Here is a list of all namespace members with links to the namespace documentation for each member:

- m -

• main_atom_tree_diff_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_mover() : protocols::jobdist
• main_plain_pdb_mover() : protocols::jobdist
• main_watchdog() : protocols::boinc::watchdog
• MainChainTorsionSetList : protocols::stepwise::modeler::protein
• make_atr_rep_grid() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligand() : protocols::ligand_docking
• make_atr_rep_grid_without_ligands() : protocols::ligand_docking
• make_base_pair_aware_fold_tree() : protocols::dna
• make_base_pair_mutation() : protocols::motifs
• make_coarse_pose() : protocols::farna
• make_continuous_true_regions_in_bool_vector() : protocols::enzdes::enzutil
• make_cut_at_moving_suite() : protocols::stepwise::modeler
• make_Cx() : protocols::sic_dock
• make_dna_mutations() : protocols::motifs
• make_dna_rigid() : protocols::relax
• make_extended_coarse_pose() : protocols::farna
• make_hotspot_foldtree() : protocols::protein_interface_design
• make_phosphate_nomenclature_matches_mini() : protocols::farna
• MAKE_ROT_LIB : protocols::jd2::JobInputterInputSource
• make_selection() : protocols::nonlocal
• make_sequence_combinations() : protocols::dna
• make_single_mutants() : protocols::dna
• make_star_foldtree() : protocols::forge::methods
• make_stub_scorefxn() : protocols::protein_interface_design::movers
• make_subdirs() : protocols::dna
• make_symmetric_fibril() : protocols::fibril
• make_variants_match() : protocols::stepwise::modeler
• MakeBundleCOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleCOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixCOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixCOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleHelixOPs : protocols::helical_bundle
• MakeBundleOP : protocols::helical_bundle
• MakeBundleOPs : protocols::helical_bundle
• MakeFragmentScoringMethodCOP : protocols::frag_picker::scores
• MakeFragmentScoringMethodOP : protocols::frag_picker::scores
• makeMap() : protocols::flxbb
• MakePolyXMoverOP : protocols::simple_moves
• MakeRotLibJobCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobInputterCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobInputterOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibJobOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibMoverCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibMoverOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibOptionsDataCOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibOptionsDataOP : protocols::make_rot_lib
• MakeRotLibPolymerType : protocols::make_rot_lib
• map_constraints_from_original_pose() : protocols::stepwise::modeler
• map_to_local_numbering() : protocols::stepwise::modeler
• Martin : protocols::antibody
• mass_tracer() : protocols::ligand_docking
• MasterSP : protocols::elscripts
• Mat : protocols::kinmatch , protocols::matdes , protocols::scoring , protocols::sic_dock , protocols::sic_dock::scores
• Mat3 : protocols::sparta
• match : protocols::match
• MATCH_ALL : protocols::farna
• MATCH_EXACT : protocols::farna
• match_lite : protocols::match
• MATCH_YR : protocols::farna
• MatchConsolidatorCOP : protocols::match::output
• MatchConsolidatorOP : protocols::match::output
• MatchConstraintFileInfoCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListCOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoListOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatchConstraintFileInfoOP : protocols::toolbox::match_enzdes_util
• MatcherCOP : protocols::match
• MatcherMoverCOP : protocols::match
• MatcherMoverOP : protocols::match
• MatcherOP : protocols::match
• MatcherTaskCOP : protocols::match
• MatcherTaskOP : protocols::match
• MatchEvaluatorCOP : protocols::match::output
• MatchEvaluatorOP : protocols::match::output
• MatchFilterCOP : protocols::match::output
• MatchFilterOP : protocols::match::output
• MatchGrafterCOP : protocols::metal_interface
• MatchGrafterOP : protocols::metal_interface
• MatchGrouperCOP : protocols::match::output
• MatchGrouperOP : protocols::match::output
• MatchOutputterCOP : protocols::match::output
• MatchOutputterOP : protocols::match::output
• MatchPositionModifierCOP : protocols::match
• MatchPositionModifierOP : protocols::match
• MatchProcessorCOP : protocols::match::output
• MatchProcessorOP : protocols::match::output
• MatchResiduesMoverCOP : protocols::fldsgn
• MatchResiduesMoverOP : protocols::fldsgn
• MatchScoreWriterCOP : protocols::match::output
• MatchScoreWriterOP : protocols::match::output
• MatDesGreedyOptMutationMoverCOP : protocols::matdes
• MatDesGreedyOptMutationMoverOP : protocols::matdes
• MatDesPointMutationCalculatorCOP : protocols::matdes
• MatDesPointMutationCalculatorOP : protocols::matdes
• Matrix : protocols::frag_picker::scores , protocols::hotspot_hashing , protocols::loops::loop_closure::ccd , protocols::toolbox
• matrix : protocols::toolbox
• Mats : protocols::sic_dock
• MAX : protocols::simple_filters
• max_allowed_rot_mag : protocols::rigid
• max_interchain_sites() : protocols::scoring
• MAX_TYPE : protocols::noesy_assign
• MaxAccel : protocols::md
• MAXIMAL_FLOAT : protocols::loophash
• maximize_sub1_contact() : protocols::matdes
• MaxSeqSepConstraintSetCOP : protocols::constraints_additional
• MaxSeqSepConstraintSetOP : protocols::constraints_additional
• MaxVel : protocols::md
• MC_CombOP : protocols::stepwise::sampler
• MC_ONE_TORSION : protocols::stepwise::sampler
• MC_OneTorsionAP : protocols::stepwise::sampler
• MC_OneTorsionOP : protocols::stepwise::sampler
• MC_StepWiseSamplerOP : protocols::stepwise::sampler
• MCA : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_last : protocols::moves
• MCA_accepted_score_beat_low : protocols::moves
• MCA_accepted_thermally : protocols::moves
• MCA_rejected : protocols::moves
• MCShowMoverCOP : protocols::moves
• MCShowMoverOP : protocols::moves
• MDBaseAP : devel::md
• MDBaseCAP : devel::md
• MDBaseCOP : devel::md
• MDBaseOP : devel::md
• MDForceFactor : protocols::md
• mean_and_stdev() : protocols::mpi_refinement
• Medal_main() : protocols::medal
• MedalExchange_main() : protocols::medal
• MedalFreeMoverCOP : protocols::medal
• MedalFreeMoverOP : protocols::medal
• MedalMoverCOP : protocols::medal
• MedalMoverOP : protocols::medal
• mem_all_atom_rmsd_no_super() : protocols::membrane
• mem_all_atom_rmsd_with_super() : protocols::membrane
• mem_bb_rmsd_no_super() : protocols::membrane
• mem_bb_rmsd_with_super() : protocols::membrane
• membrane_axis() : protocols::membrane::geometry
• membrane_normal_to_length_15() : protocols::membrane::geometry
• MembraneAbinitioCOP : protocols::abinitio
• MembraneAbinitioOP : protocols::abinitio
• MembraneJumpOP : protocols::jumping
• MembranePositionFromTopologyMoverCOP : protocols::membrane
• MembranePositionFromTopologyMoverOP : protocols::membrane
• MembraneTopologyClaimerAP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerCAP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerCOP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyClaimerOP : protocols::topology_broker
• MembraneTopologyCOP : protocols::simple_moves
• MembraneTopologyOP : protocols::simple_moves
• merge() : protocols::forge::methods
• merge_disjoint_vectors() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose_by_bond() : protocols::stepwise::modeler
• merge_in_other_pose_by_jump() : protocols::stepwise::modeler
• merge_two_poses() : protocols::stepwise::modeler
• merge_two_poses_using_full_model_info() : protocols::stepwise::modeler
• merge_vectors() : protocols::stepwise::modeler
• MetalloClaimerAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCAP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerCOP : protocols::topology_broker
• MetalloClaimerOP : protocols::topology_broker
• MetalSiteResidueCOP : protocols::metal_interface
• MetalSiteResidueOP : protocols::metal_interface
• MetaPoseEvaluatorCOP : protocols::evaluation
• MetaPoseEvaluatorOP : protocols::evaluation
• METHYL : protocols::noesy_assign
• MetricCalculatorFitnessFunctionCOP : protocols::multistate_design
• MetricCalculatorFitnessFunctionOP : protocols::multistate_design
• MetropolisHastingsMoverAP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverCAP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverCOP : protocols::canonical_sampling
• MetropolisHastingsMoverOP : protocols::canonical_sampling
• MIN : protocols::simple_filters
• min_index() : protocols::ddg
• min_rotamers() : protocols::make_rot_lib
• MinimalistFlexbbInteractionGraphCOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalistFlexbbInteractionGraphOP : protocols::flexpack::interaction_graph
• MinimalRotamerCOP : protocols::simple_moves
• MinimalRotamerOP : protocols::simple_moves
• MinimizationRefinerCOP : protocols::loop_modeling::refiners
• MinimizationRefinerOP : protocols::loop_modeling::refiners
• minimize : protocols::antibody::design
• minimize_all_sampled_floating_bases() : protocols::stepwise::modeler::rna::sugar
• minimize_backbone_tracer() : protocols::ligand_docking
• minimize_cartesian : protocols::antibody::design
• minimize_with_constraints() : protocols::stepwise::modeler::rna
• MinimizeBackboneCOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneCOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeBackboneOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigand_tracer() : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandCOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOP : protocols::ligand_docking
• MinimizeLigandOPs : protocols::ligand_docking
• MinimizeStoredRBConfsCOP : protocols::enzdes
• MinimizeStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
• MiniRelaxOP : protocols::relax
• MinMoverCOP : protocols::simple_moves
• MinMoverOP : protocols::simple_moves
• MinPackMoverCOP : protocols::simple_moves
• MinPackMoverOP : protocols::simple_moves
• MinTypeEnum : protocols::antibody::design
• MinTypeEnum_total : protocols::antibody::design
• MissingDensityToJumpMoverCOP : protocols::simple_moves
• MissingDensityToJumpMoverOP : protocols::simple_moves
• MKDIR() : protocols::sparta
• ModelCDRH3COP : protocols::antibody
• ModelCDRH3OP : protocols::antibody
• modeler_starting_pose_data_list() : protocols::stepwise::modeler::rna::sugar
• modeler_sugar_at_five_prime() : protocols::stepwise::sampler::rna
• modeler_sugar_at_three_prime() : protocols::stepwise::sampler::rna
• modify_ResId_based_object() : protocols::moves
• MODIFY_WAS_SUCCESSFUL : protocols::forge::build::BuildInstructionState
• ModifyAnnealerCOP : protocols::toolbox::task_operations
• ModifyAnnealerOP : protocols::toolbox::task_operations
• ModifyStoredRBConfsCOP : protocols::enzdes
• ModifyStoredRBConfsOP : protocols::enzdes
• ModifyVariantTypeMoverCOP : protocols::simple_moves
• ModifyVariantTypeMoverOP : protocols::simple_moves
• Mol : protocols::sparta
• Mols : protocols::sparta
• MonteCarloCOP : protocols::moves
• MonteCarloExceptionConvergeCOP : protocols::moves
• MonteCarloExceptionConvergeOP : protocols::moves
• MonteCarloOP : protocols::moves
• MonteCarloRecoverCOP : protocols::simple_moves
• MonteCarloRecoverOP : protocols::simple_moves
• MonteCarloResetCOP : protocols::simple_moves
• MonteCarloResetOP : protocols::simple_moves
• MonteCarloTestCOP : protocols::simple_moves
• MonteCarloTestOP : protocols::simple_moves
• MotifCOP : protocols::motifs
• MotifCOPs : protocols::motifs
• MotifDnaPackerCOP : protocols::motifs
• MotifDnaPackerOP : protocols::motifs
• MotifHashRigidScoreCOP : protocols::sic_dock::scores
• MotifHashRigidScoreOP : protocols::sic_dock::scores
• MotifHitCOP : protocols::motifs
• MotifHitCOPs : protocols::motifs
• MotifHitOP : protocols::motifs
• MotifHitOPs : protocols::motifs
• MotifLibraryCOP : protocols::motifs
• MotifLibraryOP : protocols::motifs
• MotifOP : protocols::motifs
• MotifOPs : protocols::motifs
• MotifScoreFilterCOP : protocols::simple_filters
• MotifScoreFilterOP : protocols::simple_filters
• MotifSearchCOP : protocols::motifs
• MotifSearchOP : protocols::motifs
• move_jump_atom_to_base() : protocols::stepwise::legacy::modeler::rna
• move_ligand_to_desired_centroid() : protocols::ligand_docking
• move_map_from_loop() : protocols::loops
• move_map_from_loops() : protocols::loops
• move_type_from_string() : protocols::stepwise::monte_carlo
• move_type_name : protocols::stepwise::monte_carlo
• moveable_jump() : protocols::farna
• MoveBeforeFilterCOP : protocols::filters
• MoveBeforeFilterOP : protocols::filters
• MoveElement : protocols::stepwise::monte_carlo
• MoveMapBuilder_tracer() : protocols::ligand_docking
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• Mover_LoopHashRefineOP : protocols::loophash
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• Mutate1RandomizerOP : protocols::genetic_algorithm
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• MutationsFilterOP : protocols::simple_filters
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• mysorter_missing_fraction_biggest_first : protocols::frag_picker::quota
• mysorter_smallest_first : protocols::frag_picker::quota