- n -

• n_anchor_dock_std_devs() : pepspec
• n_append() : pepspec
• n_build_loop() : pepspec
• n_candidates() : frags
• n_cgrelax_loop() : pepspec
• n_cycles() : run
• n_design_cycles() : optE
• n_designs() : james
• n_dock_loop() : pepspec
• n_frags() : frags
• n_inner() : dna::specificity
• n_kbins() : edensity
• n_masters() : wum
• n_multi_templates() : antibody
• n_outer() : dna::specificity
• n_peptides() : pepspec
• n_prepend() : pepspec
• n_replica() : run
• n_sample() : stepwise::protein
• n_slaves_per_master() : wum
• n_tail_res() : chemically_conjugated_docking
• n_top_natives_to_optimize() : optE
• name3_property_codes() : in
• name_for_common_type() : utility::tag
• name_from_database_mode() : utility::sql_database
• name_from_transaction_mode() : utility::sql_database
• name_to_listener_tag() : basic::mpi
• named() : constraints
• namespace() : exclude
• namespace_from_full_path() : exclude
• namespace_from_named_decl() : binder
• namespace_of() : exclude
• native() : in::file
• native1() : willmatch
• native2() : willmatch
• native_align() : pepspec
• native_alignment_res() : stepwise::rna
• native_ca_cst() : fold_from_loops
• native_contacts() : in::file
• native_edensity_score_cutoff() : stepwise::rna
• native_exclude_res() : in::file
• native_pep_anchor() : pepspec
• native_pep_chain() : pepspec
• native_virtual_res() : stepwise::rna
• nblist_autoupdate() : run
• nblist_autoupdate_narrow() : run
• nblist_autoupdate_wide() : run
• ncycle() : flxbb
• ncycles() : cp
• ndruns() : packing
• nds_prob() : blivens::disulfide_scorer
• nearest() : numeric , ObjexxFCL
• nearest_angle() : numeric
• nearest_angle_degrees() : numeric
• nearest_angle_radians() : numeric
• nearest_int() : numeric , ObjexxFCL
• nearest_neighbor() : numeric::kdtree
• nearest_neighbors() : numeric::kdtree
• nearest_size() : numeric , ObjexxFCL
• nearest_ssize() : numeric , ObjexxFCL
• neg_r() : matdes::dock
• neighbor_by_distance_cutoff() : pose_metrics
• neighbor_cutoff() : sewing
• neighbor_dis() : antibody::design
• neighbor_dist() : loops
• neighbors() : frags::contacts
• new_chain_order() : in::file
• new_model_file_name() : sewing
• new_move_selector() : stepwise
• new_structures() : canonical_sampling::out
• new_vector1_init() : src
• newdna() : corrections
• nint() : numeric , ObjexxFCL
• njumps() : jumps
• nl_if() : ObjexxFCL::format
• nlint() : ObjexxFCL
• nloop() : dna::specificity , phil
• nloop_scmove() : rot_anl
• nlsrepeat() : rdc
• NMdist() : lh
• nmer_pssm() : score
• nmer_pssm_list() : score
• nmer_pssm_scorecut() : score
• nmer_ref_energies() : score
• nmer_ref_energies_list() : score
• nmer_ref_seq_length() : score
• nmer_svm() : score
• nmer_svm_aa_matrix() : score
• nmer_svm_list() : score
• nmer_svm_pssm_feat() : score
• nmer_svm_scorecut() : score
• nmer_svm_term_length() : score
• nmoves() : mp::quickrelax , relax::range
• nn() : cm
• no_bb_movement() : ddg
• no_binary_dunlib() : in::file
• no_catres_min_in_loopgen() : enzdes
• no_cen() : pepspec
• no_cen_rottrials() : pepspec
• no_chainbreak_in_relax() : jumps
• no_chainend_ter() : out::file
• no_combine_if_fail() : loops
• no_constraints() : ddg
• no_cst_in_relax() : constraints
• no_culling() : templates
• no_design() : optE , pepspec , remodel::design
• no_design_pdb_output() : optE
• no_detailed_balance() : canonical_sampling::sampling
• no_ecalc() : patterson
• no_extra_sdf_data() : out::file
• no_filters() : docking
• no_frags() : AnchoredDesign
• no_global_frame() : cm::hybridize
• no_hb_bb() : mh::filter
• no_hb_env_dependence() : optE
• no_hb_env_dependence_DNA() : optE
• no_hbonds_to_ether_oxygens() : chemical
• no_his_DE_pairE() : corrections::score
• no_his_his_pairE() : corrections::score
• no_interpolate_Mpair() : membrane , mp
• no_jd2_output() : canonical_sampling::probabilities
• no_jumps() : remodel
• no_linearize_bounded() : constraints
• no_lk_polar_desolvation() : score
• no_looprebuild() : loops
• no_minimize() : fold_cst
• no_neighborhood_design() : ufv
• no_nstruct_label() : out
• no_optH() : packing
• no_output() : jd2
• no_output_cen() : out::file
• no_packstat_calculation() : enzdes
• no_pick_fragments() : templates
• no_prepack_prot() : pepspec
• no_pro_close_ring_closure() : score
• no_prof_info_in_silentout() : run
• no_randomize_loop() : loops
• no_recover_low_at_constraint_switch() : fold_cst
• no_rotamer_bump() : motifs
• no_sample_ss_jumps() : jumps
• no_scorefile() : run
• no_scores_in_pdb() : out::file
• no_shear() : jumps
• no_smooth_etables() : score
• no_unconstrained_repack() : enzdes
• no_wobble() : jumps
• no_write_failures() : abinitio
• nodelay() : run
• nodisulf() : mh::filter
• nohelix() : mh::score
• noloops() : mh::filter , mh::score
• non_helix() : mp
• non_ideal_loop_closing() : loops
• non_printable_to_string() : utility::json_spirit
• nonideal() : optimization
• nonlocal() : frags::nonlocal , nonlocal
• nonlocal_pairs() : frags
• nonnegative_principal_angle() : numeric
• nonnegative_principal_angle_degrees() : numeric
• nonnegative_principal_angle_radians() : numeric
• nonpivot_torsion_sampling() : loops
• nooutput() : out
• nopdb() : dna::design
• norepack1() : docking
• norepack2() : docking
• norm() : numeric::kinematic_closure
• normal() : mp::setup
• normal_angle_delta() : mp
• normal_angle_start() : mp
• normal_cycles() : membrane
• normal_delta_angle() : membrane
• normal_mag() : membrane
• normal_max_angle() : membrane
• normal_search() : membrane
• normal_search_cycles() : mp
• normal_start() : mp
• normal_start_angle() : membrane
• normal_vector() : app::surface_docking::surf_param
• normalization_id() : PCS , PCSTS1 , PCSTS2 , PCSTS3 , PCSTS4
• normalize() : numeric , ProQ , PyMOLPyRosettaServer
• normalize_context() : tools::CppParser
• normalize_decoy_score_spread() : optE
• normalize_mixture_func() : constraints
• normalize_score_ncontact() : mh
• normalize_to_thk() : mp::output
• normalto3points() : app::surface_docking::surf_param
• nosheets() : mh::score
• noshmem() : boinc
• not_blank() : ObjexxFCL
• not_equal_length() : numeric
• not_restype() : mh::filter
• not_restype_one() : mh::filter
• not_whitespace() : ObjexxFCL
• notify() : ObjexxFCL::internal::ObserverMediator
• nproc() : run
• nr_large_copies() : frags , templates
• nr_scored_fragments() : fast_loops
• nr_scored_sampling_passes() : fast_loops
• nr_small_copies() : templates
• nrbmoves() : RBSegmentRelax
• nrboutercycles() : RBSegmentRelax
• nres() : threadsc
• nres_mono() : smhybrid
• nshells() : patterson
• nsint() : ObjexxFCL
• nstep_water() : dna::specificity
• nstruct() : out
• nstruct_centroid() : stepwise::protein
• Ntermini() : in
• ntrials() : backrub , canonical_sampling::sampling , jd2
• NULLC() : ObjexxFCL
• num_clusters() : cmiles::kcluster
• num_desired_loops() : loops
• num_edges_to_follow() : sewing
• num_fragments() : cm::sanitize
• num_frags() : loodo
• num_iterations() : casp
• num_min_rebuild() : cyclization
• num_models_to_dump() : sewing
• num_packs() : ms
• num_partitions() : lh
• num_points() : mp::viewer
• num_pose_minimize() : stepwise
• num_procs() : sewing
• num_random_samples() : stepwise
• num_repacks() : motifs
• num_repeats() : sewing
• num_segments_to_match() : sewing
• num_subs_building_block() : matdes
• num_subs_total() : matdes
• num_trajectory() : remodel
• number_3mer_frags() : abinitio
• number_9mer_frags() : abinitio
• number_of_swarm_cycles() : optE
• number_of_swarm_particles() : optE
• numbering_scheme() : antibody
• numchanges() : numeric::kinematic_closure
• NUMERALS() : utility
• numresults() : ms
• numroots() : numeric::kinematic_closure
• NV_lbound() : score
• NV_table() : score
• NV_ubound() : score