- s -

• s() : in::file
• s1() : stepwise
• s2() : stepwise
• safe_dump() : yaml
• safe_dump_all() : yaml
• safe_load() : yaml
• safe_load_all() : yaml
• safely_create_singleton() : utility::thread
• safely_prepare_statement() : basic::database
• safely_read_from_database() : basic::database
• safely_write_to_database() : basic::database
• same_ignoring_spaces() : utility
• sample_around() : sample_around
• sample_beta() : stepwise::protein
• sample_both_sugar_base_rotamer() : stepwise::rna
• sample_dna_interface() : demo::D110_DNA_interface
• sample_docking() : demo::D100_Docking
• sample_folding() : demo::D060_Folding
• sample_high_energy_conformers() : rings
• sample_ligand_interface() : demo::D120_Ligand_interface
• sample_omega_at_pre_prolines() : loops
• sample_ONLY_multiple_virtual_sugar() : stepwise::rna
• sample_over_loops() : remodel::staged_sampling
• sample_pcs() : flexPepDocking
• sample_refinement() : demo::D070_Refinement
• sample_res() : full_model
• sample_single_loop_modeling() : demo::D080_Loop_modeling
• sample_sugar_res() : full_model::rna
• sample_weight_file() : lh
• sample_zero_probs_at() : antibody::design
• sampler_allow_syn_pyrimidine() : stepwise::rna
• sampler_assert_no_virt_sugar_sampling() : stepwise::rna
• sampler_extra_beta_rotamer() : stepwise::rna
• sampler_extra_chi_rotamer() : stepwise::rna
• sampler_extra_epsilon_rotamer() : stepwise::rna
• sampler_include_torsion_value_in_tag() : stepwise::rna
• sampler_max_centroid_distance() : stepwise::rna
• sampler_num_pose_kept() : stepwise::rna
• sampler_perform_phosphate_pack() : stepwise::rna
• sampler_silent_file() : stepwise
• sampler_try_sugar_instantiation() : stepwise::rna
• sampling() : canonical_sampling::sampling
• sampling_prob() : rigid
• sandbox() : lh
• sanitize() : cm::sanitize
• sasa() : AnchoredDesign::filters , mh::filter , sasa
• sasa_burial_cutoff() : bunsat_calc2
• sasa_calculator_probe_radius() : pose_metrics
• SASAfilter() : chemically_conjugated_docking
• save_all_pdbs() : pepspec
• save_basic_blueprint() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_basic_resfile() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_FASTA() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_FASTA_PDBLIST() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_loop_file() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_loops_only() : canonical_sampling::sampling
• save_low_pdbs() : pepspec
• save_param_path_list() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_resfile_w_designdic() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• save_times() : out
• save_top() : remodel
• saveSeqFile() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• saxs() : score::saxs
• sbisect() : numeric::kinematic_closure
• sc() : canonical_sampling::probabilities
• sc_cst_maxdist() : relax
• sc_min() : antibody , casp , docking
• sc_min_only() : ddg
• sc_min_res() : docking
• sc_only() : hotspot
• sc_prob() : backrub
• sc_prob_perturbcurrent() : canonical_sampling::probabilities
• sc_prob_uniform() : backrub , canonical_sampling::probabilities
• sc_prob_withinrot() : backrub , canonical_sampling::probabilities
• sc_sc_bump_cutoff() : enzdes
• sc_scaling() : edensity , patterson
• sc_stats() : orbitals
• scaffold_active_site_residues() : match
• scaffold_active_site_residues_for_geomcsts() : match
• scalar_multiply() : PyMOLPyRosettaServer
• scalar_product() : numeric
• scalar_triple_product() : Equations , PhiPsi
• scale_axes() : PyMOLPyRosettaServer
• scale_d() : optimization
• scale_normalmode_dampen() : optimization
• scale_rb() : optimization
• scale_rbangle() : optimization
• scale_theta() : optimization
• scan() : magnesium , yaml
• scanning() : demo::D090_Ala_scan
• scanning_analysis() : demo::D090_Ala_scan
• scattach_res_files() : smhybrid
• scientific_Fstring_of() : ObjexxFCL
• scientific_string_of() : ObjexxFCL
• scipy() : numeric::kinematic_closure
• scmin_cartesian() : optimization
• scmin_nonideal() : optimization
• scmove() : rot_anl
• score() : AnchoredDesign::filters , corrections::score , mh::filter , mh::score , out::path , rigid , score
• score12prime() : corrections::score
• score_across_chains_only() : mh
• score_between_opposite_terminal_segments() : sewing
• score_cut() : magnesium
• score_cut_fl() : boinc
• score_cut_pct() : boinc
• score_cut_PDB() : magnesium
• score_cut_smart_throttle() : boinc
• score_diff_cut() : cluster , stepwise::protein
• score_exclude_res() : evaluation
• score_file_name() : sewing
• score_filter() : flexPepDocking
• score_filter_cutoff() : loops
• score_function() : dna::specificity
• score_only() : out::file , run
• score_output_silent() : frags
• score_PDBLIST() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• score_pdbs() : mh
• score_pose_cutpoint_variants() : score
• score_sliding_window_context() : edensity
• score_sscore_maxloop() : evaluation
• score_sscore_short_helix() : evaluation
• score_symm_complex() : edensity
• score_type() : blivens
• score_with_rmsd() : evaluation
• scorecut() : out
• scored_frag_cycles() : loops
• scored_hydrogen_sampling() : magnesium
• scorefile() : out::file
• scorefile_format() : out::file
• scorefilter() : chemically_conjugated_docking
• scores() : mh::path
• scores_BB_BB() : mh::path
• scores_BB_PH() : mh::path
• scores_BB_PO() : mh::path
• scores_frags() : mh::path
• scores_PH_PO() : mh::path
• scores_SC_BB() : mh::path
• scores_SC_SC() : mh::path
• scoring() : frags::scoring , mp::scoring
• scpn() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• scratch() : out::path
• screening_job_file() : in::file
• screening_list() : in::file
• script() : relax
• script_max_accept() : relax
• script_vars() : parser
• scwrl() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• sdf2mdl() : pyrosetta::toolbox::load_ligand , toolbox::load_ligand
• sec() : numeric
• secmatch_Ecutoff() : enzdes
• secondary_seqdep_refene_fname() : score
• secondary_structure_file() : DenovoProteinDesign
• SecondaryStructure() : PhiPsi
• secstruct() : mp , rna::farna
• secstruct_file() : rna::farna
• secstruct_general() : rna::farna
• secstruct_general_file() : rna::farna
• seed_ensemble() : jd2
• seed_ensemble_weights() : jd2
• seed_ensemble_weights_file() : jd2
• seed_offset() : run
• seg_string() : lh
• segment_file() : rdc
• segment_scoring_mode() : rdc
• select_best_loop_from() : loops
• select_structures_from_database() : in
• selecting_rule() : frags::picking
• selecting_scorefxn() : frags::picking
• semiex_water_burial_cutoff() : pose_metrics
• send_char_to_node() : utility
• send_data_to_head_node() : basic::mpi
• send_double_to_node() : utility
• send_doubles_to_node() : utility
• send_integer_to_node() : utility
• send_integers_to_node() : utility
• send_string_to_node() : utility
• sep_aa() : mh::harvest
• sep_aa1() : mh::harvest
• sep_aa2() : mh::harvest
• sep_bb_ss() : in::rdf
• sep_bfac() : mh::harvest
• sep_dist() : mh::harvest
• sep_dssp() : mh::harvest
• sep_hb() : mh::harvest
• sep_lj() : mh::harvest
• sep_nbrs() : mh::harvest
• sep_ss() : mh::harvest
• sep_switch_accelerate() : jumps
• separate_db_per_mpi_process() : inout::dbms
• seq() : in::file
• seq_align() : pepspec
• seq_design_profile_samples() : antibody::design
• seq_design_stats_cutoff() : antibody::design
• seq_score() : cm
• seq_sep_stages() : fold_cst
• seqdep_refene_fname() : score
• seqsep() : mh::filter
• seqsim_E() : frags
• seqsim_H() : frags
• seqsim_L() : frags
• sequence() : relax , rna::farna
• sequence_file() : cyclic_peptide , relax
• sequence_recovery() : mh
• sequence_separation() : rigid
• sequential() : casp , utility::keys
• sequential_mpi_job_distribution() : jd2
• serialize() : numeric , yaml
• serialize_all() : yaml
• server_port() : rbe
• server_url() : rbe
• Set() : pyrosetta , src , src::utility
• set_anchor_at_closest_point() : fold_and_dock
• set_atom_properties() : chemical
• set_atomic_charge() : chemical
• set_boolean_option() : basic::options
• set_boolean_vector_option() : basic::options
• set_cache_size() : basic::database
• set_default_call_policies() : exclude
• set_file_option() : basic::options
• set_file_vector_option() : basic::options
• set_integer_option() : basic::options
• set_integer_vector_option() : basic::options
• set_logging_handler() : pyrosetta::logging_support , src::logging_support
• set_main_exit_callback() : utility
• set_option() : basic::options
• set_origin() : fingerprint
• set_patch_atomic_charge() : chemical
• set_pddf_filter() : filters
• set_protein_esp_to_zero() : fingerprint
• set_real_option() : basic::options
• set_real_vector_option() : basic::options
• set_saxs_filter() : filters
• set_segment() : remodel::RemodelLoopMover
• set_spectrum() : PyMOLPyRosettaServer
• set_string_option() : basic::options
• set_string_vector_option() : basic::options
• set_surface_esp_to_zero() : fingerprint
• set_tm_helical() : relax::range
• set_weights() : score
• setLoopBreak() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::loops
• setup() : broker , mp::setup
• setup_held_type() : exclude
• setup_tag2string() : basic
• sewing() : sewing
• sf() : out
• sformat_idxof() : numeric::random
• shap_dun10_dir() : corrections::shapovalov_lib
• shap_dun10_enable() : corrections::shapovalov_lib
• shap_dun10_smooth_level() : corrections::shapovalov_lib
• shap_dun10_use_minus_log_P_ignore_P() : corrections::shapovalov_lib
• shap_p_aa_pp() : corrections::shapovalov_lib
• shap_p_aa_pp_enable() : corrections::shapovalov_lib
• shap_p_aa_pp_smooth_level() : corrections::shapovalov_lib
• shap_rama_enable() : corrections::shapovalov_lib
• shap_rama_map() : corrections::shapovalov_lib
• shap_rama_nogridshift() : corrections::shapovalov_lib
• shap_rama_smooth_level() : corrections::shapovalov_lib
• shapovalov_lib() : corrections::shapovalov_lib
• shapovalov_lib_fixes_enable() : corrections
• shear_moves() : docking::ligand
• shear_on() : FloppyTail
• sheets() : jumps
• sho_cutoff() : pose_metrics::shobuns
• shobuns() : pose_metrics::shobuns
• short_frag_cycles() : loops
• short_of() : ObjexxFCL
• short_tail() : FloppyTail::short_tail
• short_tail_fraction() : FloppyTail::short_tail
• short_tail_off() : FloppyTail::short_tail
• shorten_long_terminal_loop() : loops
• show_accessed_options() : out
• show_accessed_options_T() : utility::options
• show_all_fixes() : in
• show_extended() : AnchoredDesign
• show_license() : app::pyrosetta_toolkit::modules::help
• show_option_map() : basic::resource_manager
• show_option_vector_map() : basic::resource_manager
• show_simulation_in_pymol() : run
• show_time() : basic
• show_time_on_cerr() : basic
• show_unused_options() : out
• show_unused_options_T() : utility::options
• showPose() : app::pyrosetta_toolkit::modules::tools::output
• SHRINK_FACTOR() : basic
• shrink_pos_step() : templates
• shrink_step() : templates
• shuffle() : run
• shuffle_nstruct() : out
• shuffle_screening_jobs() : in::file
• sicdock() : sicdock
• sidechain_buried() : score
• sidechain_exposed() : score
• sidechain_only() : pb_potential
• sigmoid_cs_A() : frags
• sigmoid_cs_B() : frags
• sign() : numeric::linear_algebra , numeric , ObjexxFCL
• sign_transfered() : numeric
• signbit() : fmt::internal
• silent() : basic::options , in::file , out::file , resample
• silent1() : stepwise
• silent2() : stepwise
• silent_energy_cut() : in::file
• silent_gz() : out
• silent_list() : in::file
• silent_preserve_H() : out::file
• silent_print_all_score_headers() : out::file
• silent_read_through_errors() : in::file
• silent_renumber() : in::file
• silent_score_prefix() : in::file
• silent_scores_wanted() : in::file
• silent_select_random() : in::file
• silent_select_range_len() : in::file
• silent_select_range_mul() : in::file
• silent_select_range_start() : in::file
• silent_struct_type() : in::file , out::file
• sim_replace_obj() : lh
• similarity_measure() : lh
• similarity_method() : lh
• similarity_reference() : lh
• similarity_tolerance() : lh
• simple_append_map() : stepwise::rna
• simple_relax() : rna::farna
• simultaneous_cycles() : remodel::RemodelLoopMover
• sin_cos_range() : numeric
• sin_of() : numeric
• sinc() : numeric::statistics
• sincos() : numeric::kinematic_closure::radians , numeric::kinematic_closure
• SINFXN() : numeric::crick_equations
• single_chain() : frags::nonlocal
• single_loop_ensemble_size() : enzdes
• sinh_taylor() : numeric::statistics
• size() : ObjexxFCL
• sized() : ObjexxFCL
• skim_size() : lh
• skip() : ObjexxFCL::format , rescore , utility::io
• skip_1mers() : loops
• skip_3mers() : loops
• skip_9mers() : loops
• skip_align() : cluster
• skip_bulge_frequency() : stepwise::monte_carlo
• skip_ccd_moves() : loops
• skip_connect_info() : inout
• skip_convergence_check() : abinitio
• skip_coord_constraints() : rna::farna::minimize , stepwise::protein
• skip_deletions() : stepwise::monte_carlo
• skip_failed_simulations() : in::file
• skip_filters() : sewing
• skip_fragment_moves() : RBSegmentRelax
• skip_initial_loop_build() : loops
• skip_loop_generation() : sewing
• skip_minimize() : rna::farna::erraser , stepwise
• skip_o2prime_trials() : rna::farna::minimize
• skip_on_noviolation_in_stage1() : fold_cst
• skip_partial() : remodel::design
• skip_preminimize() : stepwise
• skip_rb_moves() : RBSegmentRelax
• skip_redundant() : constraints
• skip_redundant_width() : constraints
• skip_refinement() : sewing
• skip_relax() : cp
• skip_seqshift_moves() : RBSegmentRelax
• skip_set_reasonable_fold_tree() : run
• skip_stage2() : cm::hybridize
• skip_stages() : abinitio
• skip_zero_isc() : peptide_deriver
• Sleep() : BuildBindings
• SleepPrecise() : BuildBindings
• slice_res1() : stepwise
• slice_res2() : stepwise
• slide_contact_frequency() : fold_and_dock
• slide_threshold() : mp::dock
• SlideIntoContact() : flexPepDocking
• sliding_window() : edensity
• sliding_window_wt() : edensity
• slurp() : utility
• sm_prob() : backrub
• small_cycles() : rigid
• small_frag_insertion_weight() : cm::hybridize
• small_frag_mover_stage1_weight() : broker
• small_moves() : remodel::staged_sampling
• smallest_ring_size() : utility::graph
• smhybrid() : smhybrid
• smooth_cycles_only() : abinitio
• smooth_fa_elec() : score
• smooth_move_frac() : membrane
• smoothing_factor() : mh::harvest
• smove_angle_range() : flexPepDocking
• snug_loops() : antibody
• snugfit() : antibody
• soft_clash() : carbohydrates::clash_check
• soft_rep() : dna::specificity , docking::ligand
• soft_rep_design() : packing
• soft_wts() : pepspec , score
• sog_cst_param() : constraints
• sog_upper_bound() : constraints
• solve_sturm() : numeric::kinematic_closure
• sort_groups_by_energy() : cluster
• sort_groups_by_size() : cluster
• sortObjects() : tools::CppParser
• SPACE() : ObjexxFCL::format
• space() : ObjexxFCL::format , ObjexxFCL
• SPACE() : ObjexxFCL
• spacing() : mp::visualize
• spanfile() : in::file
• spanfiles() : mp::setup
• spanning() : mp
• spans_from_structure() : mp::setup
• sparse_pdb_output() : dna::design
• sparta_dir() : evaluation
• special_rotweight() : motifs
• specificity() : dna::design::specificity , dna::specificity
• spherical_to_xyz() : numeric
• spherical_wave() : relax::range
• spin() : docking
• spine_x() : frags
• spline_from_file() : numeric::interpolation
• spline_interpolate() : numeric::interpolation::spline
• spline_second_derivative() : numeric::interpolation::spline
• split() : binder , utility
• split_by_newlines() : utility
• split_in_two() : binder
• split_obj_file_in_to_chunks() : BuildBindings
• split_to_list() : utility
• split_to_set() : utility
• split_unfolded_energies_atom_type() : unfolded_state
• split_unfolded_energies_file() : unfolded_state
• split_whitespace() : utility
• splitwork() : willmatch
• spread() : loops
• spread_ss_element() : mh::score
• sprintf() : fmt
• sq_vec_distance() : numeric::kdtree
• sqr() : numeric::interpolation::spline , numeric::statistics
• sqrt_pssm() : optE
• square() : numeric , ObjexxFCL
• square_score() : fingerprint
• src_chain() : threadsc
• src_first_resid() : threadsc
• ss() : mh::match
• SS() : ObjexxFCL::format
• ss() : ufv
• ss1() : mh::filter , mh::match
• ss2() : mh::filter , mh::match
• ss_pair() : remodel
• ss_pred() : frags
• ss_type() : pepspec
• SSrbrelax() : SSrbrelax
• stage1() : resample
• stage1_1_cycles() : cm::hybridize
• stage1_2_cycles() : cm::hybridize
• stage1_3_cycles() : cm::hybridize
• stage1_4_cenrot_score() : cm::hybridize
• stage1_4_cycles() : cm::hybridize
• stage1_increase_cycles() : cm::hybridize
• stage1_patch() : abinitio
• stage1_probability() : cm::hybridize
• stage1_ramp_cst_cycle_factor() : fold_cst
• stage1_ramp_cycles() : relax
• stage1_ramp_inner_cycles() : relax
• stage2() : resample
• stage2_constraint_threshold() : fold_cst
• stage2_cycles() : relax
• stage2_increase_cycles() : cm::hybridize
• stage2_patch() : abinitio
• stage2_repack_period() : relax
• stage2_temperature() : cm::hybridize
• stage2min_increase_cycles() : cm::hybridize
• stage3_cycles() : relax
• stage3a_patch() : abinitio
• stage3b_patch() : abinitio
• stage4_patch() : abinitio
• stage5_patch() : abinitio
• staged_constraints() : rna::farna
• staged_sampling() : remodel::staged_sampling
• stageHeaders() : BuildPackagedBindings
• stages() : rigid
• stageStaticFiles() : BuildPackagedBindings
• standard() : basic::options
• standard_name() : binder
• standard_packer_task() : pyrosetta , src , task
• standard_task_factory() : pyrosetta , src , task
• star() : abinitio::star
• start() : cutoutdomain
• start_file() : basic::options
• start_files() : basic::options
• start_from() : docking::ligand
• start_from_random_rb_conf() : enzdes
• start_models_only() : cm
• start_native() : abinitio
• start_rosetta_server() : PyMOLPyRosettaServer
• start_w_ideal_helices() : remodel::staged_sampling
• starting_model() : sewing
• starting_pdb() : remodel::staged_sampling
• starting_refEs() : optE
• starting_sequence() : remodel::staged_sampling
• starting_template() : cm::hybridize
• startswith() : utility
• std_dev() : numeric::statistics
• std_dev_with_provided_mean() : numeric::statistics
• std_exit_wrapper() : utility::options
• std_IO_exit_error_code() : out
• steal_3mers() : abinitio
• steal_9mers() : abinitio
• steal_extra_residues() : cm
• stealfrags() : loops
• stealfrags_times() : loops
• steepness() : mp
• stem_optimize() : antibody
• stem_optimize_size() : antibody
• stepwise() : stepwise
• store_name() : indexed_structure_store
• stp() : coordlib
• str_dn() : ObjexxFCL
• str_dncase() : ObjexxFCL
• str_up() : ObjexxFCL
• str_upcase() : ObjexxFCL
• strand_assembly() : strand_assembly
• strand_constraint() : templates
• strand_movement_params() : RBSegmentRelax
• strand_pair_weight() : mh::score
• strict_loops() : loops
• string2float() : utility
• string2int() : utility
• string2Real() : utility
• string2Size() : utility
• string2uint() : utility
• string_of() : ObjexxFCL
• string_split() : utility
• string_split_multi_delim() : utility
• string_split_simple() : utility
• string_to_sha1() : utility
• stringafteroption() : basic::options
• strip() : ObjexxFCL , utility
• strip_whitespace() : ObjexxFCL
• stripped() : ObjexxFCL
• stripped_whitespace() : ObjexxFCL
• struct_ids() : in::dbms
• structural_similarity() : evaluation
• submotif_frequency() : stepwise::monte_carlo
• subset_to_keep() : docking::ligand
• substitute_esc_chars() : utility::json_spirit
• subsubs_attract() : smhybrid
• subtract() : numeric
• subtract_degree_angles() : basic
• subtract_radian_angles() : basic
• sucker_params() : in::file
• suffix() : out
• suiteness_bonus() : score
• sulph_dist_cutoff() : bunsat_calc2
• sum() : numeric
• super_secret_fixed_interface_mode() : AnchoredDesign::testing
• superimpose_native() : loops
• superimpose_over_all() : stepwise
• superimpose_to_file() : relax
• superimpose_to_native() : relax
• suppress_bp_constraint() : rna::farna
• suppress_checkpointing() : ddg
• suppress_checkpoints() : run
• suppress_zero_occ_pdb_output() : out::file
• surface_accessibility() : packstat
• surface_symm_move() : app::surface_docking::surf_param
• surface_vectors() : in::file
• surfaceAA() : remodel
• svdcmp() : numeric::linear_algebra
• svmmodel() : ProQ
• SW() : ObjexxFCL::format
• swap() : ObjexxFCL , utility::keys , utility
• swap4_aligned() : utility
• swap_loops() : fold_from_loops
• swap_no_notify() : ObjexxFCL
• swap_refine_confirm_protocols() : remodel
• switch_concert_sub() : smhybrid
• switch_focus_frequency() : stepwise::monte_carlo
• symE_bonus() : score
• symE_units() : score
• symfragrm() : lh::symfragrm
• symm_def_template() : smhybrid
• symm_def_template_reduced() : smhybrid
• symm_file_tag() : smhybrid
• symmetric_gly_tables() : score
• symmetric_motifs() : mh::dump
• symmetric_rmsd() : evaluation , symmetry
• symmetry() : symmetry
• symmetry_c2_dock() : willmatch
• symmetry_d2() : willmatch
• symmetry_definition() : symmetry
• symmetry_residue() : abinitio
• syn_G_potential_bonus() : score
• sys_sleep() : utility