- a -

• A() : ObjexxFCL::format
• a() : score::fiber_diffraction
• aa() : mh::match
• aa1() : mh::filter , mh::match
• aa2() : mh::filter , mh::match
• aa_composition_setup_file() : score
• aa_during_build() : ufv
• aa_during_design_refine() : ufv
• aa_repeat_energy_penalty_file() : score
• ABEGO() : frags::ABEGO
• abinitio() : abinitio
• abinitio_cycles() : smhybrid
• abinitio_design() : smhybrid
• about() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• abrelax() : abrelax
• abs() : ObjexxFCL
• abs_difference() : numeric
• accept_aborted_loops() : loops
• accumulate() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• ACHAR() : ObjexxFCL::Fortran
• action() : evolution
• activate_common_simple_type() : utility::tag
• active_site_definition_by_gridlig() : match
• active_site_definition_by_residue() : match
• acyclic() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• adapt_graft() : antibody::design
• add() : numeric
• add_anonymous_option() : basic::options
• add_atom_at_cen() : smhybrid
• add_atom_type_set_parameters() : chemical
• add_backrub_pivots() : antibody::design
• add_buffer_res() : pepspec
• add_cavities() : smhybrid
• add_cid_to_database() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• add_constraints() : cyclization
• add_constraints_to_pose_and_scorefunction() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::input
• add_constructor() : yaml
• add_cst_loop() : fold_from_loops
• add_delete_frequency() : magnesium::montecarlo , stepwise::monte_carlo
• add_esc_char() : utility::json_spirit
• add_esc_chars() : utility::json_spirit
• add_esp() : fingerprint
• add_exit_callback() : utility
• add_extra_bodies() : apps::public1::scenarios::chemically_conjugated_docking
• add_extra_options() : src
• add_graft_log_to_pdb() : antibody::design
• add_implicit_resolver() : yaml
• add_metal_at_0() : smhybrid
• add_multi_constructor() : yaml
• add_multi_representer() : yaml
• add_non_init_chunks() : cm::hybridize
• add_option_to_map() : basic::resource_manager
• add_orbitals() : in
• add_path_resolver() : yaml
• add_point() : PyMOLPyRosettaServer
• add_posn_iter_and_read_range_or_throw() : utility::json_spirit
• add_print_operators() : exclude
• add_proposal_density_factor() : stepwise::monte_carlo
• add_relax_cycles() : fold_from_loops
• add_relevant_include_for_decl() : binder
• add_relevant_includes() : binder
• add_representer() : yaml
• add_res_after() : smhybrid
• add_res_before() : smhybrid
• add_ss_after() : smhybrid
• add_ss_before() : smhybrid
• add_vectors() : PyMOLPyRosettaServer
• add_virt_root() : stepwise::rna
• addasa() : loadPDB
• addContacts() : calccontacts
• addIndices() : loadPDB
• additional_objective_functions() : lh
• additional_packing_ligand_rb_confs() : enzdes
• addMax_radius() : calccontacts
• adducts() : packing
• agg_with_max() : mh::harvest
• AHD_cutoff() : bunsat_calc2
• akash() : AnchoredDesign::akash
• ala_scan() : matdes::mutalyze
• align_pdb() : stepwise
• align_rmsd_column() : evaluation
• align_rmsd_fns() : evaluation
• align_rmsd_format() : evaluation
• align_rmsd_target() : evaluation
• aligner() : cm
• alignment() : in::file , out::file
• alignment2() : in::file
• alignment_res() : stepwise::rna
• alignVectorSets() : numeric
• all() : out::path
• all_atom_mode_kink_constraint() : antibody
• all_hydration_frames() : magnesium
• allow_anchor_repack() : AnchoredDesign
• allow_base_pair_only_centroid_screen() : stepwise::rna
• allow_bulge() : rna::farna
• allow_bulge_at_chainbreak() : stepwise::rna
• allow_chain_boundary_jump_partner_right_at_fixed_BP() : stepwise::rna
• allow_complex_loop_graph() : score
• allow_consecutive_bulges() : rna::farna
• allow_fixed_res_at_moving_res() : stepwise::rna
• allow_flips() : mp::dock
• allow_fragment_moves_in_bps() : rna::farna
• allow_gly() : hotspot
• allow_internal_hinge_moves() : stepwise::monte_carlo
• allow_internal_local_moves() : stepwise::monte_carlo
• allow_jump_in_numbering() : full_model
• allow_lig_move() : loops
• allow_omega_mismatches_for_north_clusters() : antibody
• allow_omega_move() : loops
• allow_proline() : hotspot
• allow_rare_aro_chi() : remodel::design
• allow_skip_bulge() : stepwise::monte_carlo
• allow_split_off() : stepwise::monte_carlo
• allow_submotif_split() : stepwise::monte_carlo
• allow_takeoff_torsion_move() : loops
• allow_variable_bond_geometry() : stepwise::monte_carlo
• allow_virtual_o2prime_hydrogens() : stepwise::rna
• allow_virtual_side_chains() : stepwise::protein
• allowed_bulge_res() : rna::farna
• allowed_closure_attempts() : remodel::RemodelLoopMover
• allowed_pdb() : frags
• allowed_residues_by_position() : cyclic_peptide
• aln_format() : cm
• aln_length_filter() : cm
• aln_length_filter_quantile() : cm
• ALPHA() : numeric::crick_equations
• alpha_increment() : sample_around
• ALPHANUMERICS() : utility
• alternate_3_letter_codes() : in
• alternative_closure_protocol() : loops
• always_remodel_full_loop() : loops
• ambig_talos_cs_A() : in::file
• ambig_talos_cs_B() : in::file
• AminoAcidTable() : PDBInfo
• analytic_etable_evaluation() : score
• analyze_interface() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_loops() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_packing() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• analyze_vip() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::analysis
• anchor() : AnchoredDesign
• anchor_noise_constraints_mode() : AnchoredDesign::testing
• anchor_offset() : ms
• anchor_type() : pepspec
• anchor_via_constraints() : AnchoredDesign::testing
• AnchoredDesign() : AnchoredDesign
• angle() : Equations , hotspot , matdes , PhiPsi
• angle_cutoff() : mp::lipid_acc
• angle_degrees() : numeric
• angle_degrees_double() : numeric
• angle_in_range() : basic
• angle_max() : mp::quickrelax , relax::range
• angle_of() : numeric
• angle_p1_deriv() : numeric::deriv
• angle_p1_p2_p3_deriv() : numeric::deriv
• angle_p2_deriv() : numeric::deriv
• angle_radians() : numeric
• angle_radians_double() : numeric
• angle_res() : hotspot
• annealer() : flexpack::annealer , rotamerdump
• annotate() : exclude , frags
• annotate_ring_edges() : utility::graph
• anti_parallel_vector() : app::surface_docking::surf_param
• anti_polar_weight() : mh::score
• antibody() : antibody
• antibody_database() : antibody::design
• apbs_debug() : pb_potential
• apbs_path() : pb_potential
• append_constraints() : app::surface_docking::append_data
• append_data() : app::surface_docking::surface_docking
• append_double() : utility::json_spirit
• append_esc_char_and_incr_iter() : utility::json_spirit
• append_hbonds() : app::surface_docking::append_data
• append_name_and_attributes_to_complex_type() : utility::tag
• append_required_name_and_attributes_to_complex_type() : utility::tag
• append_rmsd() : app::surface_docking::append_data
• append_scores() : app::surface_docking::append_data
• apply_constraints() : app::surface_docking::constraints
• apply_disulf() : app::surface_docking::constraints
• approximate_decoy_entropy() : optE
• arccos() : numeric
• archive() : archive , run
• are_coplanar() : numeric::geometry
• arg() : fmt
• arg_greatest_several() : utility
• arg_least_several() : utility
• arg_max() : utility
• arg_min() : utility
• arg_sweep_cutoff() : enzdes
• arg_sweep_interface() : enzdes
• argmax() : utility
• argmin() : utility
• armijo_min_stepsize() : optimization
• aromatic_motifs() : motifs
• ask_append_rc() : setup_pyrosetta
• aspartimide_penalty_value() : score
• assembly() : assembly
• assembly_type() : sewing
• assign_gasteiger_atom_types() : in::file
• assign_ss() : rescore
• atom_mask() : edensity
• atom_mask_min() : edensity
• atom_names() : james
• atom_pair_cst_weight() : antibody::design
• atom_radius_buffer() : fingerprint
• atom_radius_scale() : fingerprint
• atom_scores() : holes
• atom_tree_diff() : in::file , out::file
• atom_tree_diff_bb() : out::file
• atom_tree_diff_bl() : out::file
• atom_tree_diff_sc() : out::file
• atomic_burial_cutoff() : pose_metrics
• atr_rep_screen() : stepwise
• atr_rep_screen_for_docking() : stepwise
• attach_as_sc() : smhybrid
• attach_as_sc_sub() : smhybrid
• attach_atom() : smhybrid
• attach_rsd() : smhybrid
• attached_pdb() : ufv::insert
• attempt_pyrimidine_flip() : rna::farna::erraser
• auto_frag_insertion_weight() : cm::hybridize
• auto_generate_kink_constraint() : antibody
• auto_setup_metals() : in
• auto_tune() : cluster
• autofilter() : rna::farna
• axisangle_to_rot() : loadPDB