- l -

• l() : in::file
• L() : ObjexxFCL::format
• l1_template() : antibody
• l2_template() : antibody
• l3_template() : antibody
• L_alpha_comp_file() : cyclic_peptide
• L_beta_comp_file() : cyclic_peptide
• large_frag_mover_stage1_weight() : broker
• last_accepted_pose_dir() : ddg
• last_index() : ObjexxFCL
• last_namespace() : binder
• layer() : flxbb::layer
• layer_lines() : score::fiber_diffraction
• layered_sasa() : bunsat_calc2
• lazy_ig() : packing
• lazy_silent() : in::file
• lazy_silent_file_reader() : jd2
• lbfgs_M() : optimization
• ldsrbb_high_scale() : score
• ldsrbb_low_scale() : score
• ldsrbb_maxlength() : score
• ldsrbb_minlength() : score
• le_tol() : numeric , ObjexxFCL
• lead_zero_Fstring_of() : ObjexxFCL
• lead_zero_string_of() : ObjexxFCL
• leave_antiparallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands() : sewing
• leave_certain_model_ids() : sewing
• leave_models_by_ss_num() : sewing
• leave_models_with_E_terminal_ss() : sewing
• leave_models_with_H_terminal_ss() : sewing
• leave_other_waters() : magnesium
• leave_parallel_way_H_bonded_models_by_terminal_strands() : sewing
• leave_these_model_ids() : sewing
• left() : ufv
• left_Fstring_of() : ObjexxFCL
• left_justified() : ObjexxFCL
• left_justify() : ObjexxFCL
• left_string_of() : ObjexxFCL
• legacy_fastdens_score() : edensity
• legacy_kic() : loops
• len() : ObjexxFCL
• len_trim() : ObjexxFCL
• len_trim_whitespace() : ObjexxFCL
• length() : app::surface_docking::surf_param , Equations , hotspot , PhiPsi
• length_dep_srbb() : score
• length_of_message() : utility::tag
• LETTERS() : utility
• level() : out , packing::ex1 , packing::ex1aro , packing::ex1aro_exposed , packing::ex2 , packing::ex2aro , packing::ex2aro_exposed , packing::ex3 , packing::ex4 , packing::exdna
• levels() : out
• lge() : ObjexxFCL
• lgt() : ObjexxFCL
• lh() : lh
• lh_cbreak_selection() : remodel
• lh_closure_filter() : remodel
• lh_ex_limit() : remodel
• lh_filter_string() : remodel
• library_expiry_time() : lh
• lig() : mh::filter
• lig_name() : match
• lig_packer_weight() : enzdes
• ligand() : docking::ligand
• ligand_motif_sphere() : motifs
• ligand_res() : magnesium
• ligand_rotamer_index() : match
• light_chain() : antibody
• light_heavy_template() : antibody
• limit_aroma_chi2() : relax
• limit_bad_scores() : optE
• limit_cluster_size() : cluster
• limit_cluster_size_percent() : cluster
• limit_clusters() : cluster
• limit_dist_matrix() : cluster
• limit_per_pair() : mh::dump
• limit_total_structures() : cluster
• line_number() : binder
• linear_bonded_potential() : score
• linear_chainbreak_weight() : relax
• linear_interpolate() : numeric
• linearizeLoops() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• linkage_conformer_data_file() : carbohydrates
• linker_cst() : smhybrid
• linmem_ig() : packing
• linmin_only() : cm::hybridize
• lipid_acc() : mp::lipid_acc
• lipofile() : in::file
• lipsfile() : mp::setup
• list() : in::file
• list_dir() : utility::file
• list_dnaconformers() : motifs
• list_motifs() : motifs
• list_valid_PyMOL_colors() : src::PyMolLink
• listener_tag_to_name() : basic::mpi
• lite() : cluster
• LJ() : ObjexxFCL::format
• lj_hbond_hdis() : corrections::score
• lj_hbond_OH_donor_dis() : corrections::score
• ljust() : ObjexxFCL
• lk_ball_for_bb() : dna::specificity
• lk_ball_ramp_width_A2() : dna::specificity
• lk_ball_water_fade() : dna::specificity
• lk_ball_wtd_prefactors() : dna::specificity
• lk_ball_wtd_tag() : dna::specificity
• lle() : ObjexxFCL
• llt() : ObjexxFCL
• lm_enorm() : numeric::nls
• lm_lmdif() : numeric::nls
• lm_lmpar() : numeric::nls
• lm_printout_std() : numeric::nls
• lm_qrfac() : numeric::nls
• lm_qrsolv() : numeric::nls
• lmmin() : numeric::nls
• load() : app::surface_docking::surf_param , IO , PhiPsi , yaml
• load_all() : yaml
• load_constraints() : app::surface_docking::constraints
• load_disulf() : app::surface_docking::constraints
• load_fasta_from_rcsb() : pyrosetta::toolbox::rcsb , toolbox::rcsb
• load_files() : compare_times
• load_from_pubchem() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• load_from_rcsb() : pyrosetta::toolbox , pyrosetta::toolbox::rcsb , toolbox , toolbox::rcsb
• load_from_silent() : optE
• load_PDB_components() : in::file
• loadAtoms() : loadPDB
• loadProt() : loadPDB
• loadProtein() : loadPDB
• local_max() : numeric::fourier
• local_opt_only() : ddg
• local_redock_only() : stepwise::monte_carlo
• local_relax() : cp
• localbb() : canonical_sampling::probabilities
• lock_rings() : rings
• log() : numeric
• log_accepted_moves() : rigid
• log_frags() : abinitio
• log_scores_in_MC() : mc
• long_of() : ObjexxFCL
• longdouble_of() : ObjexxFCL
• loodo() : loodo
• loop2() : chunk
• loop_bb_min_allowed_dev() : enzdes
• loop_close_level() : cm
• loop_combine_rate() : loops
• loop_definition_from_file() : jumps
• loop_file() : loops
• loop_fixed_cost() : score
• loop_generator_trials() : enzdes
• loop_model() : loops
• loop_mov_cterm() : fold_from_loops
• loop_mov_nterm() : fold_from_loops
• loop_mover() : cm
• loop_rebuild_filter() : cm
• loop_string() : lh
• loop_string_to_region() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::general_tools
• loopArea() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• loopBBMovemap() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• loopChiMovemap() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• loopChiPacker() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• loopfcst() : loopfcst
• loophash_cycles() : remodel::RemodelLoopMover
• loophash_filter_acceptance_rate() : abinitio
• LoopModel() : LoopModel
• loopMovemap() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• loopresdef() : lh
• looprlx_cycle_ratio() : loops
• loops() : cluster , loops
• loops_as_strings_to_regions() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::general_tools
• loops_subset() : loops
• loopscores() : loops
• loopsizes() : lh
• lores() : stepwise
• lores_scan() : magnesium
• lores_scorefxn() : rna::farna
• loud() : loodo
• low_patch() : docking
• low_res_protocol_only() : docking
• lowercase() : ObjexxFCL
• LOWERCASE_ALPHANUMERICS() : utility
• LOWERCASE_LETTERS() : utility
• lowercased() : ObjexxFCL
• lowest_x_decoys() : ddg
• lowres() : mp::dock
• lowres_abinitio() : flexPepDocking
• lowres_preoptimize() : flexPepDocking
• lpad() : ObjexxFCL
• lpadded() : ObjexxFCL
• Lrmsd() : evaluation
• lshift128() : numeric::random
• lstrip() : ObjexxFCL
• lstrip_whitespace() : ObjexxFCL
• lstripped() : ObjexxFCL
• lstripped_whitespace() : ObjexxFCL
• lt_tol() : numeric , ObjexxFCL