- t -

• T() : basic
• t() : in::file
• T() : tools::CppParser
• TAB() : ObjexxFCL
• table_exists() : basic::database
• taboo_in_fa() : loops
• taboo_sampling() : loops
• tag() : matdes , resample , rna::farna , rot_anl
• tagfile() : in::file
• taglist() : willmatch
• tags() : in::file
• tags1() : stepwise
• tags2() : stepwise
• tail_mode() : krassk
• tail_mode_name() : krassk
• tail_output_file_name() : krassk
• TailSegment() : TailSegment
• talos_cs() : in::file
• talos_phi_psi() : in::file
• target() : hotspot
• target_aa() : motifs
• target_dist() : hotspot
• target_dna_defs() : motifs
• target_res() : hotspot
• target_residues() : in
• targetdir() : evolution
• task_operations() : task_operations
• temp_final() : MonteCarlo
• temp_initial() : MonteCarlo
• temperature() : abinitio , ddg , docking , loops::ccd , magnesium::montecarlo , remodel::RemodelLoopMover , rigid , rna::farna , smhybrid , stepwise::monte_carlo
• template_argument_to_string() : binder
• template_pdb() : in::file
• template_scores() : cluster
• template_silent() : in::file
• template_specialization() : binder
• templates() : templates
• tensor_weight() : rdc
• terminal_res() : full_model::rna
• termini() : mp
• test() : PyMOL_demo
• test_all_moves() : stepwise
• test_bondangle() : numeric::kinematic_closure
• test_bridgeObjects() : numeric::kinematic_closure
• test_chainParams() : numeric::kinematic_closure
• test_chainTORS() : numeric::kinematic_closure
• test_chainXYZ() : numeric::kinematic_closure
• test_cross() : numeric::kinematic_closure
• test_cycles() : run
• test_dixon() : numeric::kinematic_closure
• test_encapsulation() : stepwise
• test_eucDistance() : numeric::kinematic_closure
• test_frame() : numeric::kinematic_closure
• test_if_schema_is_valid() : utility::tag
• test_name() : self-test , TestBindings
• test_point_value2() : numeric::kinematic_closure
• test_polyProduct2x2() : numeric::kinematic_closure
• test_polyProduct4sq() : numeric::kinematic_closure
• test_polyProduct4x2() : numeric::kinematic_closure
• test_polyProduct4x4() : numeric::kinematic_closure
• test_polyProduct6x6() : numeric::kinematic_closure
• test_rotateX() : numeric::kinematic_closure
• test_scpn() : numeric::kinematic_closure
• test_sincos() : numeric::kinematic_closure
• test_torsion() : numeric::kinematic_closure
• test_triangle() : numeric::kinematic_closure
• test_triaxialCoefficients() : numeric::kinematic_closure
• testing() : AnchoredDesign::testing , testing
• tether_jump() : stepwise::rna
• tether_ligand() : docking::ligand
• tether_to_closest_res() : magnesium
• tgt_amino() : pose_metrics::shobuns
• tgt_atom() : pose_metrics::shobuns
• tgt_res() : pose_metrics::shobuns
• thickness() : membrane , mp , mp::viewer , mp::visualize
• thinout_factor() : cluster
• thorough() : relax
• thread_unaligned() : james
• threads() : gpu , packstat
• threadsc() : threadsc
• three_fold_symmetry_90_210_330() : make_rot_lib
• threshold() : hotspot
• threshold_for_boost_closure() : remodel::RemodelLoopMover
• throw_error() : utility::json_spirit
• throw_exception() : boost
• tilt() : docking
• tilt1_center() : docking
• tilt2_center() : docking
• tilt_angle() : mp::benchmark::tilt_angle
• timer() : loops , run
• timestamp() : utility
• timestamp_short() : utility
• tk_get_directory() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::input
• tk_get_file() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::input
• TMprojection() : mp
• to_degrees() : numeric::conversions , numeric::kinematic_closure::radians
• to_hex_char() : utility::json_spirit
• to_radians() : numeric::conversions , numeric::kinematic_closure::radians
• to_str() : utility::json_spirit
• to_string() : utility
• toCen() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::protocols
• toDeg() : coordlib
• toFA() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::protocols
• token_type_name() : numeric::expression_parser
• tolerance() : loops::ccd
• top_designs() : antibody::design
• topN() : templates::cst , templates::fragsteal
• topology_file() : jumps
• topology_rank_cutoff() : templates
• toRad() : coordlib
• torsion() : coordlib , numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• torsion_bin_probs() : in::file
• torsion_thresholds() : james
• torsionsMCM() : flexPepDocking
• total_weight() : rdc
• TR() : basic::database::schema_generator , basic::database
• tr() : basic::datacache
• TR() : basic::datacache , basic::mpi , basic::options , basic
• TR_hh() : basic::datacache
• trajectory() : backrub
• trajectory_gz() : backrub
• trajectory_stride() : backrub
• trans_mag_smooth() : fold_and_dock
• trans_magnitude() : enzdes
• transaction_mode_from_name() : utility::sql_database
• transform() : mp::transform
• transform_into_membrane() : mp::setup
• transform_percentile() : numeric::kdtree
• transform_percentile_single_pt() : numeric::kdtree
• transformCoords() : loadPDB
• transformResCoords() : loadPDB
• transition_threshold() : canonical_sampling::sampling
• Translate_to_center() : app::surface_docking::surf_param
• Translate_up() : app::surface_docking::surf_param
• translatePDB() : loadPDB
• translation() : rigid
• transpose_product() : numeric
• transpose_so3() : numeric::fourier
• transposed() : ObjexxFCL
• treat_residues_in_these_chains_as_separate_chemical_entities() : in::file
• trg_anchor() : threadsc
• trg_chain() : threadsc
• trg_first_resid() : threadsc
• triangle() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• triaxialCoefficients() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• trim() : ObjexxFCL , utility
• trim_proportion() : wum
• trim_whitespace() : ObjexxFCL
• trimmed() : ObjexxFCL
• trimmed_compare() : utility
• trimmed_whitespace() : ObjexxFCL
• truefalseoption() : basic::options
• truncate_and_serialize_xyz_vector() : numeric
• trytry_ifstream_open() : utility::file
• trytry_ofstream_open() : utility::file
• turn_off_rna_chem_map_during_optimize() : stepwise::rna
• tweak_sxfn() : docking::ligand
• two_body() : rotamerdump
• two_chain_tree() : remodel
• two_fold_symmetry_0_180() : make_rot_lib
• two_fold_symmetry_135_315() : make_rot_lib
• two_ubiquitins() : chemically_conjugated_docking
• type() : frags::contacts
• type_of() : ObjexxFCL
• type_of< char >() : ObjexxFCL
• type_of< std::string >() : ObjexxFCL
• typename_from_type_decl() : binder