep_trans_std_dev() : pepspec
• prep_use_ref_rotamers() : pepspec
• prepareBoostLibs() : BuildPackagedBindings
• prepareMiniLibs() : BuildBindings
• preparePythonLibs() : BuildPackagedBindings
• prepareRosettaLibs() : BuildPackagedBindings
• preprocessing_script_version() : antibody
• preserve_c_beta() : packing
• preserve_crystinfo() : in
• preserve_header() : run
• pretend_no_ddG_repulsion() : optE
• prevent_auto_setup_metal_bb_variants() : in
• prevent_repacking() : packing
• primary_subsubunit() : smhybrid
• principal_angle() : numeric
• principal_angle_degrees() : numeric
• principal_angle_radians() : numeric
• principal_component_eigenvalues() : numeric
• principal_components() : numeric
• principal_components_and_eigenvalues() : numeric
• principal_components_and_eigenvalues_ndimensions() : numeric
• print() : fmt
• print_() : BuildBindings
• print_all_phi_psi() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• print_all_residue_energies() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• print_colored() : fmt
• print_ddG_breakdown() : mp_ddG , predict_ddG
• print_eggshell() : fingerprint
• print_glossary() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• print_i_calc() : score::saxs
• print_intermediate_pdbs() : cp
• print_motifs() : mh
• print_node_stack() : utility::tag
• print_per_res_diff() : ddg
• print_point() : numeric::kdtree
• print_points() : numeric::kdtree
• print_probabilities() : numeric
• print_pymol_selection() : packing
• print_rdc_values() : rdc
• print_reports() : cp
• print_score_labels_to_file() : mp_ddG , predict_ddG
• print_scores() : mh
• print_surf_move() : app::surface_docking::surf_param
• print_template_script() : parser
• print_tree() : numeric::kdtree
• printf() : fmt
• printMatrix() : numeric::kinematic_closure
• printResList() : loadPDB
• printTranspose() : numeric::kinematic_closure
• printVector() : numeric::kinematic_closure
• printWikiTable() : options_class
• pro_close_planar_constraint() : score
• prob_terminus_ramapert() : lh
• probabilities() : canonical_sampling::probabilities
• probe_radius() : sasa
• probe_specificity() : dna::design
• proc_id() : run
• process() : basic::options
• process_file() : ObjexxFCL
• process_ligrot_separately() : enzdes
• process_store() : abinitio
• product() : numeric
• prof_bug() : ProQ
• prof_reset() : basic
• prof_show() : basic
• prof_start_function_body() : basic
• prof_stop_function_body() : basic
• profile() : run
• profile_score() : frags::scoring
• prohibit_D_at_negative_phi() : cyclic_peptide
• prohibit_L_at_positive_phi() : cyclic_peptide
• proj_angl() : numeric
• projection_matrix() : numeric
• ProQ() : ProQ
• protein() : stepwise::protein
• protein_dielectric() : score
• protein_prepack() : stepwise::protein
• protein_scan() : dna::design
• protocol() : docking::ligand , parser , run
• protonated_H1_adenosine_list() : stepwise::rna
• pSer2Asp_centroid() : flexPepDocking
• pSer2Glu_centroid() : flexPepDocking
• pseudosym() : smhybrid
• psipred_ss2() : in::file
• pssm() : in::file
• publication() : chemically_conjugated_docking , FloppyTail
• pure_movebb_substitutions_scale() : flexpack::annealer
• put_intra_into_total() : score
• pymol_chains() : basic
• pythag() : numeric::linear_algebra
• python_class_name() : binder
• python_function_name() : binder